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- PDB-7k34: Crystal structure of L-threonine transaldolase from Pseudomonas f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k34
タイトルCrystal structure of L-threonine transaldolase from Pseudomonas fluorescens in internal aldimine state
要素Threonine aldolase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / SYNTHASE / threonine transaldolase / pyridoxal phosphate / PLP / biocatalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonine aldolase / threonine aldolase activity / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Threonine aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Kumar, P. / Bingman, C.A. / Buller, A.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2-GM137417 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / : 2021
タイトル: l-Threonine Transaldolase Activity Is Enabled by a Persistent Catalytic Intermediate.
著者: Kumar, P. / Meza, A. / Ellis, J.M. / Carlson, G.A. / Bingman, C.A. / Buller, A.R.
履歴
登録2020年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine aldolase
B: Threonine aldolase
C: Threonine aldolase
D: Threonine aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,84413
ポリマ-200,9794
非ポリマー8659
16,556919
1
A: Threonine aldolase
B: Threonine aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9707
ポリマ-100,4902
非ポリマー4805
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11220 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area26870 Å2
手法PISA
2
C: Threonine aldolase
D: Threonine aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,8746
ポリマ-100,4902
非ポリマー3844
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10950 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area27100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.613, 118.613, 129.976
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質
Threonine aldolase


分子量: 50244.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 遺伝子: obiH, CIB54_12585 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X9LWZ7, L-threonine aldolase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 919 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: N-His-ObiH at 30 mg/ml was dissolved in 10 mM Tris pH 8.5. Two microliter of protein solution was mixed with two microliter of reservoir solution, 0.1 M Bis-Tris pH 6.75 - 7.0, 1.8 - 2.0 M ...詳細: N-His-ObiH at 30 mg/ml was dissolved in 10 mM Tris pH 8.5. Two microliter of protein solution was mixed with two microliter of reservoir solution, 0.1 M Bis-Tris pH 6.75 - 7.0, 1.8 - 2.0 M ammonium sulfate and equilibrated against the reservoir at 21 C (294K)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→118.6 Å / Num. obs: 211275 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.216 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 1.66→1.7 Å / 冗長度: 13.1 % / Num. unique obs: 15546 / CC1/2: 0.45 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OT8
解像度: 1.66→50.005 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.247 / WRfactor Rwork: 0.216 / SU B: 6.784 / SU ML: 0.109 / Average fsc free: 0.8546 / Average fsc work: 0.8673 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.11 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2423 10401 4.932 %Random selection
Rwork0.2127 200497 --
all0.214 ---
obs-210898 99.849 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 27.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.239 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.239 Å2-0 Å2
3----0.477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→50.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13407 0 45 919 14371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01314007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.6319128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2651.56728781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49351804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.67222.925670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.304152063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.9021559
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.21809
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216086
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.22986
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1760.211545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1560.26748
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0770.25408
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1140.2828
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.110.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1820.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2951.3057156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2951.3057155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.5181.9568971
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.5181.9568972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3031.3496851
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.2881.3276815
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.4882.01210154
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.4781.97910100
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.63216.34615743
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.56216.00515602
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.66-1.7030.3427900.326146500.327155230.6350.64599.46530.328
1.703-1.750.3128080.308142990.308151780.7440.74999.53220.307
1.75-1.8010.2987120.293140530.293148080.7780.78499.70960.29
1.801-1.8560.3057020.273136450.274143710.8310.83499.8330.265
1.856-1.9170.3056950.272131400.274138620.840.85499.80520.263
1.917-1.9840.2936320.253127920.254134430.8530.88299.85870.241
1.984-2.0590.2476710.223122820.224129600.8960.90799.9460.213
2.059-2.1430.2495950.217119050.219125060.8980.91199.9520.208
2.143-2.2380.2525330.215114680.217120090.8920.90399.93340.207
2.238-2.3470.3045750.241108510.244114440.8660.89799.84270.236
2.347-2.4730.2395300.207104130.209109450.9140.91899.98170.204
2.473-2.6230.2325140.19598040.197103180.9230.9331000.196
2.623-2.8030.2424660.291890.20296550.9140.931000.203
2.803-3.0270.2474560.20386120.20590680.9090.9281000.209
3.027-3.3150.2113960.279590.283550.9320.9371000.209
3.315-3.7040.2163890.19771450.19875350.9350.9499.98670.211
3.704-4.2730.1973290.1763290.17166580.9470.9551000.185
4.273-5.2240.2032820.17853720.17956540.9420.9491000.195
5.224-7.3480.252120.22242100.22444220.9290.9361000.237
7.348-50.0050.2341140.19623790.19724930.9580.951000.218
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6134-0.2836-0.03290.78970.42460.6866-0.0201-0.05020.16190.08230.1479-0.16670.00560.1074-0.12780.14350.0079-0.01860.1956-0.05750.124235.311-2.3032-7.2274
23.24960.5015-1.99721.950.04513.9033-0.04130.0318-0.21750.0863-0.21210.13680.2001-0.16120.25340.1049-0.0145-0.02140.1915-0.00060.109413.5894-11.8256-17.3581
30.50210.0904-0.24713.05630.22691.1589-0.04050.0272-0.06810.1550.0128-0.0030.17110.11820.02770.1340.0097-0.01240.1612-0.02120.079125.8563-23.3972-20.0255
43.14341.588-1.5864.0895-1.19393.45530.0051-0.0612-0.07560.28380.0907-0.30130.02980.2706-0.09580.1950.0814-0.05560.1512-0.06130.102438.6525-32.65-17.8352
51.19330.7631-0.06561.5483-0.45062.5962-0.01310.096-0.14760.11640.1691-0.12160.35240.1964-0.15590.18920.0753-0.02060.176-0.09540.091940.3523-36.5889-25.6105
61.71041.7636-0.52354.484-0.40340.5306-0.09010.2492-0.1933-0.12790.1589-0.24950.21370.0774-0.06880.2030.0609-0.02050.2117-0.07480.097237.2942-32.4091-27.4129
73.15481.5197-0.757610.0037-1.67666.5781-0.09480.0698-0.25880.0678-0.00940.1550.2323-0.21840.10420.18860.0078-0.01030.1799-0.07070.115530.6486-35.3516-34.7062
80.7274-0.05290.01551.07420.52760.7650.01940.1431-0.0031-0.10240.0592-0.05860.01060.089-0.07860.1631-0.0027-0.00330.209-0.02240.0732.1834-15.7074-25.076
92.6619-0.4847-0.13462.07451.16321.875-0.00580.0606-0.05370.08220.4152-0.51830.24470.4904-0.40940.04310.0731-0.04350.336-0.21370.182555.5833-19.6637-21.5808
101.6859-0.8974-0.16341.34230.53350.97520.05360.08780.3269-0.13490.1936-0.4138-0.16420.3284-0.24720.0762-0.07870.06840.2251-0.08170.154147.2052-1.2373-20.896
111.0920.5316-0.62211.4914-0.32642.0541-0.03930.12580.2411-0.18320.09330.0602-0.07-0.113-0.0540.14050.01230.00130.14450.01540.12118.56751.9978-14.2346
121.1010.8004-0.96860.7758-0.04933.91170.06020.00630.08170.03330.1308-0.05510.09520.1755-0.19090.149-0.0067-0.00130.2391-0.1130.202737.1847-8.1872-6.5318
132.38712.8179-4.93283.3438-5.850710.2438-0.02760.27490.157-0.09470.33960.15880.2016-0.5694-0.3120.550.1766-0.14680.3656-0.06680.231648.5387-21.0517-6.192
146.10111.5011-5.85291.9762-1.94546.8861-0.0251-0.28770.00660.34830.0876-0.19630.07330.2457-0.06250.16690.0772-0.0720.2016-0.0880.067440.2862-10.32824.4337
151.2409-0.0455-1.11732.2008-0.02541.1744-0.2605-0.003-0.09060.25320.24530.28330.39960.03620.01520.32490.0726-0.00340.14220.02520.062826.5187-27.04011.3995
160.9105-1.3648-0.47178.36981.03296.0668-0.13050.0763-0.0453-0.30330.01510.1201-0.18170.05590.11540.2971-0.04480.04070.05850.04670.141719.0564-33.0359-3.0585
171.2206-1.7823-1.72113.89971.52423.7909-0.4439-0.1411-0.38011.11560.14240.66230.63520.07070.30150.79950.0750.27320.16050.19240.300116.4807-34.938611.6913
180.6796-0.3854-0.06931.47230.21350.4559-0.1687-0.2253-0.03890.45280.19620.04430.2770.0907-0.02750.3030.0937-0.00230.17590.01090.005527.1554-19.4086.912
192.1105-0.2567-0.27951.06520.58821.1269-0.149-0.0772-0.10870.2927-0.00560.32830.2032-0.19070.15460.1913-0.02020.11040.1682-0.01370.10925.0976-10.01536.6862
202.43610.6226-0.01651.44170.57990.76410.0653-0.0050.38180.1069-0.02560.1773-0.0511-0.1177-0.03970.15180.0450.01610.1547-0.00140.12315.56084.52660.1078
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2710.62180.3162-1.16481.6914-0.928710.0104-0.00710.12970.16790.0534-0.126-0.2872-0.20650.34710.13310.17680.0135-0.08860.2224-0.02530.118392.756-30.397149.7806
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320.28180.4286-0.09491.9188-0.38432.5517-0.0949-0.0663-0.1315-0.06550.022-0.02290.21630.22260.0730.22170.01770.02050.1740.01550.114168.6812-40.931420.6103
333.9058-0.59421.58123.1265-3.29775.1997-0.106-0.1921-0.12240.1603-0.1095-0.18560.2020.23780.21550.18360.0406-0.01240.1126-0.02310.113768.437-46.193520.5325
343.1667-0.2982-0.11411.2640.77792.25670.01650.00910.0215-0.1590.0418-0.0675-0.03830.1065-0.05830.17610.00920.0040.17050.00570.063177.3548-33.042511.4781
352.6664-1.11041.00181.65980.1653.6431-0.0641-0.2986-0.0071-0.10650.2308-0.265-0.32830.2273-0.16660.1602-0.09690.09360.2274-0.05570.110289.0216-18.48215.516
362.5016-0.82870.55273.07760.72561.43350.01430.07170.0509-0.67970.1719-0.3858-0.28910.4992-0.18620.2994-0.12270.15510.2793-0.05960.087388.6922-18.63032.6844
371.113-0.4065-0.33651.02370.31050.58270.03360.0694-0.0462-0.2016-0.023-0.0373-0.03140.0702-0.01050.20040.0059-0.00020.1827-0.01120.053773.3544-29.84049.9401
381.0557-0.0027-0.04781.60770.71671.58510.1020.06440.1846-0.3294-0.0366-0.1155-0.39430.1344-0.06540.2967-0.02260.01040.10240.02480.047968.1842-5.40578.143
393.0022-0.4032-1.81870.9555-1.01793.0590.35770.16140.7174-0.07240.06270.0227-0.3922-0.1644-0.42040.46870.0315-0.09940.05190.08790.347359.55473.520412.523
400.54940.2157-0.11133.0885-0.00680.5258-0.01960.03-0.063-0.0930.02690.3928-0.1156-0.2088-0.00720.14580.0451-0.07820.1591-0.02640.134649.6896-24.104814.3562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLA1 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2ALLA62 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3ALLA90 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4ALLA119 - 138
5X-RAY DIFFRACTION5ALLA139 - 164
6X-RAY DIFFRACTION6ALLA165 - 187
7X-RAY DIFFRACTION7ALLA188 - 199
8X-RAY DIFFRACTION8ALLA200 - 308
9X-RAY DIFFRACTION9ALLA309 - 362
10X-RAY DIFFRACTION10ALLA363 - 440
11X-RAY DIFFRACTION11ALLB0 - 42
12X-RAY DIFFRACTION12ALLB43 - 60
13X-RAY DIFFRACTION13ALLB61 - 70
14X-RAY DIFFRACTION14ALLB71 - 93
15X-RAY DIFFRACTION15ALLB94 - 127
16X-RAY DIFFRACTION16ALLB128 - 145
17X-RAY DIFFRACTION17ALLB146 - 177
18X-RAY DIFFRACTION18ALLB178 - 285
19X-RAY DIFFRACTION19ALLB286 - 390
20X-RAY DIFFRACTION20ALLB391 - 440
21X-RAY DIFFRACTION21ALLC-1 - 30
22X-RAY DIFFRACTION22ALLC31 - 60
23X-RAY DIFFRACTION23ALLC61 - 70
24X-RAY DIFFRACTION24ALLC71 - 130
25X-RAY DIFFRACTION25ALLC131 - 143
26X-RAY DIFFRACTION26ALLC144 - 188
27X-RAY DIFFRACTION27ALLC189 - 199
28X-RAY DIFFRACTION28ALLC200 - 282
29X-RAY DIFFRACTION29ALLC283 - 376
30X-RAY DIFFRACTION30ALLC377 - 440
31X-RAY DIFFRACTION31ALLD0 - 42
32X-RAY DIFFRACTION32ALLD43 - 67
33X-RAY DIFFRACTION33ALLD68 - 81
34X-RAY DIFFRACTION34ALLD82 - 118
35X-RAY DIFFRACTION35ALLD119 - 143
36X-RAY DIFFRACTION36ALLD144 - 200
37X-RAY DIFFRACTION37ALLD201 - 288
38X-RAY DIFFRACTION38ALLD289 - 381
39X-RAY DIFFRACTION39ALLD382 - 405
40X-RAY DIFFRACTION40ALLD406 - 440

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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