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- PDB-7kc5: X-ray structure of Lfa-1 I domain in complex with BMS-68852 colle... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kc5
タイトルX-ray structure of Lfa-1 I domain in complex with BMS-68852 collected at 273 K
要素Integrin alpha-L
キーワードCELL ADHESION / integrin / adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / integrin complex / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering ...memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / integrin complex / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / phagocytosis / specific granule membrane / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. ...Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BJZ / Integrin alpha-L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Woldeyes, R.A. / Hallenbeck, K.K. / Pfaff, S.J. / Lee, G. / Cortez, S.V. / Kelly, M.J. / Akassoglou, K. / Arkin, M.R. / Fraser, J.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)GRFP 米国
National Science Foundation (NSF, United States)STC-1231306 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110580 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Divergent conformational dynamics controls allosteric ligand accessibility across evolutionarily related I-domain-containing integrins
著者: Woldeyes, R.A. / Hallenbeck, K.K. / Pfaff, S.J. / Lee, G. / Cortez, S.V. / Kelly, M.J. / Akassoglou, K. / Arkin, M.R. / Fraser, J.S.
履歴
登録2020年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-L
C: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9936
ポリマ－41,8722
非ポリマー1,1214
水4,053225
1
A: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4973
ポリマ－20,9361
非ポリマー5612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4973
ポリマ－20,9361
非ポリマー5612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.514, 75.412, 133.294
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-630-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-L / CD11 antigen-like family member A / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / ...CD11 antigen-like family member A / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function-associated molecule 1 alpha chain


分子量: 20935.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAL, CD11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20701
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BJZ / 6-[(5S,9R)-9-(4-cyanophenyl)-3-(3,5-dichlorophenyl)-1-methyl-2,4-dioxo-1,3,7-triazaspiro[4.4]non-7-yl]pyridine-3-carboxylic acid


分子量: 536.366 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H19Cl2N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Tris pH 8.5, 10 mM MgSO4, 1 mM TCEP and 1 mM BMS-68852

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データ収集

回折平均測定温度: 273 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→66.65 Å / Num. obs: 30778 / % possible obs: 96.54 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / CC1/2: 0.901 / CC star: 0.974 / Net I/σ(I): 12.33
反射 シェル解像度: 1.86→1.927 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 2994 / CC1/2: 0.404 / CC star: 0.758 / % possible all: 94.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F74

3f74


解像度: 1.86→66.65 Å / SU ML: 0.1898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.6857
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2159 2000 6.5 %
Rwork0.1585 28769 -
obs0.1621 30769 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→66.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2930 0 76 225 3231
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01043330
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21634531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0663491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.60131243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.910.26261400.22019X-RAY DIFFRACTION95.32
1.91-1.960.26941360.18051949X-RAY DIFFRACTION94.77
1.96-2.020.23091390.1682012X-RAY DIFFRACTION95.3
2.02-2.080.20711380.17241980X-RAY DIFFRACTION95.71
2.08-2.160.24121430.16732047X-RAY DIFFRACTION95.72
2.16-2.240.21051370.16141989X-RAY DIFFRACTION96.42
2.24-2.340.22071420.16172029X-RAY DIFFRACTION96.66
2.34-2.470.19711430.15612059X-RAY DIFFRACTION96.79
2.47-2.620.22181430.15962068X-RAY DIFFRACTION97.06
2.62-2.820.20991430.15022059X-RAY DIFFRACTION97.26
2.82-3.110.22351450.16262066X-RAY DIFFRACTION97.62
3.11-3.560.21331460.14822106X-RAY DIFFRACTION98.04
3.56-4.480.20381490.13682140X-RAY DIFFRACTION97.74
4.49-66.650.20291560.16462246X-RAY DIFFRACTION97.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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