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万見
- PDB-7ju3: MtrR bound to the mtrCDE operator from Neisseria gonorrhoeae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ju3
タイトルMtrR bound to the mtrCDE operator from Neisseria gonorrhoeae
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*T)-3')
  • HTH-type transcriptional regulator MtrR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TetR family / transcription / global regulator / helix-turn-helix motif
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator MtrR
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Beggs, G.A. / Shafer, W.M. / Brennan, R.G.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R05 AI048593-09 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI109096-01A1 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37 AI021150-32 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1644868 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structures of Neisseria gonorrhoeae MtrR-operator complexes reveal molecular mechanisms of DNA recognition and antibiotic resistance-conferring clinical mutations.
著者: Beggs, G.A. / Ayala, J.C. / Kavanaugh, L.G. / Read, T.D. / Hooks, G.M. / Schumacher, M.A. / Shafer, W.M. / Brennan, R.G.
履歴
登録2020年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator MtrR
B: HTH-type transcriptional regulator MtrR
C: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0498
ポリマ－61,8884
非ポリマー1604
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8150 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area22560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.273, 59.420, 69.508
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator MtrR / Multiple transferrable resistance regulator


分子量: 24501.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: mtrR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39897
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*CP*CP*GP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*CP*GP*TP*GP*TP*AP*TP*GP*T)-3')


分子量: 6444.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*AP*TP*AP*CP*AP*CP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*AP*TP*A)-3')


分子量: 6440.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 200 mM calcium acetate, 100 mM Tris-HCl pH 7.5, 27% Polyethylene glycol MW-8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→69.842 Å / Num. obs: 15036 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1809 / Rrim(I) all: 0.577 / % possible all: 79.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JNP

7jnp


解像度: 2.7→69.842 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 1482 9.95 %
Rwork0.2276 13414 -
obs0.2329 14896 93.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 187.93 Å2 / Biso mean: 81.9299 Å2 / Biso min: 34.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→69.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 855 4 69 4056
Biso mean--107.4 78.67 -
残基数----447
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7001-2.78730.42611070.364393774
2.7873-2.88690.36341240.3396112488
2.8869-3.00250.34861390.3048124296
3.0025-3.13910.3851390.2875128398
3.1391-3.30460.34021420.2985124898
3.3046-3.51170.34431330.2476126897
3.5117-3.78280.32811270.2878113989
3.7828-4.16340.30291400.2142128498
4.1634-4.76570.22791420.1764127698
4.7657-6.00380.24341430.2037129998
6.0038-69.8420.22341460.1815131498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4919-1.9793-1.45891.81020.57431.22560.02480.1978-0.0947-0.42280.02780.532-0.1822-0.1084-0.02250.4908-0.0785-0.10840.38410.03430.7495-48.5104-8.9541-11.2778
23.45940.17850.58051.90230.3151.005-0.0985-0.362-0.5890.39370.25140.25360.1282-0.1222-0.18530.420.0376-0.00090.40950.11870.6773-49.0795-8.067611.8493
32.10170.57550.2593.0853.30933.55650.52620.09070.39330.20541.0869-1.4845-0.22760.7847-1.1320.60380.1025-0.07480.6699-0.17731.1195-12.7358-9.039-3.2263
42.7767-0.19510.21642.61972.16475.830.44470.49250.1435-0.24241.1826-1.23820.41361.1245-1.4230.64020.0168-0.01390.8019-0.24911.3247-12.443-8.9789-3.9652
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 8 through 209)A8 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 7 through 209)B7 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 21)C1 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 21)D1 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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