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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ld8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Putative non-heme bromoperoxidase BpoC from Mycobacterium tuberculosis H37Rv | ||||||
![]() | Putative non-heme bromoperoxidase BpoC | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Putative non-heme bromoperoxidase / BpoC / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | bromide peroxidase activity / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Putative non-heme bromoperoxidase BpoC![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Putative non-heme bromoperoxidase BpoC from Mycobacterium tuberculosis H37Rv 著者: DeBouver, N.D. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 96.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3hssS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29448.588 Da / 分子数: 1 / 断片: MytuD.00095.b.B1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: bpoC, Rv0554 / プラスミド: MytuD.00095.b.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: MytuD.00095.b.B1.PW38899[Barcode: 318836d7, PuckID: neu1-3, Cryo: 20% EG, Concentration: 18 mg/mL] 100 mM Sodium Citrate/Citric Acid pH 5.5, 20% (w/v) PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月10日 / 詳細: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 38202 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7.164 % / Biso Wilson estimate: 22.769 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 28.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3HSS 解像度: 1.5→43.37 Å / SU ML: 0.1153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.1257 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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