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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kff | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TrmD tRNA (guanine-N1)-methyltransferase from Corynebacterium diphtheriae in complex with SAH | ||||||
![]() | tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CSGID / knot / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Michalska, K. / Tanase, L. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of TrmD tRNA (guanine-N1)-methyltransferase from Corynebacterium diphtheriae in complex with SAH 著者: Michalska, K. / Tanase, L. / Maltseva, N. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 198.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 817 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 819.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34815.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: trmD, BT093_03755, CIP107518_01276 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A2T1BS25, UniProt: Q6NGI5*PLUS, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.17 M sodium acetate, 0.085 M Tris/HCl pH 8.5, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月16日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 70894 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 15.96 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 27 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.417 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / Num. unique obs: 3365 / CC1/2: 0.577 / CC star: 0.855 / % possible all: 95.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→28.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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