PDB-7k9u: Cryptococcus neoformans Hsp90 nucleotide binding domain in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k9u

タイトル

Cryptococcus neoformans Hsp90 nucleotide binding domain in complex with BUCMD00429

要素

Hsp90-like protein

キーワード

CHAPERONE / Cryptococcus / HSP90 / ATP-binding / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-dependent protein folding chaperone / disordered domain specific binding / unfolded protein binding / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptococcus neoformans (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Kuntz, D.A. / Prive, G.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Fungal-Selective Resorcylate Aminopyrazole Hsp90 Inhibitors: Optimization of Whole-Cell Anticryptococcal Activity and Insights into the Structural Origins of Cryptococcal Selectivity.
著者: Marcyk, P.T. / LeBlanc, E.V. / Kuntz, D.A. / Xue, A. / Ortiz, F. / Trilles, R. / Bengtson, S. / Kenney, T.M.G. / Huang, D.S. / Robbins, N. / Williams, N.S. / Krysan, D.J. / Prive, G.G. / ...

履歴

登録	2020年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k9u.cif.gz	213.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k9u.ent.gz	142.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k9u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/7k9u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/7k9u	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7k9rC 7k9sC 7k9vC 7k9wC 6cjiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7k9w-1 2fxs-d 2bre-1 7k9w-2 6aol-d 4asb-d 2ygf-d 2vw5-1 4uqo-1 1yt0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Hsp90-like protein

B: Hsp90-like protein

ヘテロ分子

49.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Hsp90-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
24.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Hsp90-like protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	145.117, 44.328, 77.444
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.804, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Hsp90-like protein 分子量: 24473.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryptococcus neoformans (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J9VVA4
#2: 化合物	ChemComp-W8Y / (5,7-dihydro-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl){2,4-dihydroxy-6-[(1-methyl-3-phenyl-1H-pyrazol-5-yl)amino]phenyl}methanone 分子量: 427.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₁N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1M LiCl, HEPES pH 7, 20-25% PEG 6K, 10-20% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→29.46 Å / Num. obs: 36323 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 40.53 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.92→1.96 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3444 / CC_1/2: 0.867 / R_pim(I) all: 0.372 / R_rim(I) all: 0.959 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6CJI

6cji

解像度: 1.92→29.45 Å / SU ML: 0.251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.6421
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	2627	3.74 %
R_work	0.2112	67541	-
obs	0.2121	70168	98.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.92→29.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3178	0	64	196	3438

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0107	3305
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1996	4473
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0863	512
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0073	567
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.2967	1206

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.92-1.96	0.4524	120	0.3691	3137	X-RAY DIFFRACTION	87.7
1.96-2	0.3588	159	0.3415	3592	X-RAY DIFFRACTION	98.87
2-2.04	0.3354	139	0.3274	3580	X-RAY DIFFRACTION	98.99
2.04-2.08	0.3254	130	0.3151	3518	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.08-2.13	0.3004	133	0.3002	3580	X-RAY DIFFRACTION	99.3
2.13-2.18	0.2922	127	0.2753	3608	X-RAY DIFFRACTION	99.02
2.18-2.24	0.308	139	0.2769	3524	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.24-2.31	0.2674	118	0.2643	3610	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.31-2.38	0.3113	129	0.2648	3532	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.38-2.47	0.2743	142	0.2537	3636	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.47-2.57	0.2867	126	0.2545	3544	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.57-2.68	0.3105	134	0.254	3588	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.68-2.83	0.2478	157	0.2257	3568	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.83-3	0.2607	153	0.2198	3616	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3-3.23	0.2392	166	0.2073	3546	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.23-3.56	0.212	118	0.1932	3618	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.56-4.07	0.1949	135	0.1749	3620	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4.07-5.13	0.1744	162	0.1569	3532	X-RAY DIFFRACTION	99.65
5.13-29.45	0.2226	140	0.1936	3592	X-RAY DIFFRACTION	99.36

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.03304083178	-1.04715978828	0.0585541531256	6.4526536288	-1.63104588921	4.22863152167	-0.04033944566	0.242664082174	0.152575701634	-0.219275005224	-0.198729311556	-0.659232285442	0.0506533358293	0.86621329386	0.16104822369	0.292113860832	0.000671555898698	0.0192941173363	0.542600458255	0.00774982089198	0.374951749006	14.6667610566	14.817567875	20.0366478038
2	4.28394390947	2.66649407599	2.89438765326	4.89457473377	4.13644084996	6.27116909081	-0.337565975568	0.648594489686	0.148032276089	-0.484304028872	0.48181437766	-0.223881179643	-0.469582906592	0.464273929839	-0.0713855567704	0.284463140367	-0.033902601327	0.0208050406674	0.321568122921	0.0590442922131	0.316613820709	-2.83637596093	15.047801536	6.9163370067
3	2.30601706568	0.413940336072	0.946463902589	2.82998857841	0.981280389518	3.66995020178	0.0891758857539	-0.0270544423343	-0.0629548065134	0.202132846846	-0.207499081161	0.355891705686	0.474924456516	-0.529207095309	0.116746080507	0.318726300956	-0.0745566228084	0.0383251876593	0.354069400539	0.0304307288246	0.323264049485	-7.97358633809	10.4605535607	14.131436405
4	8.43643650194	2.85059566467	0.145980096139	2.03485186398	0.0877239891319	7.26354304594	0.270363868618	-0.340737509975	-0.405026296329	0.177684559667	-0.039921395702	-0.976677740417	-0.0200783027253	1.10278204635	-0.217306051125	0.351049545431	0.0708815782534	-0.0378453742866	0.661186068944	-0.00741008431428	0.407815169626	17.5582842551	10.3570051374	10.5043456314
5	2.01516249943	-1.62898342002	-1.53619580049	1.13388904465	2.35808244672	5.23912891828	0.317019737156	1.14023355644	1.71531956499	-0.757638253348	-0.231974973022	0.133316069948	-0.679524206285	1.06929027858	-0.0983026974046	0.496207509011	-0.0275711192613	-0.0474751664878	0.73506322736	0.165808426065	0.588571892848	12.8477883643	17.6404875384	7.68207290332
6	3.6714734448	-0.250289530907	1.26574835835	2.80646802556	0.902573436104	4.86899606973	0.10724851166	-0.41525662247	-0.140317913597	0.421998486726	-0.0861543857137	0.157226998943	0.36835462469	-0.268776505196	-0.0278281662836	0.296506579883	-0.0108289390708	0.028079678758	0.32858055235	0.0229236749535	0.292520964605	-1.43006552591	11.0879936387	22.0473009276
7	5.6758562731	0.0692487741978	-2.85333044892	3.95757781002	0.29529012118	8.99861835497	0.387060757826	0.30650704214	1.0200889645	-0.354773164289	-0.13983907591	-0.129072001718	-1.33560107626	0.235874016454	-0.253522041706	0.412312845253	-0.0204734566665	-0.0311324665236	0.328593830693	0.10479134383	0.6616619735	-3.30398531171	30.6390820279	15.063203941
8	7.69292315664	-1.76444043956	-4.25297631149	6.07333034799	2.94083257495	2.04565322824	0.299088483025	-0.0462583422217	0.922962907612	-0.2580067237	0.162095924263	-0.290953167634	-1.0489697266	0.101580739665	-0.49744965245	0.39991854432	0.0189095912519	-0.0386382731851	0.340690849222	0.0529429186215	0.463902898531	-11.154981187	25.0073326197	14.8090253035
9	2.75442034023	0.31120394345	0.0494211929798	3.83245749063	-0.296095150171	2.0316078626	0.0401102806525	0.122334535867	0.476971250015	-0.394598413661	-0.236150421287	0.450050432191	-0.090051060816	-0.510273691567	0.168490708391	0.395604830839	0.127115274071	-0.0252149251853	0.723172161897	0.0474870505304	0.523296709465	-46.3861407416	29.6212538997	17.571667189
10	2.78279134272	-2.04985628653	1.68392069518	9.56182004856	-6.17471878534	6.67846320305	-0.0991386647382	-0.343949228714	0.0931157752324	1.0886955779	0.347207395106	0.616810296536	-0.753730817949	-0.581477188726	-0.228802443442	0.35395999367	0.0322775652482	0.0566854369023	0.401707774413	-0.0540171671468	0.329364222534	-30.4903084855	22.1607500995	30.4592935229
11	1.69043451244	-0.198816946351	-0.170877746512	3.45330040579	-1.57796327839	2.84449656925	-0.0280054127214	0.16152846619	0.016228663461	-0.269480744067	-0.167123681439	-0.335913632005	0.505156371105	0.22156171751	0.154647961059	0.350947320698	0.0580846957126	0.00295200819105	0.437523238424	-0.00477596379053	0.315738481436	-24.680598728	16.3186252888	23.2044335733
12	4.74694722086	-2.86764219559	0.65093137555	5.4133726655	-0.730273559759	1.6996098902	-0.178118649011	-0.693709333882	-0.484096986784	0.296813840567	0.286780262708	0.767032299049	-0.102551688907	-0.904335051087	-0.132922175394	0.410858436081	0.0468702961342	-0.0342138474028	0.722654546287	-0.00774677662038	0.440775410012	-47.7045819162	22.4047482385	26.77805494
13	4.59386796536	-2.31376603826	0.709495409577	4.67502960711	-1.07096291177	2.76509455289	-0.0391973685236	0.201982338608	0.228999239232	-0.0275428538213	-0.0238684585258	0.319142296421	0.0574918613778	-0.678031413308	0.0589186286188	0.262219822951	0.00276038946431	0.0125921596089	0.547813377183	-0.00535861212875	0.326548871217	-37.4824037148	19.8740247979	21.2675718527
14	4.26983023671	-0.752282860634	-0.366993482045	7.66078611152	0.736871576388	4.74494207702	0.60300190579	0.687994233217	-0.5657862334	-1.43868332481	-0.513340072699	1.48324283921	1.0397354382	-0.530219806044	-0.0746718861873	0.604831754579	-0.0643157481186	-0.127711382367	0.666487106091	-0.0182899070359	0.582550268776	-42.2323247575	12.7125108628	12.7876130709
15	5.07772037147	-0.390536424781	0.303847968543	3.31237374558	-1.92324874116	3.90793083901	0.0805447521124	0.537114164887	0.586080469143	-0.565895149118	-0.0937904678676	-0.0843046588599	-0.0513029404164	-0.184807179847	0.0246836152318	0.321979243865	0.0850434341282	0.0574653899595	0.440827394996	0.0555944731972	0.344808129879	-27.3826170566	25.4756540906	16.0866742572
16	6.13394252152	0.846210152474	-1.9004117033	5.16425570567	-1.88331999749	6.87078641842	0.166640562658	-0.161390911524	0.971962559283	0.451229721861	-0.0736793728251	-0.125970684173	-0.933948064198	-0.014068164407	-0.0998480693276	0.384399612216	0.0776030316862	-0.0652151700654	0.340953876176	-0.0136325773133	0.457379698853	-19.7415921062	27.5570878194	23.5467831678

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 8 through 26 )	A	A	8 - 26	1 - 19
2	2	chain 'A' and (resid 27 through 51 )	A	A	27 - 51	20 - 44
3	3	chain 'A' and (resid 52 through 94 )	A	A	52 - 94	45 - 87
4	4	chain 'A' and (resid 95 through 110 )	A	A	95 - 110	88 - 103
5	5	chain 'A' and (resid 111 through 122 )	A	A	111 - 122	104 - 115
6	6	chain 'A' and (resid 123 through 186 )	A	A	123 - 186	116 - 180
7	7	chain 'A' and (resid 187 through 197 )	A	A	187 - 197	181 - 191
8	8	chain 'A' and (resid 198 through 214 )	A	A	198 - 214	192 - 208
9	9	chain 'B' and (resid 9 through 26 )	B	D	9 - 26	1 - 18
10	10	chain 'B' and (resid 27 through 51 )	B	D	27 - 51	19 - 43
11	11	chain 'B' and (resid 52 through 85 )	B	D	52 - 85	44 - 77
12	12	chain 'B' and (resid 86 through 110 )	B	D	86 - 110	78 - 102
13	13	chain 'B' and (resid 111 through 150 )	B	D	111 - 150	103 - 142
14	14	chain 'B' and (resid 151 through 160 )	B	D	151 - 160	143 - 152
15	15	chain 'B' and (resid 161 through 197 )	B	D	161 - 197	153 - 189
16	16	chain 'B' and (resid 198 through 213 )	B	D	198 - 213	190 - 205

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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