PDB-7k5z: Crystal Structure of Argininosuccinate synthase from Legionella p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k5z

タイトル

Crystal Structure of Argininosuccinate synthase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with ANPPNP and a substrate analogue Arginine

要素

Argininosuccinate synthase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

argininosuccinate synthase / argininosuccinate metabolic process / argininosuccinate synthase activity / urea cycle / L-arginine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Argininosuccinate synthase from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with ANPPNP and a substrate analogue Arginine
著者: Abendroth, J.A. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7k5z.ent.gz	535 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k5z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7k5z_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k5z_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	7k5z_validation.xml.gz	74.6 KB	表示
CIF形式データ	7k5z_validation.cif.gz	109.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/7k5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/7k5z	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xnqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6xnq-d 1kh1-d 1kh2-d 4u7j-1 1j21-d 1kp2-1 1vl2-d 6eiq-d 1j1z-d 4xfj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
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類似性 (1)
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Hsp90 (Hsp90)
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類似性 (1)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
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リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Argininosuccinate synthase

B: Argininosuccinate synthase

C: Argininosuccinate synthase

D: Argininosuccinate synthase

ヘテロ分子

188 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.230, 103.540, 147.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.005, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Argininosuccinate synthase / Citrulline--aspartate ligase / LepnA.00809.a 分子量: 46069.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: argG, lpg0494 / プラスミド: LepnA.00809.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZY78, argininosuccinate synthase

#1: タンパク質

Argininosuccinate synthase / Citrulline--aspartate ligase / LepnA.00809.a

分子量: 46069.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: argG, lpg0494 / プラスミド: LepnA.00809.a.B1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZY78, argininosuccinate synthase

-
非ポリマー , 6種, 1623分子

#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1590 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Microlytic MCSG1 screen C5: 200mM MgOAc2, 20% (w/V) PEG 3350: LepnA.00809.a.B1.PS38414 + 3.5mM of each AMPPNP, Arginine, MgCl2: tray 316695 c5: cryo: 20% EG + 3.5mm AmPPNP and Arginine: puck iyy7-9

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月25日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 154253 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.668 % / B_iso Wilson estimate: 27.862 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_rim(I) all: 0.085 / Χ²: 0.919 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9	4.681	0.589	3.17	11299	0.856	0.665	98.8
1.9-1.95	4.687	0.465	4.06	11038	0.924	0.525	98.5
1.95-2.01	4.686	0.366	5.12	10753	0.944	0.413	98.9
2.01-2.07	4.678	0.287	6.39	10394	0.966	0.324	98.8
2.07-2.14	4.681	0.23	7.8	10169	0.973	0.26	99.2
2.14-2.21	4.685	0.194	9.03	9781	0.98	0.219	99
2.21-2.29	4.68	0.161	10.5	9539	0.987	0.182	99.3
2.29-2.39	4.682	0.13	12.26	9093	0.991	0.147	99.4
2.39-2.49	4.681	0.109	13.95	8816	0.993	0.123	99.5
2.49-2.62	4.678	0.093	15.84	8357	0.995	0.105	99.5
2.62-2.76	4.683	0.079	17.52	8051	0.996	0.089	99.7
2.76-2.93	4.663	0.068	19.82	7550	0.996	0.077	99.6
2.93-3.13	4.675	0.059	22.23	7150	0.997	0.067	99.8
3.13-3.38	4.676	0.049	25.51	6631	0.998	0.056	99.7
3.38-3.7	4.659	0.042	29.01	6129	0.998	0.047	99.7
3.7-4.14	4.662	0.037	31.33	5516	0.999	0.042	99.4
4.14-4.78	4.652	0.035	33.13	4888	0.999	0.04	99.2
4.78-5.85	4.614	0.035	31.94	4117	0.998	0.04	99.2
5.85-8.27	4.507	0.036	32.1	3208	0.998	0.041	98.9
8.27-50	4.296	0.033	36.5	1774	0.998	0.038	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18.2	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: apo structure, pdb entry 6XNQ

6xnq

解像度: 1.85→48.87 Å / SU ML: 0.1944 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.3754
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1901	2025	1.31 %	0
R_work	0.1567	152146	-	-
obs	0.1571	154171	99.16 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11971	0	260	1590	13821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0087	12834
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9271	17541
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0608	2010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	2288
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8536	4773

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.3025	151	0.2411	10748	X-RAY DIFFRACTION	98.7
1.9-1.95	0.2952	138	0.208	10769	X-RAY DIFFRACTION	98.51
1.95-2	0.2688	135	0.1838	10810	X-RAY DIFFRACTION	98.86
2-2.07	0.2171	136	0.1729	10780	X-RAY DIFFRACTION	98.78
2.07-2.14	0.1696	158	0.1682	10809	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.14-2.23	0.1851	158	0.1594	10850	X-RAY DIFFRACTION	99.11
2.23-2.33	0.1663	143	0.1515	10802	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.33-2.45	0.2044	151	0.1518	10912	X-RAY DIFFRACTION	99.4
2.45-2.61	0.1801	161	0.1533	10886	X-RAY DIFFRACTION	99.54
2.61-2.81	0.1878	134	0.1558	10878	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.81-3.09	0.1854	135	0.1571	10990	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.09-3.54	0.1878	156	0.1504	10937	X-RAY DIFFRACTION	99.7
3.54-4.46	0.1679	143	0.1348	10977	X-RAY DIFFRACTION	99.42
4.46-48.87	0.1743	126	0.1509	10998	X-RAY DIFFRACTION	98.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.48361170993	1.79419722917	-0.879838672403	3.58275681251	0.692402427715	2.41969508221	-0.0679108763948	-0.0271081498048	0.372000722788	-0.0744796353748	0.0432079968263	-0.142432081932	-0.562170278444	0.0141396342645	-0.0077729640049	0.250488046389	0.0557940236289	-0.0294768323167	0.129849358787	0.0126762211135	0.239920669116	5.49494641512	37.1890685608	48.8945930505
2	1.52323457406	-1.04591923882	-0.0511218917574	2.16917185884	0.14667362789	0.514404232461	-0.0934509571638	-0.108900035245	0.115393931558	0.14709867145	0.0999174093899	0.115640120589	-0.076645081951	-0.0521690381608	-0.00170896275954	0.133577986452	0.0546679816131	0.0165534706406	0.148161362596	0.0132001312225	0.135896154507	5.50961448888	21.0714973713	50.563241675
3	0.533921410857	-0.0696470639079	-0.477342930273	2.46987125694	1.20763064488	3.02886487751	0.0221014518479	-0.0773541855947	0.1351467487	-0.122772829557	0.116731118424	-0.339751525542	-0.398709969454	0.267934581914	-0.0865486775714	0.186652876271	0.0279469695343	-0.0125837648467	0.158197381496	0.0106105001392	0.258776309248	13.9558380045	33.6125277467	47.7879764025
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25	4.27294511359	-0.729889749574	-0.778182798545	3.18637907291	-0.324230489567	3.17379432708	0.19432649022	0.42674753676	-0.0663266720982	-0.12899391386	-0.16960340509	0.258780304241	0.212405515557	-0.358421324233	-0.0220901921411	0.298899070681	-0.080134662347	-0.0230910670992	0.268369266144	0.0416857122253	0.192662619903	13.1259957766	-22.6159312039	37.1836039114
26	2.71939352768	0.135521915541	0.732666707011	4.56852607753	0.399702367421	2.66343226681	-0.185195347766	0.268184297927	-0.4689569277	-0.250305201457	0.140410933704	-0.17588520385	0.346156150638	-0.0243517609518	0.0219692052804	0.211158385555	-0.0976345195023	0.0379601326608	0.206559992077	-0.0455982710885	0.254819300631	7.83569798478	-34.9282416685	16.4458248035
27	0.943609167104	1.19282432288	0.00680199486294	2.52861859654	0.105011717034	0.926722505502	-0.059451784209	0.0459358785771	-0.14056310617	0.0295877756386	0.0825775303959	0.0261278110533	0.130129244278	-0.159633117529	-0.00743995248866	0.123458460354	-0.0453817401418	-0.00772262690985	0.16803812505	0.00520013235734	0.145795794091	10.5425478782	-21.7828928344	23.5006180767
28	1.32521335271	2.19447017629	-0.910204271933	4.41489668494	-0.310031623055	1.86363192225	-0.469068496293	0.0605148925244	-0.172385623196	-0.292891244194	0.346539026225	-0.517340430465	0.244614397627	-0.0754406431678	0.115419687107	0.334957686189	-0.00446577547419	0.0999696909841	0.273677268516	-0.0933188858134	0.411349781706	20.8748441288	-39.7483954605	10.5780510975
29	1.60962288496	-0.403699603126	0.131277170533	1.00701225029	-0.0650125336169	0.847486002276	-0.0279463609226	0.169418393231	-0.100854608742	-0.18425446745	0.062906206116	0.0940598266016	0.0872958879621	-0.104139874793	-0.045852803645	0.182120134291	-0.0562084939097	-0.0294101748175	0.167467208816	-0.000558522952936	0.0997080821732	20.1476675428	-9.98546852527	8.72757880492
30	0.00349722248177	-0.00781528676697	-0.10873241345	0.281779557296	0.108496596531	0.363372291162	-0.0140918179507	0.0620979427343	0.0124750200081	-0.0521089564459	0.0491311232774	0.0770266293678	-0.0214432059721	-0.0884855651325	-0.0339442185313	0.109126341135	-0.00583628288013	-0.0252087479742	0.160620733545	0.0228625689133	0.125611332261	15.7519872261	-1.57203807213	25.9185556858
31	0.323629089035	0.265998987014	0.268041093002	0.613558153122	0.236024363673	1.23156169673	0.00600309371642	-0.0043556242112	0.0888938779384	0.00590574545337	0.0633287241044	-0.00418983665097	-0.21567532657	0.0209277986697	-0.0317661658641	0.206197052389	0.00933075792197	0.0166553683703	0.160813757215	0.0147967909294	0.169647036667	25.3624311094	15.5437848309	26.1064283054

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 3 through 40 )	A	A	3 - 40	1 - 38
2	2	chain 'A' and (resid 41 through 125 )	A	A	41 - 125	39 - 123
3	3	chain 'A' and (resid 126 through 165 )	A	A	126 - 165	124 - 163
4	4	chain 'A' and (resid 166 through 194 )	A	A	166 - 194	164 - 192
5	5	chain 'A' and (resid 195 through 277 )	A	A	195 - 277	193 - 275
6	6	chain 'A' and (resid 278 through 334 )	A	A	278 - 334	276 - 332
7	7	chain 'A' and (resid 335 through 378 )	A	A	335 - 378	333 - 363
8	8	chain 'A' and (resid 379 through 405 )	A	A	379 - 405	364 - 390
9	9	chain 'B' and (resid 4 through 40 )	B	J	4 - 40	1 - 37
10	10	chain 'B' and (resid 41 through 67 )	B	J	41 - 67	38 - 64
11	11	chain 'B' and (resid 68 through 92 )	B	J	68 - 92	65 - 89
12	12	chain 'B' and (resid 93 through 149 )	B	J	93 - 149	90 - 146
13	13	chain 'B' and (resid 150 through 177 )	B	J	150 - 177	147 - 174
14	14	chain 'B' and (resid 178 through 218 )	B	J	178 - 218	175 - 215
15	15	chain 'B' and (resid 219 through 277 )	B	J	219 - 277	216 - 274
16	16	chain 'B' and (resid 278 through 334 )	B	J	278 - 334	275 - 331
17	17	chain 'B' and (resid 335 through 377 )	B	J	335 - 377	332 - 362
18	18	chain 'B' and (resid 378 through 405 )	B	J	378 - 405	363 - 390
19	19	chain 'C' and (resid 4 through 67 )	C	R	4 - 67	1 - 64
20	20	chain 'C' and (resid 68 through 149 )	C	R	68 - 149	65 - 146
21	21	chain 'C' and (resid 150 through 189 )	C	R	150 - 189	147 - 186
22	22	chain 'C' and (resid 190 through 277 )	C	R	190 - 277	187 - 274
23	23	chain 'C' and (resid 278 through 334 )	C	R	278 - 334	275 - 331
24	24	chain 'C' and (resid 335 through 377 )	C	R	335 - 377	332 - 362
25	25	chain 'C' and (resid 378 through 405 )	C	R	378 - 405	363 - 390
26	26	chain 'D' and (resid 4 through 57 )	D	Z	4 - 57	1 - 54
27	27	chain 'D' and (resid 58 through 149 )	D	Z	58 - 149	55 - 146
28	28	chain 'D' and (resid 150 through 177 )	D	Z	150 - 177	147 - 174
29	29	chain 'D' and (resid 178 through 277 )	D	Z	178 - 277	175 - 274
30	30	chain 'D' and (resid 278 through 334 )	D	Z	278 - 334	275 - 331
31	31	chain 'D' and (resid 335 through 405 )	D	Z	335 - 405	332 - 388

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関連情報:EMDBヘッダ

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