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万見
- PDB-7lie: The isolated chicken ASIC1a thumb domain (ATD-c1a) retains the st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lie
タイトルThe isolated chicken ASIC1a thumb domain (ATD-c1a) retains the structure and ligand binding properties of the full length chicken ASIC1a
要素Acid-sensing ion channel 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel domain / membrane protein domain / ASIC1a thumb domain
機能・相同性
機能・相同性情報


pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Acid-sensing ion channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Mishra, B.M. / Mobli, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1162597 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A reductionist approach for studying the ASIC thumb domain to screen for channel modulators as novel therapeutic leads
著者: Mishra, B.M. / Mobli, M.
履歴
登録2021年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid-sensing ion channel 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9221
ポリマ－8,9221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Acid-sensing ion channel 1 / ASIC1 / Amiloride-sensitive cation channel 2 / neuronal


分子量: 8921.990 Da / 分子数: 1 / 断片: Thumb domain, residues 291-367 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ASIC1, ACCN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1XA76

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D CBCA(CO)NH
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D H(CCO)NH
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HBHA(CO)NH
171isotropic13D 1H-15N NOESY
181isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
191isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1101isotropic12D 1H-1H NOESY
1111isotropic12D 1H-13C HSQC
1121isotropic13D HN(CA)CO
1131isotropic13D C(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 320 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Thumb domain of the chicken acid-sensing ion channel 1a (cASIC1a), 95% H2O/5% D2O
詳細: The freeze-dried ATD-c1a powder was dissolved in 300 uL of 50 mM Bis-Tris buffer pH 7.0 containing 5% D2O, 3 mM sodium azide and 1 mM EDTA. The final concentration of ATD-c1a in solution was 320 uM.
Label: 13C/15N_ATD-c1a / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 320 uM
構成要素: Thumb domain of the chicken acid-sensing ion channel 1a (cASIC1a)
Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態詳細: Sample was kept at room temperature and pressure / イオン強度: 50 mM Bis-Tris pH 7.0 mM / Ionic strength err: 0.2 / Label: ATD-c1a / pH: 7.0 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz
詳細: The instrument is fitted with a triple-resonance TCI cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin4.0.7Bruker Biospincollection
Rowland NMR Toolkit (RNMRTK)3Hoch and Stern解析
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 6 / 詳細: using automated NOE assignments
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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