PDB-7kud: Ax2 Domain of VEGF Readthrough Element

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kud

タイトル

Ax2 Domain of VEGF Readthrough Element

要素

VEGF Ax2

キーワード

RNA / Stop codon readthrough / VEGF mRNA / stem-loop

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

NMR Structure

データ登録者

D'Souza, V.M. / Wagner, N.O. / Edwards, J.M.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Stop codon readthrough in VEGF-A is regulated by complex signals
著者: Wagner, N.O. / Edwards, J.E. / Abramovich, J. / Gupta, P. / Swaminathan, H. / Rouskin, S. / D'Souza, V.M.

履歴

登録	2020年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kud.cif.gz	83.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kud.ent.gz	68 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7kud_validation.pdf.gz	376 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7kud_full_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示
XML形式データ	7kud_validation.xml.gz	4.9 KB	表示
CIF形式データ	7kud_validation.cif.gz	6.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/7kud	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kubC 7kucC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30818Ax2 Domain of VEGF Readthrough Element

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リンク

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PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
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リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
#249 - 2020年9月
SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
類似性 (1)
#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
類似性 (1)
#210 - 2017年6月
アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
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#65 - 2005年5月
自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: VEGF Ax2

4.17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, isothermal titration calorimetry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	VEGF Ax2 分子量: 4173.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY
2	2	2	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	100 uM RNA, 100% D2O	D2O_NOESY	100% D2O
solution	2	100 uM RNA, 90% H2O/10% D2O	H2O_NOESY	90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
100 uM	RNA	natural abundance	1
100 uM	RNA	natural abundance	2

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	Label	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	50 mM	conditions_d2o	5.6	ambient	311 K
2	50 mM	conditions_h2o	5.6	ambient	298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Ascend800 / 製造業者: Bruker / モデル: Ascend800 / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRViewJ	Johnson, Bruce	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
X-PLOR	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 4

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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関連情報:EMDBヘッダ

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