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- PDB-7k3s: Solution NMR Structure of the Coiled-coil BRCA1-PALB2 Heterodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k3s
タイトルSolution NMR Structure of the Coiled-coil BRCA1-PALB2 Heterodimer
要素
  • Breast cancer type 1 susceptibility protein homolog
  • Partner and localizer of BRCA2
キーワードONCOPROTEIN / Homologous Recombination / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


localization / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Metalloprotease DUBs ...localization / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Metalloprotease DUBs / BRCA1-BARD1 complex / BRCA1-C complex / Processing of DNA double-strand break ends / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / sex-chromosome dosage compensation / random inactivation of X chromosome / nuclear ubiquitin ligase complex / chordate embryonic development / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / cellular response to indole-3-methanol / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / DNA strand resection involved in replication fork processing / homologous recombination / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein K6-linked ubiquitination / post-anal tail morphogenesis / lateral element / regulation of DNA damage checkpoint / XY body / mitotic G2/M transition checkpoint / centrosome cycle / RNA polymerase binding / postreplication repair / DNA repair complex / inner cell mass cell proliferation / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / DNA-binding transcription activator activity / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / mesoderm development / centrosome duplication / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / embryonic organ development / somitogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of DNA repair / protein autoubiquitination / condensed chromosome / positive regulation of cell cycle / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of DNA repair / condensed nuclear chromosome / animal organ morphogenesis / double-strand break repair via homologous recombination / male germ cell nucleus / chromosome segregation / negative regulation of cell growth / RING-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein import into nucleus / multicellular organism growth / positive regulation of angiogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / ubiquitin-protein transferase activity / fatty acid biosynthetic process / cellular response to tumor necrosis factor / p53 binding / double-strand break repair / chromosome / damaged DNA binding / in utero embryonic development / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / nuclear speck / nuclear body / mitochondrial matrix / ribonucleoprotein complex / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Partner and localiser of BRCA2, WD40 domain / Partner and localizer of BRCA2 / Partner and localizer of BRCA2 WD40 domain / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain ...Partner and localiser of BRCA2, WD40 domain / Partner and localizer of BRCA2 / Partner and localizer of BRCA2 WD40 domain / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Breast cancer type 1 susceptibility protein homolog / Partner and localizer of BRCA2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Daigham, N.S. / Liu, G. / Bunting, S.F. / Montelione, G.T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA190858 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120574 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD018207 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Structural Basis for Interactions Between PALB2 and BRCA1 that Mediate the Homologous Recombination DNA Damage Repair Process
著者: Daigham, N.S. / Liu, G. / Bunting, S.F. / Montelione, G.T.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Antiparallel Coiled-Coil Interactions Mediate the Homodimerization of the DNA Damage-Repair Protein PALB2.
著者: Song, F. / Li, M. / Liu, G. / Swapna, G.V.T. / Daigham, N.S. / Xia, B. / Montelione, G.T. / Bunting, S.F.
履歴
登録2020年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Breast cancer type 1 susceptibility protein homolog
B: Partner and localizer of BRCA2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8842
ポリマ－14,8842
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2810 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area10740 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Breast cancer type 1 susceptibility protein homolog / RING-type E3 ubiquitin transferase BRCA1


分子量: 6935.690 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1337-1387 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: Brca1 / プラスミド: MmR494A-1337-1387 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P48754, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 Partner and localizer of BRCA2


分子量: 7948.166 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-60 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Palb2 / プラスミド: MmR495A-1-60 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3U0P1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC NH2 only
121isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HN(CO)CA
151isotropic13D (H)CCH-TOCSY
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D CBCA(CO)NH
191isotropic13D 1H-15N TOCSY
181isotropic13D HNCO
1121isotropic13D 1H-15N NOESY
1111isotropic13D 1H-13C NOESY
1132isotropic12D 1H-15N HSQC NH2 only
1152isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1142isotropic13D HNCA
1162isotropic13D HN(CO)CA
1172isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1182isotropic13D HN(CA)CB
1192isotropic13D CBCA(CO)NH
1202isotropic13D HNCO
1212isotropic13D HBHA(CO)NH
1222isotropic13D 1H-15N NOESY
1232isotropic13D 1H-13C NOESY
1251isotropic13D HBHA(CO)NH

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PALB2cc, 3 mM BRCA1cc, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 90% H2O/10% D2OIsotopically labeled PALB2cc mixed with unlabeled (natural abundance) BRCA1cc in the following ratio 2:1 (BRCA1:PALB2) and concentrated by centrifugation.NC_PALB2_BRCA1(NA)90% H2O/10% D2O
solution21.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] BRCA1cc, 3 mM PALB2cc, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2, 90% H2O/10% D2OIsotopically labeled BRCA1cc mixed with unlabeled (natural abundance) PALB2cc in the following ratio 2:1 (BRCA1:PALB2) and concentrated by centrifugation.NC_BRCA1_PALB2(NA)90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMPALB2cc[U-100% 13C; U-100% 15N]1
3 mMBRCA1ccnatural abundance1
20 mMMESnatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
10 mMDTTnatural abundance1
5 mMCaCl2natural abundance1
1.5 mMBRCA1cc[U-100% 13C; U-100% 15N]2
3 mMPALB2ccnatural abundance2
20 mMMESnatural abundance2
200 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mMDTTnatural abundance2
5 mMCaCl2natural abundance2
試料状態詳細: Buffer Conditions: 20 mM MES, 200 mM NaCl, 10 mM DTT, 5 mM CaCl2 at pH 6.5
イオン強度: 200 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AVSMoseley and Montelionechemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7 / 詳細: molecular dynamics
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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