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- PDB-7k67: Structure of the PTP-like myo-inositol phosphatase from Desulfovi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k67
タイトルStructure of the PTP-like myo-inositol phosphatase from Desulfovibrio magneticus
要素Myo-inositol phosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / phosphatase-like myo-inositol phosphatase / phosphate binding loop / D.magneticus PTPLP (PhyA) / PTPLP / myo-inositol phosphate / myo-inositol phosphohydrolase / myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase (phytase) PhyA / phytase / protein tyrosine phosphatase / PTP
機能・相同性Inositol hexakisphosphate / Inositol hexakisphosphate / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Protein-tyrosine phosphatase-like / PHOSPHATE ION / D(-)-TARTARIC ACID / Tyrosine specific protein phosphatases domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Desulfovibrio magneticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Cleland, C.P. / Van Herk, P.H. / Mosimann, S.C.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the PTP-like myo-inositol phosphatase from Desulfovibrio magneticus
著者: Cleland, C.P. / Van Herk, P.H. / Mosimann, S.C.
履歴
登録2020年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年11月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _exptl_crystal.density_Matthews / _exptl_crystal.density_percent_sol / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myo-inositol phosphohydrolase
B: Myo-inositol phosphohydrolase
C: Myo-inositol phosphohydrolase
D: Myo-inositol phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,84914
ポリマ－131,6844
非ポリマー1,16410
水24,1581341
1
A: Myo-inositol phosphohydrolase
D: Myo-inositol phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4247
ポリマ－65,8422
非ポリマー5825
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myo-inositol phosphohydrolase
C: Myo-inositol phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4247
ポリマ－65,8422
非ポリマー5825
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.009, 97.320, 104.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Myo-inositol phosphohydrolase


分子量: 32921.121 Da / 分子数: 4 / 変異: C241S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio magneticus (バクテリア)
遺伝子: DMR_16880 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4XPJ9
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 4000 and 1000, 2-methyl-2,4-pentanediol, carboxylates, sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→71.7 Å / Num. obs: 176115 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 8595 / CC1/2: 0.646

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MMJ

3mmj


解像度: 1.6→71.07 Å / SU ML: 0.1422 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.9049 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1699 1765 1 %
Rwork0.1559 174299 -
obs0.156 176064 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→71.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8282 0 72 1341 9695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00828797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.870811969
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05171294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0015265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.26031370.248813151X-RAY DIFFRACTION94.76
1.64-1.690.27741150.233713193X-RAY DIFFRACTION94.76
1.69-1.750.2641190.226713155X-RAY DIFFRACTION94.16
1.75-1.810.22251170.200413305X-RAY DIFFRACTION95.54
1.81-1.880.20131380.185213114X-RAY DIFFRACTION94.35
1.88-1.970.17931510.171613307X-RAY DIFFRACTION95.46
1.97-2.070.18071660.159513383X-RAY DIFFRACTION96.03
2.07-2.20.18161700.146513332X-RAY DIFFRACTION95.9
2.2-2.370.16241280.139613409X-RAY DIFFRACTION95.96
2.37-2.610.16291380.140913611X-RAY DIFFRACTION97.45
2.61-2.990.17271390.143313633X-RAY DIFFRACTION97.56
2.99-3.760.14911320.139813737X-RAY DIFFRACTION97.82
3.76-71.070.13761150.150513969X-RAY DIFFRACTION98.15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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