PDB-7kpz: 1.70 A resolution crystal structure of Group A Streptococcus HupZ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7kpz

タイトル

1.70 A resolution crystal structure of Group A Streptococcus HupZ-V5-His6

要素

HupZ

キーワード

OXIDOREDUCTASE / heme degradation / heme binding protein / enzyme

機能・相同性

Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / FMN-binding split barrel / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase N-terminal domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.703 Å

データ登録者

Li, J. / Liu, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01CA247379	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM108988	米国

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2021
タイトル: Heme Binding to HupZ with a C-Terminal Tag from Group A Streptococcus.
著者: Traore, E.S. / Li, J. / Chiura, T. / Geng, J. / Sachla, A.J. / Yoshimoto, F. / Eichenbaum, Z. / Davis, I. / Mak, P.J. / Liu, A.

履歴

登録	2020年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7kpz.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7kpz.ent.gz	48.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7kpz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/7kpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/7kpz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kq2C 5escS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3his-1 3f7e-d 5gm7-d 3hp0-6 2op5-1 3g40-d 1lp8-d 2op5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HupZ

B: HupZ

37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, DIMER

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.020, 62.378, 94.884
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HupZ / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase 分子量: 18502.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: MGAS10270_Spy0711 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9A0B9*PLUS, pyridoxal 5'-phosphate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 23.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M lithium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97913 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月22日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97913 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 26686 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 0.975 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 258352

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	9.9	0.183	1332	0.986	0.061	0.193	0.541	99.9
1.73-1.76	10	0.166	1297	0.988	0.055	0.175	0.543	99.5
1.76-1.79	10	0.155	1312	0.989	0.051	0.163	0.575	99.8
1.79-1.83	9.8	0.139	1316	0.99	0.046	0.146	0.624	99.8
1.83-1.87	9.9	0.126	1304	0.991	0.042	0.133	0.672	99.8
1.87-1.91	9.5	0.131	1314	0.993	0.043	0.138	0.742	99.8
1.91-1.96	8.8	0.1	1298	0.993	0.035	0.106	0.807	99.4
1.96-2.02	10	0.096	1341	0.995	0.032	0.101	0.887	99.9
2.02-2.07	10.1	0.09	1312	0.994	0.03	0.095	0.907	99.8
2.07-2.14	10	0.084	1324	0.996	0.028	0.089	0.951	99.8
2.14-2.22	9.8	0.081	1327	0.995	0.027	0.085	1.006	99.8
2.22-2.31	9.5	0.077	1320	0.995	0.026	0.082	1.093	99.5
2.31-2.41	9.1	0.073	1319	0.995	0.026	0.077	1.078	99.8
2.41-2.54	10.1	0.07	1322	0.998	0.023	0.073	1.078	99.8
2.54-2.7	10	0.068	1351	0.997	0.023	0.072	1.161	99.6
2.7-2.91	9.8	0.063	1328	0.998	0.021	0.067	1.23	99.9
2.91-3.2	9.2	0.057	1347	0.997	0.02	0.061	1.295	99.6
3.2-3.66	10	0.054	1386	0.997	0.018	0.057	1.396	99.9
3.66-4.61	9.1	0.049	1366	0.998	0.017	0.052	1.315	99.3
4.61-50	9.1	0.049	1470	0.998	0.017	0.052	1.558	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.9	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5ESC

5esc

解像度: 1.703→37.761 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2187	1998	7.5 %
R_work	0.1836	24635	-
obs	0.1863	26633	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.58 Å² / B_iso mean: 28.1544 Å² / B_iso min: 14.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.703→37.761 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1979	0	0	208	2187
B_iso mean	-	-	-	34.66	-
残基数	-	-	-	-	251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2009
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.056	2703
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	291
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	357
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.674	761

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.703-1.7453	0.2203	138	0.1875	1701	97
1.7453-1.7925	0.2493	139	0.1894	1715	100
1.7925-1.8452	0.2432	142	0.1863	1744	100
1.8452-1.9048	0.2398	142	0.197	1750	100
1.9048-1.9728	0.2414	139	0.1764	1710	100
1.9728-2.0518	0.2119	140	0.1853	1726	100
2.0518-2.1452	0.225	145	0.1887	1778	100
2.1452-2.2583	0.2107	139	0.1831	1742	100
2.2583-2.3998	0.2271	143	0.1819	1750	100
2.3998-2.585	0.2206	143	0.2108	1767	100
2.585-2.8451	0.239	144	0.2041	1778	100
2.8451-3.2566	0.2523	144	0.1958	1774	100
3.2566-4.1021	0.1866	147	0.17	1812	100
4.1021-37.761	0.2046	153	0.1687	1888	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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