PDB-7khs: OgOGA IN COMPLEX WITH LIGAND 55

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7khs

タイトル

OgOGA IN COMPLEX WITH LIGAND 55

要素

Protein O-GlcNAcase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / GLYCOSIDE HYDROLASE / INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Oceanicola granulosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Shaffer, P.L.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Diazaspirononane Nonsaccharide Inhibitors of O-GlcNAcase (OGA) for the Treatment of Neurodegenerative Disorders.
著者: Martinez-Viturro, C.M. / Trabanco, A.A. / Royes, J. / Fernandez, E. / Tresadern, G. / Vega, J.A. / Del Cerro, A. / Delgado, F. / Garcia Molina, A. / Tovar, F. / Shaffer, P. / Ebneth, A. / ...

履歴

登録	2020年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7khs.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7khs.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7khs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7khs_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7khs_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7khs_validation.xml.gz	62.9 KB	表示
CIF形式データ	7khs_validation.cif.gz	87 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/7khs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/7khs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7khvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ri9-2 3hxm-d 5tke-d 4ri8-1 5un9-d 5un8-2 4e6y-2 7k71-d 2wbk-1 5vvx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein O-GlcNAcase

B: Protein O-GlcNAcase

C: Protein O-GlcNAcase

D: Protein O-GlcNAcase

ヘテロ分子

203 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein O-GlcNAcase

B: Protein O-GlcNAcase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protein O-GlcNAcase

D: Protein O-GlcNAcase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.231, 83.076, 122.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.250, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 447	3 - 449
2	1	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 447	3 - 449
1	2	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 447	3 - 449
2	2	MET	MET	VAL	VAL	C	C	1 - 447	3 - 449
1	3	SER	SER	GLY	GLY	A	A	0 - 446	2 - 448
2	3	SER	SER	GLY	GLY	D	D	0 - 446	2 - 448
1	4	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 447	3 - 449
2	4	MET	MET	VAL	VAL	C	C	1 - 447	3 - 449
1	5	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 447	3 - 449
2	5	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 447	3 - 449
1	6	MET	MET	VAL	VAL	C	C	1 - 447	3 - 449
2	6	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 447	3 - 449

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Protein O-GlcNAcase / OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / N-acetyl- ...OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase 分子量: 50242.723 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oceanicola granulosus (バクテリア) 株: ATCC BAA-861 / DSM 15982 / KCTC 12143 / HTCC2516 / 遺伝子: OG2516_04129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2CEE3, protein O-GlcNAcase
#2: 化合物	ChemComp-WG4 / N-(5-{[(5S)-7-(5-methylimidazo[1,2-a]pyrimidin-7-yl)-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl]methyl}-1,3-thiazol-2-yl)acetamide 分子量: 411.524 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₅N₇OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.75 / 詳細: 22% PEG-4000, 0.15M MgCl2, 0.1M Tris

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.96862 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96862 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.625
1	1	-h,-k,l	2	0.375

反射

解像度: 1.78→44.79 Å / Num. obs: 176418 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 37.333 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 1.048 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度: 1.78→2.04 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / Num. unique obs: 60543 / CC_1/2: 0.681 / R_rim(I) all: 0.639 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: previously solved O. granulosus O-GlcNAcase structure

解像度: 1.78→44.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 4.619 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.0379 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2961	2533	1.4 %	RANDOM
R_work	0.2731	-	-	-
obs	0.2734	173884	87.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.79 Å² / B_iso mean: 38.633 Å² / B_iso min: 8.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.4 Å²	0 Å²	-1.1 Å²
2-	-	-0.57 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.78→44.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13867	0	227	279	14373
B_iso mean	-	-	30.5	29.47	-
残基数	-	-	-	-	1754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	14169
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	13080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.725	1.952	19368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.36	3	29747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.297	5	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.755	22.412	680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.356	15	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.414	15	143
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	16462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	3505

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	27734	0.05
1	2	B	27734	0.05
2	1	A	27006	0.05
2	2	C	27006	0.05
3	1	A	29016	0.05
3	2	D	29016	0.05
4	1	B	26794	0.04
4	2	C	26794	0.04
5	1	B	27536	0.04
5	2	D	27536	0.04
6	1	C	27132	0.04
6	2	D	27132	0.04

LS精密化シェル

解像度: 1.782→1.829 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	199	-
R_work	0.275	11532	-
obs	-	-	79.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9385	0.1109	0.0613	0.6429	0.3376	0.9775	0.0308	-0.0415	-0.0262	0.1519	-0.0296	-0.1177	0.1115	0.1794	-0.0011	0.1178	-0.021	0.0328	0.1906	0.0144	0.3051	58.044	0.387	267.965
2	1.5274	0.6913	0.4737	2.9599	1.9367	4.1983	0.1573	0.1739	0.0108	0.0029	0.0814	0.022	0.1308	-0.2571	-0.2387	0.0495	-0.0051	0.0755	0.1767	-0.0059	0.3044	30.603	-4.504	258.435
3	2.0932	-0.2317	-1.9078	0.2973	0.1439	2.6248	-0.0441	0.0508	-0.009	0.0447	0.0211	-0.0284	0.0781	-0.0555	0.0231	0.0763	-0.0288	0.0575	0.1372	-0.025	0.3103	20.966	-13.131	269.962
4	1.3881	0.6717	0.4809	2.4146	-1.023	0.9739	-0.0085	-0.3983	-0.0296	0.2115	-0.0285	0.021	-0.1891	-0.3003	0.037	0.1733	0.0013	0.0416	0.3655	-0.067	0.3875	29.416	-20.539	284.469
5	0.8901	0.4163	0.0433	0.7971	0.4508	0.6484	-0.0162	0.2249	-0.0414	-0.1948	-0.0374	0.0891	0.0906	-0.1912	0.0537	0.233	-0.0438	0.051	0.2744	-0.0442	0.4348	32.788	-39.903	258.219
6	3.0357	0.4865	-1.6201	1.1647	0.368	1.7477	0.1551	-0.2165	-0.1665	0.3011	-0.1513	-0.1288	0.0654	0.2935	-0.0038	0.1563	-0.0216	0.0203	0.2777	-0.0047	0.3498	53.304	-33.62	275.691
7	0.5571	-0.311	-1.1049	1.2795	0.5844	4.2797	-0.006	-0.2714	0.024	0.3299	0.0083	-0.1548	-0.2236	0.1802	-0.0024	0.1967	-0.0444	-0.0137	0.335	0.0038	0.3114	49.245	-21.622	287.389
8	3.0871	1.7009	2.564	1.0484	1.3456	2.5753	0.1816	-0.3304	-0.0889	0.2446	-0.1348	-0.0129	-0.0413	0.0348	-0.0467	0.2409	-0.0602	0.1071	0.3509	-0.0096	0.422	33.027	-12.832	285.829
9	0.6059	-0.2705	-0.0827	0.728	0.5927	0.6106	-0.0781	-0.224	0.1704	-0.025	-0.0765	0.1003	-0.2159	-0.1247	0.1547	0.3598	-0.0227	-0.0836	0.3151	-0.0425	0.5449	85.628	55.147	295.501
10	1.0788	1.6742	0.0503	2.7216	0.3594	0.7355	-0.1666	0.0164	0.0841	-0.3511	0.0704	0.1037	-0.2916	0.2188	0.0962	0.3151	-0.1046	-0.0145	0.2857	0.0726	0.4531	105.685	48.947	278.109
11	0.198	-0.2039	0.0458	1.4675	0.1638	0.2963	0.0313	0.2913	0.113	-0.3634	-0.1808	-0.0117	-0.2309	0.1696	0.1495	0.2619	-0.0857	0.0214	0.5113	0.0919	0.4395	101.34	37.068	266.415
12	3.4525	-1.8654	1.6099	2.364	-0.9546	2.4559	0.2739	0.3513	-0.1553	-0.5864	-0.1153	0.1143	0.0539	0.2726	-0.1586	0.1998	-0.0602	0.0468	0.2737	-0.0273	0.354	85.093	28.474	267.592
13	0.7746	-0.2416	-0.1129	0.4368	0.2425	0.5447	-0.0251	0.0534	-0.0082	-0.0369	0.0046	-0.0664	-0.0613	0.1418	0.0206	0.1079	-0.0123	0.0604	0.2124	-0.0055	0.3089	110.516	14.636	285.574
14	3.6255	-0.533	-0.1075	0.1847	0.0594	0.0276	-0.0529	-0.2343	0.1041	0.161	0.0241	0.0185	0.0669	-0.0344	0.0287	0.2248	-0.0187	0.0796	0.2515	-0.023	0.3576	83.129	19.286	294.849
15	2.5894	-0.0167	1.3708	1.128	0.3253	0.974	-0.1002	-0.1712	-0.0087	-0.041	0.0573	0.0267	-0.1572	-0.1524	0.0429	0.1238	-0.0134	0.0533	0.1637	-0.0167	0.3037	73.694	28.332	283.491
16	2.3005	-0.817	0.541	0.3854	-0.3175	2.1319	0.1067	0.1494	0.0897	-0.1742	-0.0616	-0.0326	-0.0857	0.2404	-0.0451	0.2648	-0.0709	-0.0017	0.2245	0.0032	0.3694	81.512	35.674	268.802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 280
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	281 - 323
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	324 - 408
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	409 - 447
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 280
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	281 - 323
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	324 - 408
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	409 - 447
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 280
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	281 - 323
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	324 - 408
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	409 - 447
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 280
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	281 - 323
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	324 - 408
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	409 - 447

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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