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万見
- PDB-7kd1: Apo structure of the THF riboswitch aptamer domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kd1
タイトルApo structure of the THF riboswitch aptamer domain
要素tetrahydrofolate riboswitch aptamer domain
キーワードRNA / riboswitch / apo / gene regulation
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wilt, H.M. / Stagno, J.R. / Wang, Y.-X.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Tying the knot in the tetrahydrofolate (THF) riboswitch: A molecular basis for gene regulation.
著者: Wilt, H.M. / Yu, P. / Tan, K. / Wang, Y.X. / Stagno, J.R.
履歴
登録2020年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tetrahydrofolate riboswitch aptamer domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0664
ポリマ－28,8491
非ポリマー2163
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.040, 74.040, 122.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 tetrahydrofolate riboswitch aptamer domain


分子量: 28849.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus mutans UA159 (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM MES, pH 5.6, 200 mM NaCl, 2.5 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.75 Å / Num. obs: 30818 / % possible obs: 98.73 % / 冗長度: 7.34 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 29.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.07 % / Rmerge(I) obs: 3.639 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 2962 / CC1/2: 0.488 / Rpim(I) all: 1.6 / Rrim(I) all: 3.985 / % possible all: 97.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev-3900精密化
XSCALE20200131データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDS20200131データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LVV

4lvv


解像度: 1.9→40.75 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 1579 5.16 %
Rwork0.2048 29038 -
obs0.2059 30617 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 216.86 Å2 / Biso mean: 87.75 Å2 / Biso min: 43.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→40.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1914 11 27 1952
Biso mean--73.88 63.04 -
残基数----89
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.970.47441420.44942634277691
1.97-2.050.45161500.44442871302198
2.05-2.140.41371730.38452841301498
2.14-2.250.38921290.3412906303599
2.25-2.390.31381680.30182912308099
2.39-2.580.32321520.30212914306699
2.58-2.840.36321470.316329613108100
2.84-3.250.28921620.24812948311099
3.25-4.090.18621700.1792983315399
4.09-40.750.17491860.15153068325498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3146-1.1628-0.94681.4663.2791.4988-0.2232-0.18830.25240.72690.2734-0.19540.54190.3143-0.18351.11420.20940.02810.7494-0.12110.825422.829742.708892.0426
21.19380.6881-0.13842.4408-1.59892.1659-0.0939-0.1578-0.3739-0.00420.1575-0.20570.4561-0.2933-0.02520.71550.03370.04460.58280.07410.643218.204221.683377.6655
30.0588-0.7242-0.58643.8852.69851.67360.4514-0.25280.62781.5118-0.52610.9246-0.6164-0.91140.02261.92850.34650.29431.0171-0.10641.011412.047130.3639104.7161
40.0104-0.0524-0.3430.8233-0.57782.00880.00580.088-0.09340.04490.1931-0.11640.33080.0865-0.1240.58350.06670.02150.5872-0.00690.567224.122227.726370.1689
5-0.6074-0.1154-0.38161.03373.59743.0085-0.1629-0.1620.21790.57450.0559-0.07730.2647-0.1262-0.11851.2310.2548-0.00290.9091-0.17030.749419.532843.55998.1088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 20 )A1 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 30 )A21 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 45 )A31 - 45
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 46 through 65 )A46 - 65
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 66 through 89 )A66 - 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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