ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0238精密化 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング HKL-3000位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.28→27.12 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.974 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.965 / SU B : 1.784 / SU ML : 0.034 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.057 / ESU R Free : 0.055 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.1955 4603 5 % RANDOM Rwork 0.1584 - - - obs 0.1602 87382 98.11 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 63.01 Å2 / Biso mean : 18.803 Å2 / Biso min : 8.85 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.44 Å2 0 Å2 -0.01 Å2 2- - -0.49 Å2 0 Å2 3- - - 0.05 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.28→27.12 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3236 0 0 543 3779 Biso mean - - - 29.48 - 残基数 - - - - 418
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.006 0.013 3515 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 3184 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.409 1.654 4776 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.473 1.588 7488 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.685 5 462 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg31.748 25.233 172 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg10.174 15 590 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg11.734 15 8 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.067 0.2 455 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.05 0.02 4084 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.048 0.02 684 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr8.836 3 6699
LS精密化 シェル 解像度 : 1.28→1.314 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.268 333 - Rwork 0.231 6212 - all - 6545 - obs - - 95.09 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 10) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.9291 -0.9513 0.771 1.8355 -0.5932 2.5868 -0.0125 0.1099 0.1827 -0.0639 0.0043 -0.1908 -0.2346 0.3554 0.0082 0.0351 -0.0385 0.0306 0.0577 -0.0067 0.084 -6.6428 9.1969 10.4466 2 1.5061 -0.3477 -0.4502 1.2963 0.3137 0.9897 -0.0323 -0.1222 -0.0143 0.0074 0.0223 0.0224 0.0378 -0.0237 0.01 0.0037 0.0036 0.0039 0.035 0.0061 0.0066 -16.6601 -2.0575 17.4418 3 1.3611 -0.3516 -0.8745 0.675 0.58 1.626 0.0222 0.0918 0.0165 -0.0693 -0.0368 0.0168 -0.0492 -0.1471 0.0146 0.0146 0.0093 0.009 0.0664 0.0044 0.0182 -20.5015 1.0605 9.5682 4 0.7727 -0.3001 0.327 0.7283 -0.2175 1.1901 0.0347 0.0603 -0.0534 -0.0777 -0.0042 -0.0647 0.0689 0.0421 -0.0305 0.0222 0.0039 0.0236 0.0622 -0.0043 0.0428 -10.0346 -5.3041 5.2314 5 3.7883 -1.8501 -1.7179 2.4839 0.862 1.3942 0.0461 0.1067 0.2686 0.1495 -0.0393 -0.0665 -0.1964 -0.0152 -0.0068 0.1044 -0.0101 -0.0089 0.0701 -0.0294 0.0938 -13.8768 12.6581 21.802 6 1.4295 0.872 0.8419 1.6525 0.4635 1.8612 0.0379 -0.0762 0.1418 0.0032 -0.0595 0.1477 -0.3107 -0.1969 0.0216 0.0883 0.0292 0.0246 0.0478 0.0118 0.099 -29.4902 33.2889 42.8593 7 1.0175 0.0049 -0.4847 1.2733 0.0059 1.1877 -0.0016 0.0801 -0.023 -0.0375 0.0012 -0.0253 -0.058 0.1124 0.0004 0.0064 -0.0086 0.0056 0.0354 -0.0026 0.0113 -20.5281 21.2196 36.4265 8 1.1238 0.3899 -0.8964 0.7481 -0.1782 1.5637 0.0418 -0.0678 -0.0108 0.0147 -0.0249 -0.0504 -0.1117 0.2112 -0.017 0.013 -0.0203 0.0098 0.0661 -0.0032 0.0237 -15.1098 25.1024 42.6133 9 0.514 0.1695 0.147 0.7412 0.3658 1.1579 0.0367 -0.0211 -0.0459 0.0422 -0.0312 0.0608 0.0199 0.0412 -0.0055 0.011 -0.0013 0.0159 0.0312 0.001 0.0483 -26.2404 18.746 48.2504 10 3.9394 3.0852 -1.6109 4.0803 -0.8536 1.0723 -0.0027 0.0587 0.1632 -0.2011 0.0326 0.0815 -0.1065 0.0296 -0.03 0.1084 0.0014 0.0023 0.1052 0.0715 0.0651 -22.6504 36.841 31.3744
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A60 - 81 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A82 - 143 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A144 - 193 4 X-RAY DIFFRACTION 4 A194 - 258 5 X-RAY DIFFRACTION 5 A259 - 268 6 X-RAY DIFFRACTION 6 B60 - 81 7 X-RAY DIFFRACTION 7 B82 - 139 8 X-RAY DIFFRACTION 8 B140 - 193 9 X-RAY DIFFRACTION 9 B194 - 258 10 X-RAY DIFFRACTION 10 B259 - 268