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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lan | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF MYELOPEROXIDASE SUBFORM C (MPO) COMPLEX WITH COMPOUND-30 AKA 7-[(3~{S},4~{R},6~{R})-4-benzyl-2-oxa-7,13,14-triazatetracyclo[14.3.1.1^{3,6}.1^{11,14}]docosa-1(19),11(21),12,16(20),17-pentaen-10-yl]-3~{H}-triazolo[4,5-b]pyridin-5-amine | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / MYELOPEROXIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule ...myeloperoxidase / hypochlorous acid biosynthetic process / Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / phagocytic vesicle lumen / response to gold nanoparticle / response to yeast / respiratory burst involved in defense response / low-density lipoprotein particle remodeling / response to food / azurophil granule / defense response to fungus / response to mechanical stimulus / removal of superoxide radicals / secretory granule / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / defense response / azurophil granule lumen / heparin binding / response to oxidative stress / response to lipopolysaccharide / lysosome / defense response to bacterium / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / chromatin binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Khan, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Small molecule and macrocyclic pyrazole derived inhibitors of myeloperoxidase (MPO). 著者: Hu, C.H. / Neissel Valente, M.W. / Halpern, O.S. / Jusuf, S. / Khan, J.A. / Locke, G.A. / Duke, G.J. / Liu, X. / Duclos, F.J. / Wexler, R.R. / Kick, E.K. / Smallheer, J.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 494.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 403.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ADFHBEGI
#1: タンパク質 | 分子量: 11974.420 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Blood Neutrophill / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 53218.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-糖 , 3種, 12分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: 多糖 | #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 982分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/XS1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/XS1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | ChemComp-HEM / #8: 化合物 | ChemComp-CA / #9: 化合物 | ChemComp-XS1 / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 150mM NaCl, 20-25%(V/V)PEG3350.Crystals were cryoprotected by supplementing the mother liquor with 15% (v/v) ethylene glycol and harvested by flash-cooling in liquid nitrogen PH範囲: 7.5? |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 114459 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.8 / Net I/σ(I): 18.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 11351 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6WY7 解像度: 2.28→47.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9253 / SU R Cruickshank DPI: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.343 / SU Rfree Blow DPI: 0.224 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.226
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原子変位パラメータ | Biso max: 117.94 Å2 / Biso mean: 44.53 Å2 / Biso min: 5.91 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.293 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.28→47.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.28→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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