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- PDB-7liu: DDX3X bound to ATP analog and remodeled RNA:DNA hybrid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7liu
タイトルDDX3X bound to ATP analog and remodeled RNA:DNA hybrid
要素
  • 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
  • ATP-dependent RNA helicase DDX3X
キーワードRNA-BINDING PROTEIN/DNA / RNA / DEAD-box helicase / RNA helicase / ATPase / RNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN-DNA / RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein acetylation / CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA strand annealing activity / NLRP3 inflammasome complex / eukaryotic initiation factor 4E binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production ...positive regulation of protein acetylation / CTPase activity / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / protein localization to cytoplasmic stress granule / RNA strand annealing activity / NLRP3 inflammasome complex / eukaryotic initiation factor 4E binding / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / RNA secondary structure unwinding / gamete generation / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / cellular response to arsenic-containing substance / poly(A) binding / gamma-tubulin binding / cellular response to osmotic stress / P granule / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / : / transcription factor binding / cell leading edge / lipid homeostasis / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / ribosomal small subunit binding / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of translational initiation / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / signaling adaptor activity / stress granule assembly / positive regulation of protein autophosphorylation / translation initiation factor binding / DNA helicase activity / positive regulation of interferon-beta production / intrinsic apoptotic signaling pathway / protein serine/threonine kinase activator activity / : / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / cytosolic ribosome assembly / positive regulation of translation / chromosome segregation / translational initiation / response to virus / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of cell growth / cellular response to virus / mRNA 5'-UTR binding / Wnt signaling pathway / cytoplasmic stress granule / RNA stem-loop binding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / lamellipodium / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / RNA helicase activity / negative regulation of translation / cell differentiation / intracellular signal transduction / RNA helicase / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / innate immune response / GTPase activity / mRNA binding / centrosome / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-08T / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / ATP-dependent RNA helicase DDX3X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Enemark, E.J. / Yu, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institute of General Medical Sciences (NIGMS)NIGMS 1 R35 GM 136313-01 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DDX3X bound to ATP analog and remodeled RNA:DNA hybrid
著者: Enemark, E.J. / Yu, S.
履歴
登録2021年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DDX3X
B: ATP-dependent RNA helicase DDX3X
X: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
Y: 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,4608
ポリマ－110,4274
非ポリマー1,0334
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area40310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.476, 114.476, 281.793
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain X
22chain Y

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPTYRTYRchain AAA135 - 5763 - 444
21ASPASPTYRTYRchain BBB135 - 5763 - 444
12GGDCDCchain XXC701 - 7141 - 14
22GGDCDCchain YYD701 - 7141 - 14

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DDX3X / CAP-Rf / DEAD box protein 3 / X-chromosomal / DEAD box / X isoform / DBX / Helicase-like protein 2 / HLP2


分子量: 50817.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX3X, DBX, DDX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00571, RNA helicase
#2: DNA/RNAハイブリッド 5'-R(*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-D(P*CP*CP*CP*GP*CP*CP*C)-3'


分子量: 4395.755 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Sequence design is as published in Mallam et al, Nature 2012 (PDB 4DB4)
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-08T / [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium


分子量: 492.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14BeF3N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPEs pH 7.5, 16% PEG 3350, 0.1 M Li3Citrate, 0.1 M Na3Citrate, 2% benzamidine-HCl, 5 mM ADP-BeF3

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 43593 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 85.2 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.121 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4265 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.379 / Rrim(I) all: 0.964 / Rsym value: 0.882 / % possible all: 99.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PXA

4pxa


解像度: 3.001→40.54 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 2197 5.04 %
Rwork0.2096 41375 -
obs0.2112 43572 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 178.97 Å2 / Biso mean: 89.6588 Å2 / Biso min: 35.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.001→40.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7006 582 64 8 7660
Biso mean--85.54 60.21 -
残基数----912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08310788
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.9834692
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4408X-RAY DIFFRACTION2.67TORSIONAL
12B4408X-RAY DIFFRACTION2.67TORSIONAL
21X300X-RAY DIFFRACTION2.67TORSIONAL
22Y300X-RAY DIFFRACTION2.67TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.001-3.06570.36761330.3252248098
3.0657-3.1370.33071470.30672520100
3.137-3.21550.36391410.29272548100
3.2155-3.30240.31581090.29422585100
3.3024-3.39950.27861140.26722561100
3.3995-3.50910.30341470.2492544100
3.5091-3.63450.33911190.25242588100
3.6345-3.77990.29861250.24652582100
3.7799-3.95180.26451340.24342598100
3.9518-4.160.27561400.22712562100
4.16-4.42030.25361450.19882589100
4.4203-4.76110.25521490.18732577100
4.7611-5.23930.20881690.19132575100
5.2393-5.99540.21441530.2062607100
5.9954-7.54560.20611280.18952665100
7.5456-40.540.15781440.14482794100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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