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- PDB-7kq3: Structure of isethionate sulfite-lyase from Bilophila wadsworthia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kq3
タイトルStructure of isethionate sulfite-lyase from Bilophila wadsworthia with substrate isethionate bound
要素Isethionate sulfite-lyase
キーワードLYASE / glycyl radical enzyme / isethionate-sulfite lyase / carbon-sulfur bond cleavage / microbiome
機能・相同性
機能・相同性情報


isethionate sulfite-lyase / alkanesulfonate catabolic process / lyase activity
類似検索 - 分子機能
: / Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
2-hydroxyethylsulfonic acid / Isethionate sulfite-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Bilophila wadsworthia
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.688 Å
データ登録者Dawson, C.D. / Backman, L.R.F. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM126982 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM069857 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Molecular basis of C-S bond cleavage in the glycyl radical enzyme isethionate sulfite-lyase.
著者: Dawson, C.D. / Irwin, S.M. / Backman, L.R.F. / Le, C. / Wang, J.X. / Vennelakanti, V. / Yang, Z. / Kulik, H.J. / Drennan, C.L. / Balskus, E.P.
履歴
登録2020年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isethionate sulfite-lyase
B: Isethionate sulfite-lyase
C: Isethionate sulfite-lyase
D: Isethionate sulfite-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,8318
ポリマ－376,3274
非ポリマー5054
水16,988943
1
A: Isethionate sulfite-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2082
ポリマ－94,0821
非ポリマー1261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isethionate sulfite-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2082
ポリマ－94,0821
非ポリマー1261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Isethionate sulfite-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2082
ポリマ－94,0821
非ポリマー1261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Isethionate sulfite-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2082
ポリマ－94,0821
非ポリマー1261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.954, 163.754, 181.651
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth seq-ID: 6 - 830 / Label seq-ID: 6 - 830

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

-
要素

#1: タンパク質
Isethionate sulfite-lyase / Glycyl radical enzyme IslA / GRE IslA


分子量: 94081.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bilophila wadsworthia (strain 3_1_6) (バクテリア)
株: 3_1_6 / 遺伝子: islA, iseG, HMPREF0179_00639 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: E5Y378, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Sリアーゼ類; -
#2: 化合物
ChemComp-8X3 / 2-hydroxyethylsulfonic acid / 2-oxidanylethanesulfonic acid / イセチオン酸


分子量: 126.132 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 943 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.16 M sodium bromide, 20% PEG 3350, and 10 mM sodium isethionate. Paraffin oil was used as a cryoprotectant.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.688→50 Å / Num. obs: 107420 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.969 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.6881→2.7186 Å / Num. unique obs: 10625 / CC1/2: 0.496

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FAU

5fau


解像度: 2.688→49.223 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 5364 5 %
Rwork0.1837 101933 -
obs0.1856 107297 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.34 Å2 / Biso mean: 36.722 Å2 / Biso min: 20.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.688→49.223 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26332 0 28 943 27303
Biso mean--31.49 34.46 -
残基数----3300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00426992
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62336556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.29616176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0453892
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054788
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A16345X-RAY DIFFRACTION8.279TORSIONAL
12B16345X-RAY DIFFRACTION8.279TORSIONAL
13C16345X-RAY DIFFRACTION8.279TORSIONAL
14D16345X-RAY DIFFRACTION8.279TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6881-2.71860.30771540.2724292886
2.7186-2.75060.31761770.274336199
2.7506-2.78410.31121780.2652338799
2.7841-2.81940.28281780.2562337799
2.8194-2.85650.30871800.2447341799
2.8565-2.89560.27071780.2392337299
2.8956-2.9370.28591790.2431340099
2.937-2.98080.28411800.2315344799
2.9808-3.02740.26991790.2276337699
3.0274-3.0770.26911780.223337399
3.077-3.130.24631780.2136339199
3.13-3.18690.27121780.219339199
3.1869-3.24820.26371780.2177337199
3.2482-3.31450.2451790.2268340299
3.3145-3.38660.29581800.2069342299
3.3866-3.46530.23091790.1993340799
3.4653-3.5520.21091800.1902343599
3.552-3.6480.21051770.1774338099
3.648-3.75530.23261800.1738339899
3.7553-3.87640.22671790.1597340399
3.8764-4.01490.19091790.1614339999
4.0149-4.17560.17691780.1474339499
4.1756-4.36550.19021830.1469347099
4.3655-4.59550.18891800.14373417100
4.5955-4.88320.17631820.14263470100
4.8832-5.25990.18371830.1505346499
5.2599-5.78840.21591810.1706345899
5.7884-6.62430.21351810.1731341697
6.6243-8.33940.18131800.1616343597
8.3394-49.2230.17111880.1554357296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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