ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0267精密化 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 5FEF解像度 : 2.3→33.94 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.966 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.945 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.248 / ESU R Free : 0.207 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2415 395 4.9 % RANDOM Rwork 0.1972 - - - obs 0.1997 7700 99.73 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 128.93 Å2 / Biso mean : 65.408 Å2 / Biso min : 41.68 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.88 Å2 -0.44 Å2 -0 Å2 2- - -0.88 Å2 0 Å2 3- - - 2.85 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.3→33.94 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 992 0 13 16 1021 Biso mean - - 117.84 68.05 - 残基数 - - - - 131
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.014 0.013 1036 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.036 0.017 960 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.49 1.641 1402 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg2.294 1.579 2226 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.285 5 132 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg29.988 24.13 46 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg11.9 15 172 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg8.655 15 3 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.074 0.2 129 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.008 0.02 1192 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.011 0.02 214
LS精密化 シェル 解像度 : 2.301→2.361 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.4 29 - Rwork 0.302 556 - all - 585 - obs - - 98.98 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 3.5521 -1.9796 -1.0739 6.0868 0.2944 6.7549 0.1248 0.244 -0.0399 -0.1235 -0.4259 0.0645 1.1895 -0.2749 0.301 0.4512 0.0993 0.017 0.1218 -0.038 0.0205 25.933 -8.047 20.867 2 6.9646 -0.1463 0.3925 5.8386 1.4379 4.3208 0.3201 1.089 0.4779 -0.7243 -0.618 -0.1895 0.0274 0.2336 0.298 0.4025 0.2555 0.091 0.3042 0.1315 0.0671 30.821 2.489 6.805 3 2.3999 -1.5968 0.1764 3.7238 -2.929 6.7216 0.2432 0.1367 -0.0106 -0.1587 -0.5569 -0.1291 -0.0299 0.2619 0.3138 0.2784 0.1041 0.0095 0.1383 0.0138 0.0183 27.863 1.489 20.109
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 42 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A43 - 81 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A82 - 131