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- PDB-7l5c: Structure of copper bound MEMO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7l5c
タイトルStructure of copper bound MEMO1
要素Protein MEMO1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Breast Cancer / Metastasis / Cell motility / iron binding protein
機能・相同性MEMO1 family / Memo-like protein / regulation of microtubule-based process / ERBB2 Regulates Cell Motility / nucleus / cytosol / COPPER (I) ION / Protein MEMO1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Boniecki, M.T. / Uhlemann, E.E. / Dmitriev, O.Y.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2017-06822 カナダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: MEMO1 binds iron and modulates iron homeostasis in cancer cells.
著者: Dolgova, N. / Uhlemann, E.E. / Boniecki, M.T. / Vizeacoumar, F.S. / Ara, A. / Nouri, P. / Ralle, M. / Tonelli, M. / Abbas, S.A. / Patry, J. / Elhasasna, H. / Freywald, A. / Vizeacoumar, F.J. / Dmitriev, O.Y.
履歴
登録2020年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月22日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein MEMO1
B: Protein MEMO1
C: Protein MEMO1
D: Protein MEMO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,10625
ポリマ－133,7674
非ポリマー1,33921
水2,216123
1
A: Protein MEMO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6294
ポリマ－33,4421
非ポリマー1883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein MEMO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7225
ポリマ－33,4421
非ポリマー2804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein MEMO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,00210
ポリマ－33,4421
非ポリマー5609
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein MEMO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7546
ポリマ－33,4421
非ポリマー3125
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.630, 87.160, 98.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 7 through 22 or (resid 23...
21(chain B and (resid 7 through 32 or (resid 33...
31(chain C and (resid 7 through 23 or (resid 24...
41(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CYSCYSPROPRO(chain A and (resid 7 through 22 or (resid 23...AA7 - 224 - 19
12GLNGLNLEULEU(chain A and (resid 7 through 22 or (resid 23...AA23 - 2420 - 21
13VALVALHISHIS(chain A and (resid 7 through 22 or (resid 23...AA5 - 2972 - 294
14VALVALHISHIS(chain A and (resid 7 through 22 or (resid 23...AA5 - 2972 - 294
15VALVALHISHIS(chain A and (resid 7 through 22 or (resid 23...AA5 - 2972 - 294
16VALVALHISHIS(chain A and (resid 7 through 22 or (resid 23...AA5 - 2972 - 294
21CYSCYSLEULEU(chain B and (resid 7 through 32 or (resid 33...BB7 - 324 - 29
22SERSERSERSER(chain B and (resid 7 through 32 or (resid 33...BB3330
23VALVALHISHIS(chain B and (resid 7 through 32 or (resid 33...BB6 - 2973 - 294
24VALVALHISHIS(chain B and (resid 7 through 32 or (resid 33...BB6 - 2973 - 294
25VALVALHISHIS(chain B and (resid 7 through 32 or (resid 33...BB6 - 2973 - 294
26VALVALHISHIS(chain B and (resid 7 through 32 or (resid 33...BB6 - 2973 - 294
31CYSCYSGLNGLN(chain C and (resid 7 through 23 or (resid 24...CC7 - 234 - 20
32LEULEULEULEU(chain C and (resid 7 through 23 or (resid 24...CC2421
33VALVALHISHIS(chain C and (resid 7 through 23 or (resid 24...CC5 - 2972 - 294
34VALVALHISHIS(chain C and (resid 7 through 23 or (resid 24...CC5 - 2972 - 294
35VALVALHISHIS(chain C and (resid 7 through 23 or (resid 24...CC5 - 2972 - 294
36VALVALHISHIS(chain C and (resid 7 through 23 or (resid 24...CC5 - 2972 - 294
41CYSCYSGLNGLN(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...DD7 - 234 - 20
42LEULEULEULEU(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...DD2421
43VALVALVALVAL(chain D and (resid 7 through 23 or (resid 24...DD5 - 2962 - 293

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要素

#1: タンパク質
Protein MEMO1 / C21orf19-like protein / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 7 / HCV NS5A-transactivated ...C21orf19-like protein / Hepatitis C virus NS5A-transactivated protein 7 / HCV NS5A-transactivated protein 7 / Mediator of ErbB2-driven cell motility 1 / Memo-1


分子量: 33441.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEMO1, C2orf4, MEMO, NS5ATP7, CGI-27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y316
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M MES pH 5.5-7.0 22% PEG3350 crystallization under anaerobic conditions

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→42.91 Å / Num. obs: 40238 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 14.854 % / Biso Wilson estimate: 39.053 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rrim(I) all: 0.193 / Χ2: 0.813 / Net I/σ(I): 16.56
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.55-2.6715.0291.0923.1376841511451130.8861.13100
2.67-2.815.0250.8144.269027459445940.9460.842100
2.8-2.9415.0330.6255.3860853404940480.960.647100
2.94-3.115.0280.4637.1357781384538450.9810.479100
3.1-3.2814.9880.31810.1951889346334620.9910.329100
3.28-3.4814.970.2271445673305130510.9940.235100
3.48-3.714.9380.16518.7939465264226420.9970.17100
3.7-3.9614.8660.12324.0336378244724470.9980.128100
3.96-4.2514.8630.09329.630544205520550.9990.097100
4.25-4.614.7870.07435.6427429185518550.9990.077100
4.6-514.7450.0736.3822472152415240.9990.073100
5-42.9114.1620.06338.0279337561556020.9990.06599.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19rc3_4028精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoProcessデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KQ8

7kq8


解像度: 2.55→42.91 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2467 3797 4.98 %
Rwork0.1891 72432 -
obs0.1919 40238 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.51 Å2 / Biso mean: 44.7183 Å2 / Biso min: 20.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→42.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9070 0 74 123 9267
Biso mean--53 39.72 -
残基数----1170
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3504X-RAY DIFFRACTION2.824TORSIONAL
12B3504X-RAY DIFFRACTION2.824TORSIONAL
13C3504X-RAY DIFFRACTION2.824TORSIONAL
14D3504X-RAY DIFFRACTION2.824TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.55-2.580.33651400.294626822822100
2.58-2.620.32131420.272226522794100
2.62-2.650.31411400.259727152855100
2.65-2.690.28641440.248126642808100
2.69-2.730.35351390.245826922831100
2.73-2.770.31791420.241126702812100
2.77-2.820.30221410.223927192860100
2.82-2.870.31171370.214826752812100
2.87-2.920.26221430.220127132856100
2.92-2.980.3041370.221426532790100
2.98-3.040.27611420.225226482790100
3.04-3.10.30061410.210627162857100
3.1-3.170.26761430.204426762819100
3.17-3.250.24381380.193126742812100
3.25-3.340.23851390.188126992838100
3.34-3.440.26771480.176326832831100
3.44-3.550.26451410.17726502791100
3.55-3.680.23641410.1827132854100
3.68-3.820.22031400.16626652805100
3.82-40.20091450.158626952840100
4-4.210.20561370.15626602797100
4.21-4.470.2371410.150627072848100
4.47-4.820.22621360.142526912827100
4.82-5.30.21861400.169826732813100
5.3-6.070.26191370.195726892826100
6.07-7.630.22681450.205426862831100
7.64-42.910.16171380.17482672281099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.05610.15290.36030.79330.17023.51370.0364-0.21780.00910.003-0.03510.0403-0.1306-0.2304-0.00170.2328-0.0039-0.00060.3125-0.01470.284919.831920.722711.423
21.32690.11081.39971.0702-1.09296.7839-0.02150.04320.1131-0.18790.00180.03120.5103-0.08770.06060.3318-0.0130.00860.3739-0.02480.306519.556714.76859.6046
31.6642-0.0907-1.08041.07460.42043.7073-0.00210.0805-0.13230.0265-0.085-0.0292-0.03890.02630.08020.2025-0.019-0.00950.29440.01870.257654.738424.51499.8547
41.25230.1721-0.39740.6525-0.24426.95150.0899-0.04450.00240.01740.1176-0.02920.62830.269-0.10990.29130.013-0.01710.30930.01290.303856.224118.433960.5569
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 5 through 297)A5 - 297
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 6 through 297)B6 - 297
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 5 through 297)C5 - 297
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 5 through 297)D5 - 297

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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