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- PDB-7jv7: Crystal Structure of the yeast RNA Pol II CTD kinase CTDK-1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jv7
タイトルCrystal Structure of the yeast RNA Pol II CTD kinase CTDK-1 complex
要素
  • CTD kinase subunit alpha
  • CTD kinase subunit beta
  • CTD kinase subunit gamma
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSFERASE / CDK / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / CTDK-1 complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / : / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / positive regulation of translational fidelity / mRNA 3'-end processing / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase ...: / CTDK-1 complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / : / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / positive regulation of translational fidelity / mRNA 3'-end processing / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Estrogen-dependent gene expression / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Neutrophil degranulation / cyclin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / translational initiation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription elongation by RNA polymerase II / mRNA processing / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / protein phosphorylation / DNA damage response / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CTD kinase subunit gamma Ctk3, C-terminal / CTD kinase subunit gamma / CTD kinase subunit gamma CTK3 C-terminus / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...CTD kinase subunit gamma Ctk3, C-terminal / CTD kinase subunit gamma / CTD kinase subunit gamma CTK3 C-terminus / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / CTD kinase subunit beta / CTD kinase subunit gamma / CTD kinase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85055301184 Å
データ登録者Xie, Y. / Ren, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R35GM133743 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structure and activation mechanism of the yeast RNA Pol II CTD kinase CTDK-1 complex.
著者: Xie, Y. / Lord, C.L. / Clarke, B.P. / Ivey, A.L. / Hill, P.S. / McDonald, W.H. / Wente, S.R. / Ren, Y.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTD kinase subunit alpha
B: CTD kinase subunit beta
C: CTD kinase subunit gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,8104
ポリマ－113,6213
非ポリマー1891
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area37840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.170, 71.091, 84.797
Angle α, β, γ (deg.)79.076, 86.220, 72.686
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 CTD kinase subunit alpha / CTDK-I subunit alpha / CTD kinase 58 kDa subunit / CTD kinase subunit 1


分子量: 40667.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTK1, YKL139W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q03957, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 CTD kinase subunit beta / CTDK-I subunit beta / CTD kinase 38 kDa subunit / CTD kinase subunit 2


分子量: 38096.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTK2, YJL006C, J1390 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P46962
#3: タンパク質 CTD kinase subunit gamma / CTDK-I gamma subunit / CTD kinase 32 kDa subunit / CTD kinase subunit 3


分子量: 34856.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTK3, YML112W, YM8339.07 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P46963
#4: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.1 M Sodium Citrate pH 5.3, 0.3 M Lithium Chloride, and 17.5% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.004 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 91889 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 25.9686050695 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 4321

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85055301184→29.2418987215 Å / SU ML: 0.245922209401 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96186904856 / 位相誤差: 21.7262698007
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221728843375 1999 2.17592441411 %
Rwork0.183545427637 89870 -
obs0.184364153002 91869 89.1975338609 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.1018082669 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85055301184→29.2418987215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7140 0 13 549 7702
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007377699676247431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86521669269310080
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05140793009991143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005436799551551275
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.275598379646334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8506-1.89680.3446329648731350.2832249767786031X-RAY DIFFRACTION83.3243243243
1.8968-1.94810.3102599085661430.2486184034546451X-RAY DIFFRACTION90.2916609612
1.9481-2.00540.2577712796371460.2233844492026591X-RAY DIFFRACTION91.3491525424
2.0054-2.07010.2441288153131460.208494156766553X-RAY DIFFRACTION91.3292433538
2.0701-2.14410.2525243938981450.2039105401616523X-RAY DIFFRACTION90.7581325711
2.1441-2.22990.2501472318061450.2024178633126518X-RAY DIFFRACTION90.2234258632
2.2299-2.33140.2571729085151430.19583251666401X-RAY DIFFRACTION89.3500819224
2.3314-2.45420.2420199138171390.1986508391386264X-RAY DIFFRACTION86.8556701031
2.4542-2.60790.2220920254591230.1913640382175535X-RAY DIFFRACTION76.7082429501
2.6079-2.80910.2201637900941500.1880738881736722X-RAY DIFFRACTION93.5220468155
2.8091-3.09150.2250888843081510.1900133138166769X-RAY DIFFRACTION93.9069073144
3.0915-3.53820.2156513826291480.1751576289216678X-RAY DIFFRACTION92.9466230937
3.5382-4.45520.1900758656661430.1491215055986417X-RAY DIFFRACTION89.0457445364
4.4552-29.240.1874017223211420.1653612587856417X-RAY DIFFRACTION89.2745338233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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