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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lfl | |||||||||
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タイトル | MODEL OF MHC CLASS Ib H2-M3 WITH MOUSE ND1 N-TERMINAL HEPTAPEPTIDE, VAL MUTANT, MONOCLINIC CELL, REFINED AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN/PEPTIDE / HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN-PEPTIDE COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() alpha-beta T cell activation involved in immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to hydroperoxide ...alpha-beta T cell activation involved in immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class Ib / MHC class Ib protein complex / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / response to hydroperoxide / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / cellular defense response / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / nitric oxide biosynthetic process / Neutrophil degranulation / : / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / response to organic cyclic compound / T cell mediated cytotoxicity / aerobic respiration / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of type II interferon production / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / response to hypoxia / mitochondrial inner membrane / defense response to bacterium / response to xenobiotic stimulus / immune response / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / signaling receptor binding / neuronal cell body / dendrite / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular space / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tomchick, D.R. / Deisenhofer, J. / Shen, S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and dynamics of major histocompatibility class Ib molecule H2-M3 complexed with mitochondrial-derived peptides. 著者: Strand, A. / Shen, S.T. / Tomchick, D.R. / Wang, J. / Wang, C.R. / Deisenhofer, J. #1: ![]() タイトル: Nonclassical binding of formylated peptide in crystal structure of the MHC Class IB molecule H2-M3 著者: Wang, C.R. / Castano, A.R. / Peterson, P.A. / Slaughter, C. / Lindahl, K.F. / Deisenhofer, J. #2: ジャーナル: Cell / 年: 1991 タイトル: H2-M3 encodes the MHC Class I molecule presenting the maternally transmitted antigen of the mouse 著者: Wang, C.R. / Loveland, B.E. / Lindahl, K.F. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 286 KB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 722.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 723.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32650.650 Da / 分子数: 1 / 変異: G299 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q31093 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11704.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P01887 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 911.118 Da / 分子数: 1 / Fragment: First seven amino-terminal residues / 変異: I6V / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The N-terminal methionine is N-Formylmethionine / 由来: (合成) ![]() ![]() 参照: UniProt: P03888, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.82 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Hepes, 20% (w/v) PEG 4000, 30% (v/v) ethylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月4日 / 詳細: monochromator |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→22.65 Å / Num. obs: 48328 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 22.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.68 Å / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 5624 / % possible all: 80 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→22.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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