[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7km9: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobact... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7km9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor SDDC-0001913, tetragonal crystal from | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / SSGCID / SDDC / inhibitor / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium ulcerans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor SDDC-0001913, tetragonal crystal form Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7km9.cif.gz | 100.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7km9.ent.gz | 61.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7km9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7km9_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7km9_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 7km9_validation.xml.gz | 10.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7km9_validation.cif.gz | 13.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7km9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7km9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6uwwS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 19035.619 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: C89S, E96A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium ulcerans (strain Agy99) (bacteria) Strain: Agy99 / Gene: dfrA, MUL_2179 / Plasmid: MyulA.01062.a.B13 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0PQG8, dihydrofolate reductase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 124 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAP / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | ChemComp-WPJ / ( | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.8 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Morpheus screen condition b1: 10% (w/V) PEG 20,000, 20% (V/V) PEG MME 550: 30mM each sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide: 100m MES / imidazole HCl pH 6.5: MyulA.01062.a.B13. ...Details: Morpheus screen condition b1: 10% (w/V) PEG 20,000, 20% (V/V) PEG MME 550: 30mM each sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide: 100m MES / imidazole HCl pH 6.5: MyulA.01062.a.B13.PS38558 at 7.98mg/ml + 2.5 mM NADP and SDDC-0001913 (bsi111354): tray 318490b1: cryo: direct: puck poq5-9 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Oct 22, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 17565 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 11.343 % / Biso Wilson estimate: 42.213 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.932 / Net I/σ(I): 22.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: NAD and P218-bound structure, PDB entry 6uww Resolution: 1.95→43.73 Å / SU ML: 0.2172 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 22.3933 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→43.73 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|