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万見
- PDB-7l69: Crystal structure of human polymerase eta complexed with syn N7-b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l69
タイトルCrystal structure of human polymerase eta complexed with syn N7-benzylguanine
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*(7BG)P*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')
  • DNA polymerase eta
キーワードREPLICATION / DPO4 / Y-family DNA polymerase / Translesion synthesis / TRANSFERASE / extension / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / Termination of translesion DNA synthesis / replication fork / Translesion Synthesis by POLH ...response to UV-C / error-free translesion synthesis / DNA synthesis involved in DNA repair / cellular response to UV-C / pyrimidine dimer repair / error-prone translesion synthesis / regulation of DNA repair / Termination of translesion DNA synthesis / replication fork / Translesion Synthesis by POLH / HDR through Homologous Recombination (HRR) / response to radiation / site of double-strand break / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA repair / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family ...Ubiquitin-Binding Zinc Finger / DNApol eta/Rev1, HhH motif / DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Jung, H. / Lee, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human polymerase eta complexed with syn N7-benzylguanine
著者: Jung, H. / Lee, S.
履歴
登録2020年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase eta
T: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*(7BG)P*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5243
ポリマ－54,5243
非ポリマー00
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.994, 98.994, 81.886
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase eta / RAD30 homolog A / Xeroderma pigmentosum variant type protein


分子量: 48325.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLH, RAD30, RAD30A, XPV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y253, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*(7BG)P*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*T)-3')


分子量: 3691.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G)-3')


分子量: 2506.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES pH 6.5 20% PEG2000 MME 5 mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 35888 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. unique obs: 1774 / CC1/2: 0.699 / Rpim(I) all: 0.473 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O3N

4o3n


解像度: 1.91→49.5 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 1933 5.4 %
Rwork0.1867 --
obs0.1888 35814 99.82 %
原子変位パラメータBiso mean: 35.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→49.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3345 396 0 215 3956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00743843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99445264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0548592
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005615
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.24121490
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.95 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3151 123 -
Rwork0.2526 2402 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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