PDB-7l3o: Crystal Structure of the RNA binding domain of Threonyl-tRNA synt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l3o

タイトル

Crystal Structure of the RNA binding domain of Threonyl-tRNA synthetase from Cryptosporidium parvum Iowa II

要素

Threonyl-tRNA synthetase

キーワード

LIGASE / SSGCID / Threonyl-tRNA synthetase / class-II aminoacyl-tRNA synthetase family / Cryptosporidium parvum / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

threonine-tRNA ligase / threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of the RNA binding domain of Threonyl-tRNA synthetase from Cryptosporidium parvum Iowa II
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l3o.cif.gz	807.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l3o.ent.gz	553 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7l3o_validation.pdf.gz	456.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l3o_full_validation.pdf.gz	469 KB	表示
XML形式データ	7l3o_validation.xml.gz	64.5 KB	表示
CIF形式データ	7l3o_validation.cif.gz	93.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l3/7l3o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4hwtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4p3o-d 4p3p-d 1evk-d 3fsy-3 7cbi-d 6l2p-d 1evl-2 3ugt-1 4ttv-2 3fsy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (19) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (19)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Threonyl-tRNA synthetase

B: Threonyl-tRNA synthetase

C: Threonyl-tRNA synthetase

D: Threonyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Threonyl-tRNA synthetase

D: Threonyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Threonyl-tRNA synthetase

C: Threonyl-tRNA synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.730, 67.450, 143.180
Angle α, β, γ (deg.)	91.585, 97.530, 120.777
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Threonyl-tRNA synthetase 分子量: 51404.312 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 330-763 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (strain Iowa II) (小形クリプトスポリジウム) 株: Iowa II / 遺伝子: cgd7_1710 / プラスミド: CrpaA.18896.a.B3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CYN0, threonine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Microlytic MCSG1 screen e9: 200mM CaCl2, 20% (w/V) PEG 3350: CrpaA.18896.a.B3.PW38874 at 18mg/ml: tray 317798 e9: cryo: 20% EG in 2 steps: puck dxt2-9.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月24日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 116442 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.242 % / B_iso Wilson estimate: 41.307 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 0.939 / Net I/σ(I): 12.35

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	3.004	0.422	2.93	8551	0.851	0.514	95.2
2.15-2.21	3.295	0.35	3.81	8502	0.893	0.422	96.7
2.21-2.28	3.298	0.31	4.43	8269	0.907	0.374	96.6
2.28-2.35	3.297	0.27	5.03	8043	0.927	0.325	96.6
2.35-2.42	3.283	0.221	5.95	7759	0.951	0.266	97.1
2.42-2.51	3.281	0.178	7.12	7520	0.967	0.215	96.9
2.51-2.6	3.272	0.149	8.28	7213	0.975	0.18	97
2.6-2.71	3.268	0.118	9.67	6986	0.984	0.142	96.6
2.71-2.83	3.252	0.099	11.25	6681	0.987	0.119	96.7
2.83-2.97	3.237	0.077	13.6	6395	0.992	0.093	96.5
2.97-3.13	3.233	0.068	15.34	6051	0.992	0.082	95.8
3.13-3.32	3.224	0.054	18.28	5626	0.995	0.065	95
3.32-3.55	3.223	0.046	21.16	5225	0.996	0.056	94.2
3.55-3.83	3.232	0.042	23.28	4868	0.996	0.051	94
3.83-4.2	3.236	0.041	25.27	4472	0.996	0.049	93.5
4.2-4.7	3.244	0.039	26.62	4126	0.996	0.047	94.9
4.7-5.42	3.251	0.038	26.73	3578	0.996	0.046	94.3
5.42-6.64	3.26	0.039	26.16	3048	0.996	0.047	94.3
6.64-9.39	3.244	0.038	27.09	2352	0.995	0.045	94.5
9.39-50	3.15	0.037	28.08	1177	0.995	0.045	87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.19rc4-4035	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4hwt in two domains as per MoRDa

4hwt

解像度: 2.1→47.26 Å / SU ML: 0.2533 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 23.6971
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2129	1978	1.7 %	0
R_work	0.1782	114415	-	-
obs	0.1788	116393	95.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12811	0	6	939	13756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	13221
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8214	17916
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0478	1929
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0074	2317
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4541	4833

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.15	0.2712	171	0.2434	8073	X-RAY DIFFRACTION	95.21
2.15-2.21	0.3092	173	0.2262	8222	X-RAY DIFFRACTION	96.58
2.21-2.28	0.302	125	0.2221	8325	X-RAY DIFFRACTION	96.62
2.28-2.35	0.2532	150	0.2125	8242	X-RAY DIFFRACTION	96.66
2.35-2.43	0.2674	129	0.2089	8271	X-RAY DIFFRACTION	96.92
2.43-2.53	0.2632	174	0.2013	8237	X-RAY DIFFRACTION	96.83
2.53-2.65	0.2653	138	0.2017	8252	X-RAY DIFFRACTION	96.89
2.65-2.79	0.2389	124	0.2043	8241	X-RAY DIFFRACTION	96.66
2.79-2.96	0.2569	129	0.2043	8264	X-RAY DIFFRACTION	96.44
2.96-3.19	0.2348	140	0.2022	8144	X-RAY DIFFRACTION	95.66
3.19-3.51	0.2193	119	0.1864	8121	X-RAY DIFFRACTION	94.89
3.51-4.02	0.1791	143	0.1559	7989	X-RAY DIFFRACTION	93.68
4.02-5.06	0.1564	127	0.1309	8076	X-RAY DIFFRACTION	94.24
5.06-47.26	0.1643	136	0.1572	7958	X-RAY DIFFRACTION	93.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.42963812479	-1.11811241713	0.200223235566	4.61439739485	-0.00841911129363	2.02883229548	0.132067838009	-0.719860400958	-0.253662685222	0.521367222047	0.0828412212555	-0.336791998602	0.208423344699	0.0225909787002	-0.155953043972	0.406064144958	-0.0987795813191	-0.0769724334526	0.278624951987	0.0591870049579	0.33942453827	-27.8755108762	-34.371568894	-44.5371394327
2	0.0830100399586	0.574081077662	-0.523156934692	5.31788964315	-3.52355385749	3.40118188146	0.324797207265	-0.507180844116	-0.541549978408	0.112032482676	0.27296482732	1.08535869058	0.680536798103	-1.20510569585	-0.549708799979	0.424904342774	-0.19607523118	-0.0612471291846	0.595189806699	0.214000130739	0.585285175968	-36.9763996388	-36.0829292237	-45.7416112023
3	0.902511380608	-0.0473630736402	-0.927216178213	2.19476376734	-0.237945897591	0.997135465269	0.17565759633	-0.0715198932538	-0.659442609632	0.174058383222	-0.0358872214584	-0.105534704744	0.927329582966	-0.230787808092	-0.254176420013	0.784971861482	-0.153690285071	-0.301787186653	0.281167336862	0.188485813163	0.7764635785	-31.6908534322	-45.1701973253	-49.4183050956
4	1.14262028006	-1.33204305731	2.01107954039	6.38053269608	-6.3258680904	6.77349718704	-0.00237768778985	-0.0383660673241	-0.198962514485	-0.835138503718	-0.0624673283071	-0.78563322828	1.39088644695	0.159084335815	0.0824456739379	0.602603416246	0.0340101226475	-0.0386341957109	0.221829356605	-0.0381242871254	0.484842137533	-23.1080182013	-37.3592754861	-58.2055835272
5	1.85128979956	0.780977725646	0.166911891471	1.86162150341	0.0688777769551	1.9303016038	0.0754958312151	-0.192589206072	0.343337390346	0.0702881309447	-0.0542761136418	0.480525148341	-0.233627717594	-0.18851341726	-0.0327378032949	0.189575451979	0.0490842414905	0.0332692580466	0.269239340269	-0.0168652228624	0.335410234315	2.53279721149	8.39753951765	22.0299284122
6	1.45898424407	0.953410417585	0.0641340193776	1.93439906776	-1.41856354854	3.81919912811	0.000845732082435	-0.192449742551	0.443159753661	0.330857329007	-0.0201289112167	0.303499496867	-0.702268856312	-0.0931401229482	-0.0287101862575	0.311868141362	0.0572151340012	0.0676371291943	0.282407578023	-0.0645279244194	0.406115396826	5.42613554854	15.2361532823	23.5114909582
7	2.27911328548	0.608230288012	-0.101383348389	1.91033371237	0.150808130917	1.93641739503	0.250819011162	-0.600055828383	0.239489561311	0.413433417845	-0.196207985206	0.293039480778	-0.278041876438	-0.120328229043	-0.0719954516976	0.286556986518	-0.021731570927	0.0778414106024	0.421257064879	-0.0663136941354	0.267272067066	10.7845276817	9.11365936042	36.3177980116
8	6.89535888063	0.662620106138	-1.96655250689	6.30390626109	-1.74899428322	8.74087985382	-0.0814486524521	0.826598551207	-0.407275578833	-1.45553238378	0.16132148577	0.141312648873	0.728731182284	-0.0288699455066	-0.02562638174	0.467860192676	0.0262759300261	0.0294791842293	0.48618208419	-0.160378201075	0.366646214117	29.5567529992	-8.1758647512	2.015096817
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14	1.90799603359	0.771417213116	0.191750061028	0.924117708145	-0.886173346881	2.58194233249	-0.143982426679	-0.161973478211	0.353683999207	0.173483168371	0.0799765208977	-0.0454508619083	-0.200395170527	0.0902307529094	0.0257179332958	0.315841785197	0.0397790950328	0.0237633867374	0.233554822463	-0.0376137218706	0.300929809082	-16.6387196046	0.0634335754327	-44.9961602343
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19	1.48075233917	0.579869223851	0.549813344588	1.49647120988	0.197495016146	1.79078517129	-0.214604324534	0.434629137789	0.236976981738	-0.347644189794	0.160734076826	0.140361173454	-0.400909782713	-0.0997251370188	-0.0144278055477	0.345802238881	-0.0457243674959	-0.0349096208368	0.316291892371	0.102706976976	0.244381820103	-29.0581449977	-8.37173828609	-72.6229188071
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21	1.32207371338	1.40420084756	-0.379788275542	3.59552400002	-1.29740036348	2.61911752849	-0.197976398715	0.382425909828	0.306958181427	-0.260359093329	0.188328122227	0.0771826457229	-0.36881139598	-0.0469465153972	-0.0487118591225	0.334756144687	-0.0261214604486	-0.02863021205	0.307929866704	0.0935962502074	0.264888316369	-30.0226408095	-7.02683236272	-73.8830857425

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 648 through 695 )	C	G	648 - 695	292 - 339
2	2	chain 'C' and (resid 696 through 714 )	C	G	696 - 714	340 - 358
3	3	chain 'C' and (resid 715 through 735 )	C	G	715 - 735	359 - 379
4	4	chain 'C' and (resid 736 through 757 )	C	G	736 - 757	380 - 401
5	5	chain 'D' and (resid 332 through 454 )	D	I	332 - 454	1 - 123
6	6	chain 'D' and (resid 455 through 481 )	D	I	455 - 481	124 - 150
7	7	chain 'D' and (resid 482 through 666 )	D	I	482 - 666	151 - 309
8	8	chain 'D' and (resid 667 through 695 )	D	I	667 - 695	310 - 338
9	9	chain 'D' and (resid 696 through 735 )	D	I	696 - 735	339 - 378
10	10	chain 'D' and (resid 736 through 757 )	D	I	736 - 757	379 - 400
11	11	chain 'A' and (resid 333 through 555 )	A	A	333 - 555	1 - 223
12	12	chain 'A' and (resid 556 through 757 )	A	A	556 - 757	224 - 400
13	13	chain 'B' and (resid 332 through 454 )	B	D	332 - 454	1 - 123
14	14	chain 'B' and (resid 455 through 481 )	B	D	455 - 481	124 - 150
15	15	chain 'B' and (resid 482 through 555 )	B	D	482 - 555	151 - 224
16	16	chain 'B' and (resid 556 through 735 )	B	D	556 - 735	225 - 379
17	17	chain 'B' and (resid 736 through 757 )	B	D	736 - 757	380 - 401
18	18	chain 'C' and (resid 332 through 436 )	C	G	332 - 436	1 - 105
19	19	chain 'C' and (resid 437 through 521 )	C	G	437 - 521	106 - 190
20	20	chain 'C' and (resid 522 through 555 )	C	G	522 - 555	191 - 224
21	21	chain 'C' and (resid 556 through 647 )	C	G	556 - 647	225 - 291

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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