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万見
- PDB-7jzy: CryoEM structure of a CRISPR-Cas complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jzy
タイトルCryoEM structure of a CRISPR-Cas complex
要素
  • (Type I-F CRISPR-associated ...) x 2
  • AcrF9
  • CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
  • CRISPR-associated protein Csy1
  • RNA (61-MER)
キーワードHYDROLASE/RNA / CRISPR / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / : / Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Csy1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chang, L. / Li, Z. / Gabel, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of a CRISPR-Cas complex
著者: Chang, L. / Li, Z. / Gabel, C.
履歴
登録2020年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22584
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein Csy1
B: Type I-F CRISPR-associated protein Csy2
C: Type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4
M: RNA (61-MER)
D: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
E: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
F: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
G: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
H: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
I: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
J: AcrF9
K: AcrF9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,75612
ポリマ－367,75612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area60220 Å2
ΔGint-187 kcal/mol
Surface area120570 Å2

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要素

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タンパク質 , 3種, 9分子 ADEFGHIJK

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein Csy1 / Csy1 (Cas8f)


分子量: 49194.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: csy1, PA14_33330 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02ML9
#5: タンパク質
CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein Csy3


分子量: 37579.273 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: EQH76_13805, F7O93_18150, NCTC13437_01527, NCTC13619_03982
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A444M080
#6: タンパク質 AcrF9


分子量: 7813.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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Type I-F CRISPR-associated ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 Type I-F CRISPR-associated protein Csy2 / Csy2 (Cas5f)


分子量: 36244.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: csy2, ALP65_00953, EQH76_13810, FCG96_17775, PACL_0128
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B3G161
#3: タンパク質 Type I-F CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4


分子量: 21675.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: cas6f, F7O93_18155 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A643HZS6

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RNA鎖 , 1種, 1分子 M

#4: RNA鎖 RNA (61-MER)


分子量: 19538.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: GenBank: 313291946

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CRISPR-Cas complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150697 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00925143
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.96734415
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.6229357
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0533885
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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