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- PDB-7kfn: Structure of Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2) bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kfn
タイトルStructure of Human Adenosine Deaminase Acting on dsRNA (ADAR2) bound to dsRNA containing a 2'-deoxy Benner's Base Z opposite the edited base
要素
  • Double-stranded RNA-specific editase 1
  • Gli1 1W5 23mer RNA
  • Gli1 8AZ 23mer RNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation ...hypoglossal nerve morphogenesis / muscle tissue morphogenesis / facial nerve morphogenesis / spinal cord ventral commissure morphogenesis / C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / double-stranded RNA adenine deaminase / tRNA-specific adenosine deaminase activity / adenosine to inosine editing / negative regulation of protein kinase activity by regulation of protein phosphorylation / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / base conversion or substitution editing / neuromuscular process controlling posture / adenosine deaminase activity / neuromuscular synaptic transmission / innervation / motor neuron apoptotic process / motor behavior / positive regulation of viral genome replication / RNA processing / negative regulation of cell migration / multicellular organism growth / mRNA processing / double-stranded RNA binding / defense response to virus / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / mRNA binding / synapse / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADAR2, first double-stranded RNA binding domain / ADAR2, second double-stranded RNA binding domain / Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) / Cytokine IL1/FGF / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / Double-stranded RNA-specific editase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wilcox, X.E. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM061115 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2021
タイトル: Rational Design of RNA Editing Guide Strands: Cytidine Analogs at the Orphan Position.
著者: Doherty, E.E. / Wilcox, X.E. / van Sint Fiet, L. / Kemmel, C. / Turunen, J.J. / Klein, B. / Tantillo, D.J. / Fisher, A.J. / Beal, P.A.
履歴
登録2020年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-specific editase 1
B: Gli1 8AZ 23mer RNA
C: Gli1 1W5 23mer RNA
D: Double-stranded RNA-specific editase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2418
ポリマ－104,7904
非ポリマー1,4514
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9430 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area36510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.024, 63.612, 132.149
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Double-stranded RNA-specific editase 1 / RNA-editing deaminase 1 / RNA-editing enzyme 1 / dsRNA adenosine deaminase


分子量: 45005.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADARB1, ADAR2, DRADA2, RED1 / プラスミド: pSc-ADAR / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BCY123
参照: UniProt: P78563, double-stranded RNA adenine deaminase

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RNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: RNA鎖 Gli1 8AZ 23mer RNA


分子量: 7415.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Generated by solid phase oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: RNA鎖 Gli1 1W5 23mer RNA


分子量: 7363.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Generated by solid phase oligonucleotide synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 256分子

#4: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / myo-イノシト-ル六りん酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES:NaOH pH 6.5, 18% PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→105.86 Å / Num. obs: 39692 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 152256 / Scaling rejects: 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.63.80.6131661044220.7140.360.7142.299.1
9.01-105.863.70.0533259080.9950.0290.05820.399.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
XDSJan 31, 2020data processing
PHASER2.7.18位相決定
Aimlessデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D06

6d06


解像度: 2.5→68.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 8.696 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2256 1907 4.8 %RANDOM
Rwork0.1707 ---
obs0.1733 37774 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145.17 Å2 / Biso mean: 46.536 Å2 / Biso min: 22.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→68.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5804 977 74 252 7107
Biso mean--41.01 42.17 -
残基数----785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0137087
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176086
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.581.6059821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2671.69114152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5415737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.42320.74311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.873151055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7051552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021536
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 153 -
Rwork0.274 2747 -
all-2900 -
obs--98.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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