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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kaz | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of OhyA(E82A)-18:1/h18:0-FAD complex from Staphylococcus aureus | |||||||||
要素 | Oleate hydratase | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Oleate hydratase / OhyA / SaOhyA / 18:1 / complex / oleic acid / hydroxystearic acid / FAD / h18:0 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oleate hydratase / oleate hydratase activity / FAD binding / fatty acid metabolic process 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.854 Å | |||||||||
データ登録者 | Radka, C.D. / Rock, C.O. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Structure and mechanism of Staphylococcus aureus oleate hydratase (OhyA). 著者: Radka, C.D. / Batte, J.L. / Frank, M.W. / Young, B.M. / Rock, C.O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kaz.cif.gz | 731.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kaz.ent.gz | 598.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kaz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kaz_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kaz_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kaz_validation.xml.gz | 92.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kaz_validation.cif.gz | 144.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/7kaz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ka/7kaz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 CBA
#1: タンパク質 | 分子量: 69834.688 Da / 分子数: 3 / 変異: E82A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: DD547_00094, DQV53_00770, EP54_06595, EQ90_12415, G0V24_00735, G0X12_00605, G0Z18_00840, G6Y10_10285, GO746_00220, GO803_11440, GO805_08895, GO821_10135, GO894_07145, GO942_14045, ...遺伝子: DD547_00094, DQV53_00770, EP54_06595, EQ90_12415, G0V24_00735, G0X12_00605, G0Z18_00840, G6Y10_10285, GO746_00220, GO803_11440, GO805_08895, GO821_10135, GO894_07145, GO942_14045, HMPREF3211_02399, NCTC10654_00136, RK64_00980 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6GJV1 |
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-非ポリマー , 5種, 2731分子
#2: 化合物 | ChemComp-WAD / ( | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.08 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystallized: 15% v/v PEG 3000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5; Crystals soaked in 15% PEG3000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, and ...詳細: Crystallized: 15% v/v PEG 3000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5; Crystals soaked in 15% PEG3000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, and 750 uM FAD. Cryo: 15% v/v PEG3000, 200 mM magnesium chloride, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 30% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→22.42 Å / Num. obs: 183821 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique obs: 18078 / Rpim(I) all: 0.485 / % possible all: 96.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7KAV 解像度: 1.854→22.42 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 27.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.29 Å2 / Biso mean: 29.2785 Å2 / Biso min: 6.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.854→22.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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