PDB-7jvh: Crystal structure of a GH43_12 retrieved from capybara gut metagenome

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jvh

タイトル

Crystal structure of a GH43_12 retrieved from capybara gut metagenome

要素

Glycoside Hydrolase Family 43_12

キーワード

HYDROLASE / CAZymes / glycogenomic

機能・相同性

Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Cabral, L. / Domingues, M.N. / Martins, M.P. / Persinoti, G.F. / Morais, M.A.B. / Murakami, M.T.

資金援助

ブラジル, 5件

組織	認可番号	国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)	2015/26982-0	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	306135/2016-7	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	408600/2018-7	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	439195/2016-02018-7	ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)	142332/2017-8	ブラジル

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a GH43_12 retrieved from capybara gut metagenome
著者: Cabral, L. / Domingues, M.N. / Martins, M.P. / Persinoti, G.F. / Morais, M.A.B. / Murakami, M.T.

履歴

登録	2020年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jvh.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jvh.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7jvh_validation.pdf.gz	503 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jvh_full_validation.pdf.gz	579.9 KB	表示
XML形式データ	7jvh_validation.xml.gz	112.5 KB	表示
CIF形式データ	7jvh_validation.cif.gz	150.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/7jvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7jvh-3 7jvh-4 7jvh-2 5c16-2 6kii-d 3pdj-d 4c7j-1 1owp-d 5t5x-d 1aln-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycoside Hydrolase Family 43_12

B: Glycoside Hydrolase Family 43_12

C: Glycoside Hydrolase Family 43_12

D: Glycoside Hydrolase Family 43_12

E: Glycoside Hydrolase Family 43_12

F: Glycoside Hydrolase Family 43_12

ヘテロ分子

385 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glycoside Hydrolase Family 43_12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glycoside Hydrolase Family 43_12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Glycoside Hydrolase Family 43_12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Glycoside Hydrolase Family 43_12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Glycoside Hydrolase Family 43_12

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Glycoside Hydrolase Family 43_12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.223, 107.383, 132.533
Angle α, β, γ (deg.)	99.030, 113.380, 108.450
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glycoside Hydrolase Family 43_12 分子量: 63954.320 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 14% PEG 10,000, 1% dioxane, 0.1 M amonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.459 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.48→49.2 Å / Num. obs: 166175 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.241 % / B_iso Wilson estimate: 53.84 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 1.048 / Net I/σ(I): 12.37

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.48-2.63	3.315	1.067	1.06	86299	28038	26033	0.537	1.273	92.8
2.63-2.81	3.353	0.588	1.96	84553	26289	25217	0.81	0.701	95.9
2.81-3.03	3.294	0.293	3.8	77389	24405	23496	0.939	0.35	96.3
3.03-3.32	3.045	0.144	7.2	66329	22564	21780	0.982	0.175	96.5
3.32-3.71	3.165	0.074	13.86	62489	20416	19746	0.993	0.09	96.7
3.71-4.28	3.353	0.044	22.84	58391	17963	17413	0.997	0.053	96.9
4.28-5.23	3.208	0.033	30.33	47027	15185	14658	0.998	0.039	96.5
5.23-7.36	2.973	0.032	30.65	33988	11827	11433	0.998	0.039	96.7
7.36-49.204	3.457	0.025	41.61	22121	6632	6399	0.999	0.03	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.48→49.2 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2783	8302	5 %	RANDOM
R_work	0.2464	157744	-	-
obs	0.248	166046	96.03 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 200.6 Å² / B_iso mean: 85.88 Å² / B_iso min: 32.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.48→49.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24830	0	60	188	25078
B_iso mean	-	-	66.36	58.96	-
残基数	-	-	-	-	3136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	25571
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.591	34720
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	3671
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4505
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.558	9238

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.48-2.5066	0.3913	245	0.3556	4632	83
2.5066-2.5361	0.341	269	0.3243	5130	95
2.5361-2.567	0.3543	278	0.3223	5283	96
2.567-2.5995	0.3647	274	0.3191	5205	96
2.5995-2.6337	0.3478	274	0.3188	5198	96
2.6337-2.6698	0.3621	280	0.3078	5307	96
2.6698-2.7079	0.3622	274	0.2985	5211	96
2.7079-2.7483	0.3546	279	0.3002	5297	96
2.7483-2.7913	0.3344	276	0.3055	5227	96
2.7913-2.837	0.3084	278	0.289	5307	96
2.837-2.8859	0.3182	276	0.2825	5246	96
2.8859-2.9384	0.3601	276	0.2844	5244	96
2.9384-2.9949	0.3163	281	0.2642	5326	96
2.9949-3.056	0.3033	277	0.2712	5270	96
3.056-3.1225	0.2966	278	0.2594	5265	96
3.1225-3.1951	0.3155	278	0.2577	5282	97
3.1951-3.275	0.2913	278	0.2508	5298	97
3.275-3.3635	0.2525	279	0.2417	5313	97
3.3635-3.4625	0.2903	281	0.2471	5342	97
3.4625-3.5742	0.2722	279	0.2478	5300	97
3.5742-3.7019	0.2745	280	0.2348	5316	97
3.7019-3.8501	0.2682	278	0.2326	5283	97
3.8501-4.0252	0.2756	281	0.2353	5345	97
4.0252-4.2373	0.2321	278	0.2168	5288	97
4.2373-4.5026	0.2334	280	0.2076	5307	97
4.5026-4.85	0.2402	278	0.2015	5289	97
4.85-5.3376	0.2461	280	0.2133	5307	97
5.3376-6.1087	0.2522	279	0.231	5301	97
6.1087-7.6916	0.2889	281	0.2537	5342	97
7.6916-49.2	0.2721	277	0.2622	5283	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6818	-0.3891	-0.3413	0.8358	0.0875	0.6648	0.0256	0.1696	0.1758	-0.1361	0.0274	0.0394	-0.0839	-0.098	-0.0519	0.342	-0.0067	-0.085	0.3086	0.0501	0.6475	-42.6056	-2.644	-11.0757
2	1.3182	-0.6794	-0.2209	1.4477	0.25	0.6436	0.0109	-0.1428	0.0207	0.2215	0.0463	-0.1648	0.047	0.1263	-0.0531	0.3764	-0.0115	-0.1285	0.3186	-0.0139	0.6715	-95.4885	-41.9268	11.8424
3	1.0375	0.3095	-0.2673	0.8584	-0.4844	1.3202	0.1965	-0.1696	0.5148	0.3996	-0.0989	0.5951	-0.3937	-0.0161	-0.0683	0.6171	-0.058	0.1284	0.3568	-0.1361	1.0026	-81.2719	0.4937	25.1025
4	0.8158	0.2424	0.1436	1.2572	0.2793	1.3383	-0.1624	0.2687	-0.4418	-0.2438	0.2699	-0.7231	-0.0826	0.3271	-0.0877	0.4293	-0.1157	0.1279	0.4937	-0.1518	0.9884	-114.271	24.3379	-24.236
5	0.8224	-0.5625	-0.1544	0.5591	-0.3951	2.3811	0.0023	-0.027	0.0913	0.0405	0.082	0.1598	-0.0893	-0.5496	-0.0915	1.1792	-0.1019	-0.0371	1.1597	-0.0205	1.6398	-61.7507	51.4949	34.0756
6	0.6772	-0.4364	-0.1649	0.4891	0.2883	2.5456	0.0181	-0.0023	-0.1435	0.0341	0.0151	-0.1249	0.4079	0.3516	-0.0468	1.2584	-0.0579	-0.0771	1.1276	-0.0778	1.647	-72.0153	59.0399	-33.8255

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 30 through 573)	A	30 - 573
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 31 through 573)	B	31 - 573
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 30 through 572)	C	30 - 572
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 31 through 572)	D	31 - 572
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain 'E' and resid 31 through 573)	E	31 - 573
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain 'F' and resid 35 through 572)	F	35 - 572

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新型コロナ情報

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