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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l39 | ||||||
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タイトル | T4 Lysozyme L99A - toluene - RT | ||||||
![]() | Endolysin | ||||||
![]() | HYDROLASE / RT / toluene / L99A | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fischer, M. / Bradford, S.Y.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Temperature artifacts in protein structures bias ligand-binding predictions. 著者: Bradford, S.Y.C. / El Khoury, L. / Ge, Y. / Osato, M. / Mobley, D.L. / Fischer, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 815.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 815.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7l37C ![]() 7l38C ![]() 7l3aC ![]() 7l3bC ![]() 7l3cC ![]() 7l3dC ![]() 7l3eC ![]() 7l3fC ![]() 7l3gC ![]() 7l3hC ![]() 7l3iC ![]() 7l3jC ![]() 7l3kC ![]() 4w51S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 18620.387 Da / 分子数: 1 / 変異: R12G/I137R/L99A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 94分子 ![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MBN.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MBN.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-TRS / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-MBN / |
#5: 化合物 | ChemComp-BME / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.53 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Crystals were grown from a 10 mg/mL frozen protein solution by the hanging drop method at 291-293K, with a 1:1 drop ratio of protein to solution and over a well solution of 0.1 M Tris- ...詳細: Crystals were grown from a 10 mg/mL frozen protein solution by the hanging drop method at 291-293K, with a 1:1 drop ratio of protein to solution and over a well solution of 0.1 M Tris-hydrochloride (pH 8), 20%-26% (w/v) PEG 4000, 70-170 mM lithium citrate, 8%-18% 2-propanol, 50 mM 2-mercaptoethanol, and 50 mM 2-hydroxyethyl disulfide Temp details: 291-293 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 278 K / Ambient temp details: RT / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月15日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.35→46.52 Å / Num. obs: 47088 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 13.2 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4w51 解像度: 1.35→46.517 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.07 Å2 / Biso mean: 22.5415 Å2 / Biso min: 12.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→46.517 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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