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- PDB-7l83: NMR solution structure of Nav1.5 DIV S3b-S4a paddle motif in DPC ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l83
タイトルNMR solution structure of Nav1.5 DIV S3b-S4a paddle motif in DPC micelle
要素Sodium channel protein type 5 subunit alpha
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Sodium channel / voltage sensing
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in bundle of His cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in SA node cell action potential / bundle of His cell action potential / AV node cell action potential / SA node cell action potential / AV node cell to bundle of His cell communication / membrane depolarization during SA node cell action potential / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation ...voltage-gated sodium channel activity involved in AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in bundle of His cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in Purkinje myocyte action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in SA node cell action potential / bundle of His cell action potential / AV node cell action potential / SA node cell action potential / AV node cell to bundle of His cell communication / membrane depolarization during SA node cell action potential / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / membrane depolarization during atrial cardiac muscle cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane repolarization / cardiac ventricle development / brainstem development / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during AV node cell action potential / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / positive regulation of action potential / atrial cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / telencephalon development / cardiac conduction system development / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / regulation of sodium ion transmembrane transport / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / regulation of cardiac muscle cell contraction / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / ankyrin binding / sodium ion transport / fibroblast growth factor binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / nitric-oxide synthase binding / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / membrane depolarization / intercalated disc / lateral plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / cardiac muscle contraction / T-tubule / regulation of heart rate / cellular response to calcium ion / positive regulation of epithelial cell proliferation / cerebellum development / caveola / sarcolemma / Z disc / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / endoplasmic reticulum / nucleoplasm / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage gated sodium channel, alpha-5 subunit / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel protein type 5 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Hussein, A.K. / Bhuiyan, M.H. / Arshava, B. / Zhuang, J. / Poget, S.F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM124606-01 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1253277 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: NMR solution structure and analysis of isolated S3b-S4a motif of repeat IV of the human cardiac sodium channel
著者: Hussein, A.K. / Bhuiyan, M.H. / Arshava, B. / Zhuang, J. / Poget, S.F.
履歴
登録2020年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: citation / database_2 / pdbx_database_status
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium channel protein type 5 subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2091
ポリマ－4,2091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Sodium channel protein type 5 subunit alpha / Sodium channel protein cardiac muscle subunit alpha / Sodium channel protein type V subunit alpha / ...Sodium channel protein cardiac muscle subunit alpha / Sodium channel protein type V subunit alpha / Voltage-gated sodium channel subunit alpha Nav1.5 / hH1


分子量: 4209.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN5A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14524

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
222isotropic13D HN(CA)CB
232isotropic13D 1H-15N NOESY
141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
252isotropic23D HNCA

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM [U-13C; U-15N] Nav1.5 DIV S3bS4a motif, 90% H2O/10% D2Opeptide paddle powder was dissolved in a buffer containing detergent micelle15N, 13C90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-13C; U-15N] Nav1.5 DIV S3bS4a motif, 90% H2O/10% D2Opeptide paddle powder was dissolved in a buffer containing detergent micellesample_190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMNav1.5 DIV S3bS4a motif[U-13C; U-15N]1
0.5 mMNav1.5 DIV S3bS4a motif[U-13C; U-15N]2
試料状態

イオン強度: 10 Nacl, 10 potassium phosphate mM / pH: 7 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

Conditions-ID詳細Label
1Nav.15 DIV S3bS4a was dissolved in 10 mM NaCl, 10 mM potassium phosphate, pH 7.0 100 mM n-dodecylphosphocholine (DPC) in 100 % D20100% D20
2Nav.15 DIV S3bS4a was dissolved in 10 mM NaCl, 10 mM potassium phosphate, pH 7.0 100 mM n-dodecylphosphocholine (DPC) in 10% D20, 90% H2010% D20

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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