PDB-7l6y: Crystal Structure of the Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase (Ppi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l6y

タイトル

Crystal Structure of the Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase (PpiB) from Streptococcus pyogenes.

要素

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

キーワード

ISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Peptidylprolyl Isomerase

機能・相同性

Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus pyogenes MGAS5005 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Peptidyl-Prolyl Cis-Trans Isomerase (PpiB) from Streptococcus pyogenes.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2020年12月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l6y.cif.gz	201.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l6y.ent.gz	169.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/7l6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2nto-d 3m3m-d 5wxz-d 6avs-d 3f6f-d 4ibp-d 5wxx-d 4k4o-d 6r54-1 4cpf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP97057

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.251, 50.532, 106.977
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.320, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase 分子量: 23417.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes MGAS5005 (化膿レンサ球菌) プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): magic / 参照: UniProt: Q1JI83, peptidylprolyl isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Protein: 8.8 mg/ml, 0.01M Tris HCl (pH 8.3);Screen: Classics II (D10), 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 20% (w/v) PEG5000 MME. PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月22日 / 詳細: Be
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→30 Å / Num. obs: 92003 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 14.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.085 / R_sym value: 0.079 / Χ²: 2.027 / Net I/σ(I): 37.1
反射シェル	解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.799 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 4451 / CC_1/2: 0.91 / R_pim(I) all: 0.303 / R_rim(I) all: 0.855 / R_sym value: 0.799 / Χ²: 1.004 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.28→27.12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 1.784 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1955	4603	5 %	RANDOM
R_work	0.1584	-	-	-
obs	0.1602	87382	98.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 63.01 Å² / B_iso mean: 18.803 Å² / B_iso min: 8.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.44 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.28→27.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3236	0	0	543	3779
B_iso mean	-	-	-	29.48	-
残基数	-	-	-	-	418

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	3515
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.654	4776
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.473	1.588	7488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.685	5	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.748	25.233	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.174	15	590
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.734	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	455
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.05	0.02	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.048	0.02	684
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.836	3	6699

LS精密化シェル

解像度: 1.28→1.314 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	333	-
R_work	0.231	6212	-
all	-	6545	-
obs	-	-	95.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9291	-0.9513	0.771	1.8355	-0.5932	2.5868	-0.0125	0.1099	0.1827	-0.0639	0.0043	-0.1908	-0.2346	0.3554	0.0082	0.0351	-0.0385	0.0306	0.0577	-0.0067	0.084	-6.6428	9.1969	10.4466
2	1.5061	-0.3477	-0.4502	1.2963	0.3137	0.9897	-0.0323	-0.1222	-0.0143	0.0074	0.0223	0.0224	0.0378	-0.0237	0.01	0.0037	0.0036	0.0039	0.035	0.0061	0.0066	-16.6601	-2.0575	17.4418
3	1.3611	-0.3516	-0.8745	0.675	0.58	1.626	0.0222	0.0918	0.0165	-0.0693	-0.0368	0.0168	-0.0492	-0.1471	0.0146	0.0146	0.0093	0.009	0.0664	0.0044	0.0182	-20.5015	1.0605	9.5682
4	0.7727	-0.3001	0.327	0.7283	-0.2175	1.1901	0.0347	0.0603	-0.0534	-0.0777	-0.0042	-0.0647	0.0689	0.0421	-0.0305	0.0222	0.0039	0.0236	0.0622	-0.0043	0.0428	-10.0346	-5.3041	5.2314
5	3.7883	-1.8501	-1.7179	2.4839	0.862	1.3942	0.0461	0.1067	0.2686	0.1495	-0.0393	-0.0665	-0.1964	-0.0152	-0.0068	0.1044	-0.0101	-0.0089	0.0701	-0.0294	0.0938	-13.8768	12.6581	21.802
6	1.4295	0.872	0.8419	1.6525	0.4635	1.8612	0.0379	-0.0762	0.1418	0.0032	-0.0595	0.1477	-0.3107	-0.1969	0.0216	0.0883	0.0292	0.0246	0.0478	0.0118	0.099	-29.4902	33.2889	42.8593
7	1.0175	0.0049	-0.4847	1.2733	0.0059	1.1877	-0.0016	0.0801	-0.023	-0.0375	0.0012	-0.0253	-0.058	0.1124	0.0004	0.0064	-0.0086	0.0056	0.0354	-0.0026	0.0113	-20.5281	21.2196	36.4265
8	1.1238	0.3899	-0.8964	0.7481	-0.1782	1.5637	0.0418	-0.0678	-0.0108	0.0147	-0.0249	-0.0504	-0.1117	0.2112	-0.017	0.013	-0.0203	0.0098	0.0661	-0.0032	0.0237	-15.1098	25.1024	42.6133
9	0.514	0.1695	0.147	0.7412	0.3658	1.1579	0.0367	-0.0211	-0.0459	0.0422	-0.0312	0.0608	0.0199	0.0412	-0.0055	0.011	-0.0013	0.0159	0.0312	0.001	0.0483	-26.2404	18.746	48.2504
10	3.9394	3.0852	-1.6109	4.0803	-0.8536	1.0723	-0.0027	0.0587	0.1632	-0.2011	0.0326	0.0815	-0.1065	0.0296	-0.03	0.1084	0.0014	0.0023	0.1052	0.0715	0.0651	-22.6504	36.841	31.3744

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	60 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	82 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	144 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	194 - 258
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	259 - 268
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	60 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	82 - 139
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	140 - 193
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	194 - 258
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	259 - 268

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