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- PDB-7ko9: Crystal structure of antigen 43 from uropathogenic Escherichia co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ko9
タイトルCrystal structure of antigen 43 from uropathogenic Escherichia coli UTI89
要素AidA-I family adhesin
キーワードMICROBIAL PROTEIN / Autotransporters / Biofilm / Bacterial virulence / Bacterial infection
機能・相同性CITRIC ACID / ISOPROPYL ALCOHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Vo, J.L. / Hor, L. / Paxman, J.J. / Heras, B.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)180102987 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)150102287 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1143638 オーストラリア
引用ジャーナル: NPJ Biofilms Microbiomes / 年: 2022
タイトル: Variation of Antigen 43 self-association modulates bacterial compacting within aggregates and biofilms.
著者: Vo, J.L. / Ortiz, G.C.M. / Totsika, M. / Lo, A.W. / Hancock, S.J. / Whitten, A.E. / Hor, L. / Peters, K.M. / Ageorges, V. / Caccia, N. / Desvaux, M. / Schembri, M.A. / Paxman, J.J. / Heras, B.
履歴
登録2020年11月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AidA-I family adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3079
ポリマ－56,5201
非ポリマー7878
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area20890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)129.280, 132.820, 47.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 AidA-I family adhesin / Antigen 43 / Autotransporter adhesin Ag43 / Autotransporter domain-containing protein / Putative ...Antigen 43 / Autotransporter adhesin Ag43 / Autotransporter domain-containing protein / Putative antigen 43 (Fluffing protein)


分子量: 56519.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: flu, AC789_1c11300, CT146_19135, EA231_25565, HmCmsJML146_03717, NCTC9434_03577
プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E1L650

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非ポリマー , 5種, 205分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: 20% 2-propanol, 100 mM trisodium citrate/citric acid pH 5.2, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→39.42 Å / Num. obs: 28779 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 106281 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.8 % / % possible all: 96.1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.43-2.520.6971129330080.7440.4160.8132
9.09-39.420.02621465720.9990.0160.0325.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.5データスケーリング
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KH3

4kh3


解像度: 2.43→39.42 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2085 1325 4.61 %
Rwork0.1646 27434 -
obs0.1666 28759 96.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.09 Å2 / Biso mean: 50.0801 Å2 / Biso min: 26.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.43→39.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3830 0 52 197 4079
Biso mean--65.04 49.97 -
残基数----543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073913
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9275309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.035578
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005714
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.43-2.530.27081300.25223039316996
2.53-2.640.30881600.23863026318696
2.64-2.780.24971710.21373024319596
2.78-2.960.27431380.19483062320096
2.96-3.180.25041340.1753066320097
3.18-3.50.20281640.16473039320397
3.5-4.010.18451380.1423054319296
4.01-5.050.15111450.12193052319796
5.05-39.420.20351450.16353072321795
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.68920.18651.8420.9930.0773.92550.1512-0.943-0.13220.2385-0.1189-0.04950.31760.4878-0.05890.417-0.00280.02120.84140.04570.2846177.7896-16.5086126.5372
25.27350.45753.25560.90590.99083.2052-0.097-0.13260.06190.0376-0.03380.1418-0.01850.16480.07750.2924-0.05030.01920.26060.00950.2786153.6906-15.1988105.6928
31.59050.85441.03823.17722.19033.433-0.0801-0.00720.1654-0.1237-0.07950.0001-0.1799-0.01310.19390.23470.0021-0.00230.26880.03750.3171135.197-24.885883.3709
42.7354-1.52550.45116.92770.81621.92560.14510.1572-0.317-0.2742-0.0034-0.33320.21880.3209-0.11730.3310.08690.05760.3791-0.02960.3203140.0339-50.403365.9441
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 142 )A2 - 142
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 143 through 276 )A143 - 276
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 277 through 416 )A277 - 416
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 417 through 561 )A417 - 561

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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