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万見
- PDB-7lg9: ChsB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lg9
タイトルChsB1
要素3-ketoacyl-ACP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / short-chain type alcohol dehydrogenase/reductase hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
機能・相同性3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily / 3-ketoacyl-ACP reductase
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Yuan, T. / Werman, J.M. / Yin, X. / Yang, M. / Garcia-Diaz, M. / Sampson, N.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)RO1AI134054 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Enzymatic beta-Oxidation of the Cholesterol Side Chain in Mycobacterium tuberculosis Bifurcates Stereospecifically at Hydration of 3-Oxo-cholest-4,22-dien-24-oyl-CoA.
著者: Yuan, T. / Werman, J.M. / Yin, X. / Yang, M. / Garcia-Diaz, M. / Sampson, N.S.
履歴
登録2021年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ketoacyl-ACP reductase
B: 3-ketoacyl-ACP reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5292
ポリマ－65,5292
非ポリマー00
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.854, 80.131, 163.532
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 3-ketoacyl-ACP reductase / 3-oxoacyl-ACP reductase


分子量: 32764.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: fabG_8, fabG_1, fabG_2, fabG_4, fabG_6, fabG_7, DSI38_08445, E5M52_16205, ERS007665_00489, ERS007670_00458, ERS007679_00994, ERS007681_00640, ERS007741_01258, ERS013471_03025, ERS023446_ ...遺伝子: fabG_8, fabG_1, fabG_2, fabG_4, fabG_6, fabG_7, DSI38_08445, E5M52_16205, ERS007665_00489, ERS007670_00458, ERS007679_00994, ERS007681_00640, ERS007741_01258, ERS013471_03025, ERS023446_03243, ERS024276_00059, ERS075361_03673, F6W99_02176, FRD82_16680, SAMEA2683035_03264
発現宿主: Rhodococcus jostii RHA1 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A045J1S8, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% w/v PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate pH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→81.77 Å / Num. obs: 122908 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 30.45 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.03→2.31 Å / Rmerge(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 122908 / CC1/2: 0.665

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KZP

4kzp


解像度: 2.03→81.77 Å / SU ML: 0.2619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.5391
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 2221 10.01 %
Rwork0.212 19972 -
obs0.2159 22193 57.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 36.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→81.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3865 0 0 108 3973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033934
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.485362
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491640
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.62171350
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.03-2.080.120510.116310X-RAY DIFFRACTION0.48
2.08-2.130.2081120.2768112X-RAY DIFFRACTION5.36
2.13-2.180.2905190.2562168X-RAY DIFFRACTION7.95
2.18-2.240.228340.2336299X-RAY DIFFRACTION13.9
2.24-2.30.2584370.2712344X-RAY DIFFRACTION16.2
2.3-2.380.2436570.2654504X-RAY DIFFRACTION23.34
2.38-2.460.2627740.2572672X-RAY DIFFRACTION31.1
2.46-2.560.2891130.26661013X-RAY DIFFRACTION46.74
2.56-2.680.2841710.27341539X-RAY DIFFRACTION70.87
2.68-2.820.2972140.27211940X-RAY DIFFRACTION89.49
2.82-30.30712420.25272170X-RAY DIFFRACTION99.3
3-3.230.28242430.23282194X-RAY DIFFRACTION99.92
3.23-3.550.25382430.20092180X-RAY DIFFRACTION99.84
3.55-4.070.23062480.18012229X-RAY DIFFRACTION99.92
4.07-5.120.21922490.16742236X-RAY DIFFRACTION99.8
5.12-81.770.22382640.21132362X-RAY DIFFRACTION99.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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