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- PDB-7li5: Crystal Structure Analysis of human TEAD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7li5
タイトルCrystal Structure Analysis of human TEAD1
要素Transcriptional enhancer factor TEF-1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription enhancer factor / Hippo signaling pathway / tumor suppression / apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-Y2D / TEA domain transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of human TEAD1
著者: Seo, H.-S. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2021年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1477
ポリマ－50,9722
非ポリマー1,1755
水5,116284
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0263
ポリマ－25,4861
非ポリマー5392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1224
ポリマ－25,4861
非ポリマー6363
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.560, 89.320, 135.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-1


分子量: 25486.045 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 113-328 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9PKB7
#2: 化合物 ChemComp-Y2D / 1-[(3R,4R)-3-[4-(pyridin-3-yl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]-4-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]methoxy}pyrrolidin-1-yl]prop-2-en-1-one / 1-[(3~{R},4~{R})-3-(4-pyridin-3-yl-1,2,3-triazol-1-yl)-4-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methoxy]pyrrolidin-1-yl]prop-2-en-1-one


分子量: 443.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H20F3N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 2.8 M Ammonium sulfate and 0.1 M Tris pH 9.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→36.56 Å / Num. obs: 50624 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 28.49 Å2 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 223963
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.68-1.714.61.11145425050.7681.73999.4
4.56-36.574.135.81056926020.0160.03493.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IM5

6im5


解像度: 1.68→35.29 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2243 2571 5.08 %
Rwork0.1969 47994 -
obs0.1983 50565 98.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.38 Å2 / Biso mean: 35.4263 Å2 / Biso min: 16.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→35.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3374 0 117 284 3775
Biso mean--35.61 42.55 -
残基数----416
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.68-1.710.36181320.36552634276699
1.71-1.750.35161390.3392714285399
1.75-1.790.30851320.3182616274899
1.79-1.830.34761400.28272673281399
1.83-1.870.28471300.24872598272898
1.87-1.920.30031440.22532663280798
1.92-1.980.24231580.21072612277099
1.98-2.040.25891410.221727122853100
2.04-2.120.21731390.215326712810100
2.12-2.20.20171210.19182684280599
2.2-2.30.2321620.18872690285299
2.3-2.420.23321550.19742656281199
2.42-2.570.27691380.20492656279498
2.57-2.770.26231430.20442646278997
2.77-3.050.22961550.20052682283798
3.05-3.490.22331510.18122636278797
3.49-4.40.15841490.16072702285197
4.4-35.290.20951420.18542749289193
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13480.3064-0.2666-0.0744-0.06890.01570.47810.0272-0.72910.21390.1461-0.71940.2080.51760.00070.3643-0.0239-0.06750.6014-0.12170.572323.6332-13.1746-33.402
20.45440.9384-0.07011.54960.1943.4640.0320.0834-0.1453-0.22210.14650.1835-0.2558-0.14750.00120.24430.0162-0.02840.2229-0.02250.23022.58664.4646-43.3602
30.75560.11550.21751.64380.85730.5218-0.03840.31290.2769-0.06850.093-0.4131-0.4480.1120.00080.3129-0.0086-0.03010.3784-0.02050.332721.7066-6.6121-28.3504
41.87880.95191.21875.2420.6741.0520.3442-0.8753-0.21170.9891-0.24031.13820.3487-0.62550.02760.4199-0.0445-0.08910.40010.0560.403810.7051-13.7595-19.9129
51.69821.1443-0.17261.49331.37933.22780.11290.13320.2855-0.2068-0.31890.1238-0.473-0.0922-0.14650.22460.0231-0.030.1933-0.05790.241610.24552.0434-32.7281
60.57660.77790.03651.06320.37991.17710.16670.0548-0.1375-0.23560.0074-0.33940.12630.18210.00030.28410.0438-0.07860.242-0.04160.26014.8307-9.5098-41.9423
70.27130.09150.14521.05370.4610.25980.0905-0.0731-0.04440.1094-0.14520.1740.1729-0.4617-0.00010.2664-0.0236-0.02040.316-0.04490.24520.8144-9.8332-29.1906
8-0.2419-0.4850.12031.63060.27220.76840.11260.08330.1368-0.4214-0.1521-0.1419-0.26030.017-0.00020.28090.0054-0.03520.3041-0.04350.29343.7091-11.2001-46.1224
91.2928-0.6326-1.04940.81721.21561.4463-0.18470.3340.5587-0.22850.36760.3489-0.3165-0.20640.00520.28740.0534-0.04910.2912-0.03350.3079-0.25349.9852-26.9275
101.48980.12810.44961.11150.02941.73960.1335-0.0972-0.03230.0651-0.0525-0.08110.1223-0.0375-0.00070.1594-0.0048-0.01910.2124-0.02070.18678.6549-4.4031-27.7927
111.17260.44490.12840.49170.73531.56730.00270.20960.31560.2658-0.2618-0.4033-0.47780.565-0.00240.2896-0.0351-0.04710.3068-0.01520.296818.62740.6297-31.8868
121.4978-0.56540.3308-0.0301-0.1732-0.12890.2577-0.1606-0.8403-0.24840.11660.4380.326-0.52630.01950.32730.0014-0.01160.54710.03970.4899-22.517-11.9473-65.9777
131.2507-1.45950.18091.7142-0.19111.20390.3634-0.6591-0.02560.5794-0.3475-0.4262-0.09540.1374-0.00060.3409-0.0309-0.02710.320.00510.2967-2.62041.0459-56.0816
140.11960.3712-0.21760.1297-0.79021.677-0.2459-0.1887-0.05140.31320.0308-0.0892-0.51450.3821-0.00930.3313-0.0254-0.08010.259-0.0080.24850.75378.5999-52.3111
151.09690.5187-0.48060.7814-0.72550.56640.1776-0.0230.13520.0898-0.08310.1099-0.1739-0.020.00030.30460.0192-0.02750.3683-0.01440.28-20.1648-4.3438-70.1598
161.66-0.434-0.17941.9271-0.27890.7509-0.04550.55630.0092-0.6312-0.2819-0.77020.12510.3671-0.01480.2862-0.00270.02990.33510.01560.2614-9.5548-10.3818-79.0931
171.1113-0.61540.37980.5750.07662.37690.0183-0.13850.28940.0146-0.0286-0.1776-0.4251-0.015-00.1895-0.01570.01530.1779-0.02480.2011-9.62192.8256-65.3186
180.72490.0585-0.68870.0051-0.43811.1993-0.0001-0.0068-0.05840.0459-0.0096-0.00730.00210.017300.2292-0.0193-0.01010.21160.02720.2245-2.8389-8.2733-62.7841
190.77180.1191-0.94052.2341-1.40211.2062-0.03430.06440.01520.2012-0.01-0.1134-0.1712-0.01020.00010.2049-0.0275-0.03510.23080.02610.216-0.2938-9.9572-58.5729
201.2750.68550.95031.36440.21152.1602-0.178-0.5141.0991-0.18550.4191-0.5098-0.83780.29950.00920.4069-0.06310.0230.29860.00730.51392.145412.0197-69.5989
212.98110.5271-0.34750.35370.67892.8255-0.17130.29640.6883-0.05610.1052-0.4308-0.6488-0.1776-0.0420.23380.0172-0.03460.20870.05650.2522-6.54944.0746-72.1493
221.31640.80980.30571.0011-0.67280.967-0.12080.00010.00870.21830.21150.20650.1376-0.0690.00060.21960.0043-0.01490.24520.00960.2135-7.6315-9.9942-67.7961
233.7174-0.90440.08961.7201-1.82042.0338-0.0749-0.68550.66150.0862-0.20140.3036-0.4968-0.4953-0.06560.25720.0894-0.00710.3723-0.05120.3027-16.9164.356-64.1525
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 205 through 216 )A205 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 217 through 242 )A217 - 242
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 243 through 261 )A243 - 261
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 262 through 281 )A262 - 281
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 282 through 303 )A282 - 303
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 304 through 318 )A304 - 318
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 319 through 341 )A319 - 341
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 342 through 359 )A342 - 359
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 360 through 374 )A360 - 374
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 375 through 409 )A375 - 409
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 410 through 424 )A410 - 424
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 205 through 216 )B205 - 216
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 217 through 228 )B217 - 228
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 229 through 242 )B229 - 242
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 243 through 261 )B243 - 261
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 262 through 281 )B262 - 281
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 282 through 304 )B282 - 304
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 305 through 330 )B305 - 330
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 331 through 359 )B331 - 359
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 360 through 374 )B360 - 374
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 375 through 393 )B375 - 393
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 394 through 409 )B394 - 409
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 410 through 424 )B410 - 424

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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