PDB-7l7c: Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 2-(6-(3-Methoxyphen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l7c

タイトル

Crystal Structure of EcDsbA in a complex with 2-(6-(3-Methoxyphenyl)benzofuran-3-yl)acetic acid

要素

Thiol:disulfide interchange protein DsbA

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR COMPLEX / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ilyichova, O.V. / Scanlon, M.J.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Elaboration of a benzofuran scaffold and evaluation of binding affinity and inhibition of Escherichia coli DsbA: A fragment-based drug design approach to novel antivirulence compounds.
著者: Duncan, L.F. / Wang, G. / Ilyichova, O.V. / Dhouib, R. / Totsika, M. / Scanlon, M.J. / Heras, B. / Abbott, B.M.

履歴

登録	2020年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7l7c.ent.gz	136.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7l7c_validation.pdf.gz	764.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l7c_full_validation.pdf.gz	766 KB	表示
XML形式データ	7l7c_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	7l7c_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l7c	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xspC 6xsqC 6xt3C 7l76C 7lhpC 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qms-1 5qlt-1 6pmf-1 5qnw-1 5qm7-2 5qlg-1 5qm6-1 5qmw-1 5qn2-1 5qkf-2 6poh-1 5qmy-1 5qms-2 5qki-1 5qob-1 5qld-1 6pg1-2 5qmi-1 5qo6-1 5qnv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
21.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.317, 63.808, 74.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 125.023, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-307- HOH

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein DsbA 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AEG4
#2: 化合物	ChemComp-XQ1 / [6-(3-methoxyphenyl)-1-benzofuran-3-yl]acetic acid 分子量: 282.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 11-13 % PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 100mM Na Cacodylate pH6.1, 1mM CuCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月17日
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→36.94 Å / Num. obs: 41619 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 20.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 6027 / R_pim(I) all: 0.392 / R_rim(I) all: 0.807 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 1.8→34.86 Å / SU ML: 0.1943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6436
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1962	2090	5.02 %
R_work	0.1655	39524	-
obs	0.1671	41614	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2892	0	22	492	3406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0155	3028
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2705	4119
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0766	452
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0093	562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9836	424

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.84	0.3072	132	0.2739	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
1.84-1.89	0.2985	130	0.2552	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.94	0.2528	130	0.2235	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.94-2	0.2411	131	0.1978	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.2376	142	0.1835	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.13	0.193	158	0.1787	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.22	0.2159	129	0.1709	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.32	0.2375	135	0.1735	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.44	0.1933	143	0.1645	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.6	0.2191	138	0.1659	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.8	0.1829	137	0.1663	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-3.08	0.2036	146	0.1595	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.08-3.52	0.1819	163	0.1512	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-4.44	0.1568	129	0.1306	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-34.86	0.1623	147	0.1556	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.557911087734	-1.09152951679	0.0440841874504	2.06911854845	-0.183473772423	2.21122243521	0.0493410963725	0.336062135344	0.272901245022	-1.06621009822	0.0562520464514	-0.329958534792	-1.15489123032	1.08104609702	0.100127154026	0.608197140869	-0.208132623583	-0.0783835693725	0.40040980114	-0.0116996127745	0.0512710910042	30.2815736068	-9.18386451177	-11.5063962807
2	1.31071625919	-0.0800758835484	-0.262023173871	2.30420727365	0.659101766334	1.8392249595	-0.0155223426704	0.0125956651983	0.0328105997371	-0.103769672395	-0.148348426278	0.25069149267	-0.0836621162065	-0.245565615876	0.170949878633	0.130637201442	-0.0225323143689	-0.0321322636885	0.193392333325	-0.0315061155584	0.117260642958	28.0933311067	-7.6191256051	8.5740506818
3	6.17119860562	-2.50554089561	-3.61454957663	3.22727628519	1.68439321246	4.34320769333	-0.106450808584	-0.258727790603	-0.103217776429	0.243550760337	0.120984729574	0.0250761034477	0.477307183006	0.029111495387	0.0113623932066	0.164890942654	-0.0364560237815	-0.0620517474258	0.198224704505	-0.00379232290515	0.109355994416	31.4366793507	-19.3143809368	5.41849432222
4	0.663505475048	1.08691235942	0.240307955023	4.2440541012	2.36107663408	2.52699003916	-0.09576120044	0.120856715595	0.00801441281255	0.0329695935415	0.287333810303	-0.647253854386	0.00406454346289	0.138478129542	-0.129287126895	0.127563005335	-0.0208299925215	-0.00404612688006	0.171904291136	0.00630669986778	0.111747656908	36.2954588946	-7.24917840987	4.19899322597
5	1.20514011919	0.134929894873	-0.329855493855	1.62356519717	0.0560126820693	1.39935529097	0.0253787943512	-0.0367713075295	-0.0047178896357	0.156337862902	-0.0494300218902	-0.00498213965688	0.0595331346519	-0.0355936797244	0.0266636151301	0.142185206733	-0.0325146210888	-0.0436016000639	0.170047461817	-0.00465011188666	0.0829923227179	33.9541685346	-2.46718142452	18.8842596459
6	0.531087175244	0.797060122961	-1.06304326446	3.72236963533	-1.59001031955	3.06594523658	0.0799565118788	-0.296276423062	-0.0817840902042	0.331112030448	-0.147175326001	-0.791295957049	0.015120146379	0.634290951969	0.0118837990947	0.206946501193	-0.0202537284036	-0.0995562819272	0.280771766416	0.00496680317731	0.243538397603	45.3790371251	-0.629514983658	22.7890086824
7	4.41142169591	-0.935634542197	2.3786444778	2.15631866617	0.408300536309	4.85488987511	-0.269340888464	0.500690565613	0.257953586803	-1.00800836774	0.250281566649	-0.433571945679	-0.385599294022	0.532130326912	0.148190700289	0.305248483114	-0.0709992135751	0.0152758567309	0.185541148954	0.0452294983786	0.195939215173	42.4307726213	3.08945890941	4.98072220147
8	2.36853503285	0.316668673758	-1.23253532166	1.2761901968	1.26405074518	3.9525667055	-0.364590488413	0.336244952834	0.402387794521	-1.11265196068	0.565174044459	-0.114670556468	-0.929215703222	0.30504134337	0.200440618689	0.452201729501	-0.180454902558	-0.0521531496317	0.293848197537	-0.0266061578003	0.111241974881	31.3123973514	-6.01687636981	-4.09578435512
9	2.42139976752	0.766135690185	-0.652767874724	2.57947423116	0.537634326145	2.55864669071	-0.099274937989	0.219144390707	-0.00975542524121	-0.166506640595	-0.000881265678012	0.0882654474955	-0.19104489959	-0.00991533459737	0.0962451870105	0.158940439587	-0.0326176164586	-0.0435603481342	0.161588948526	-0.0258543416303	0.0883703330828	25.3672629476	-17.8614066836	-3.44235363233
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16	2.60212172502	0.194163566006	-0.388140753557	3.5027444716	-0.0594747258651	3.62567531909	-0.0367740278606	0.146324022837	0.1520890826	-0.35011156577	-0.0587379469591	1.00475379357	-0.556194486407	-0.598656957457	0.138191435426	0.264447625911	0.0762775947847	-0.0637359895916	0.28837395332	0.0296814708799	0.429929071285	-2.24093494731	-8.68487312684	8.57159331612
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 21 )	A	A	1 - 21	1 - 21
2	2	chain 'A' and (resid 22 through 38 )	A	A	22 - 38	22 - 38
3	3	chain 'A' and (resid 39 through 49 )	A	A	39 - 49	39 - 49
4	4	chain 'A' and (resid 50 through 65 )	A	A	50 - 65	50 - 65
5	5	chain 'A' and (resid 66 through 114 )	A	A	66 - 114	66 - 114
6	6	chain 'A' and (resid 115 through 128 )	A	A	115 - 128	115 - 128
7	7	chain 'A' and (resid 129 through 145 )	A	A	129 - 145	129 - 145
8	8	chain 'A' and (resid 146 through 161 )	A	A	146 - 161	146 - 161
9	9	chain 'A' and (resid 162 through 188 )	A	A	162 - 188	162 - 188
10	10	chain 'B' and (resid 1 through 11 )	B	C	1 - 11	1 - 11
11	11	chain 'B' and (resid 12 through 21 )	B	C	12 - 21	12 - 21
12	12	chain 'B' and (resid 22 through 49 )	B	C	22 - 49	22 - 49
13	13	chain 'B' and (resid 50 through 65 )	B	C	50 - 65	50 - 65
14	14	chain 'B' and (resid 66 through 114 )	B	C	66 - 114	66 - 114
15	15	chain 'B' and (resid 115 through 128 )	B	C	115 - 128	115 - 128
16	16	chain 'B' and (resid 129 through 145 )	B	C	129 - 145	129 - 145
17	17	chain 'B' and (resid 146 through 161 )	B	C	146 - 161	146 - 161
18	18	chain 'B' and (resid 162 through 170 )	B	C	162 - 170	162 - 170
19	19	chain 'B' and (resid 171 through 188 )	B	C	171 - 188	171 - 188

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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