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- PDB-7ld8: Crystal Structure of Putative non-heme bromoperoxidase BpoC from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ld8
タイトルCrystal Structure of Putative non-heme bromoperoxidase BpoC from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
要素Putative non-heme bromoperoxidase BpoC
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Putative non-heme bromoperoxidase / BpoC / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性bromide peroxidase activity / : / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Putative non-heme bromoperoxidase BpoC
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Putative non-heme bromoperoxidase BpoC from Mycobacterium tuberculosis H37Rv
著者: DeBouver, N.D. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative non-heme bromoperoxidase BpoC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5343
ポリマ－29,4491
非ポリマー852
水6,305350
1
A: Putative non-heme bromoperoxidase BpoC
ヘテロ分子

A: Putative non-heme bromoperoxidase BpoC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0676
ポリマ－58,8972
非ポリマー1704
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area21420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.550, 113.500, 43.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-666-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative non-heme bromoperoxidase BpoC


分子量: 29448.588 Da / 分子数: 1 / 断片: MytuD.00095.b.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: bpoC, Rv0554 / プラスミド: MytuD.00095.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WNH1, bromide peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.37 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: MytuD.00095.b.B1.PW38899[Barcode: 318836d7, PuckID: neu1-3, Cryo: 20% EG, Concentration: 18 mg/mL] 100 mM Sodium Citrate/Citric Acid pH 5.5, 20% (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月10日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 38202 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7.164 % / Biso Wilson estimate: 22.769 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.967 / Net I/σ(I): 28.16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.546.1790.3235.3725160.9470.35288
1.54-1.587.0560.2717.1526770.9720.29296.6
1.58-1.637.4370.2278.7526390.9830.24496.7
1.63-1.687.4330.1810.9725780.9880.19397.3
1.68-1.737.4310.14613.3924610.9910.15797.3
1.73-1.797.4230.1215.9524230.9940.12997.5
1.79-1.867.4090.09519.5223330.9960.10297.7
1.86-1.947.3720.07723.7222580.9970.08298.1
1.94-2.027.3710.06228.8621710.9980.06698
2.02-2.127.3020.05134.0120820.9990.05598.3
2.12-2.247.3170.04637.4419980.9990.0598.4
2.24-2.377.2190.04140.9418980.9990.04498.8
2.37-2.547.2360.03844.6218000.9990.04198.7
2.54-2.747.1080.03547.3416650.9990.03799.1
2.74-37.0540.03151.2415510.9990.03499.2
3-3.356.9520.02855.5814290.9990.0399.5
3.35-3.876.8980.02657.83126310.02899.7
3.87-4.746.8590.02259.49108910.02499.8
4.74-6.716.6930.02258.6486010.024100
6.71-506.0020.02456.255110.9990.02697.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19rc4-4035精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HSS

3hss


解像度: 1.5→43.37 Å / SU ML: 0.1153 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.1257
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1778 2068 5.41 %
Rwork0.1339 36133 -
obs0.1362 38201 97.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 5 350 2397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00532172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75952976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0539332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078397
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.107797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.530.23241140.13922100X-RAY DIFFRACTION86.79
1.53-1.570.19491450.1282358X-RAY DIFFRACTION96.72
1.57-1.620.171300.11782365X-RAY DIFFRACTION96.89
1.62-1.660.19841290.12292380X-RAY DIFFRACTION97.02
1.66-1.720.20571500.12342361X-RAY DIFFRACTION97.29
1.72-1.780.17051320.12812355X-RAY DIFFRACTION97.41
1.78-1.850.17521330.13022404X-RAY DIFFRACTION97.73
1.85-1.930.18361440.1232409X-RAY DIFFRACTION98
1.93-2.040.20911440.13052408X-RAY DIFFRACTION98.08
2.04-2.160.17721660.13152413X-RAY DIFFRACTION98.4
2.16-2.330.1781260.13032440X-RAY DIFFRACTION98.58
2.33-2.560.19271400.14292467X-RAY DIFFRACTION98.79
2.57-2.940.19091230.14672484X-RAY DIFFRACTION99.16
2.94-3.70.16981440.13492531X-RAY DIFFRACTION99.48
3.7-43.370.15021480.13472658X-RAY DIFFRACTION99.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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