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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jtu | ||||||
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タイトル | Cytidine deaminase T6S toxin from Pseudomonas syringae | ||||||
要素 |
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キーワード | TOXIN / Immunity / Type VI / T6SS / deaminase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas syringae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Bosch, D.E. / Hsu, F. / de Moraes, M.H. / Mougous, J.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: An interbacterial DNA deaminase toxin directly mutagenizes surviving target populations. 著者: de Moraes, M.H. / Hsu, F. / Huang, D. / Bosch, D.E. / Zeng, J. / Radey, M.C. / Simon, N. / Ledvina, H.E. / Frick, J.P. / Wiggins, P.A. / Peterson, S.B. / Mougous, J.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jtu.cif.gz | 78.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jtu.ent.gz | 61.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jtu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jtu_validation.pdf.gz | 431.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jtu_full_validation.pdf.gz | 435.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jtu_validation.xml.gz | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jtu_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/7jtu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/7jtu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18559.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0Q0DAS4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 22058.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3M2XVH3 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Hanging drop diffusion. SsdA/SsdAI complex at 10 mg/mL was mixed 1:1 with crystallization solutions containing 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 7.5 and 200 mM MgCl2. Cryopreservation was ...詳細: Hanging drop diffusion. SsdA/SsdAI complex at 10 mg/mL was mixed 1:1 with crystallization solutions containing 20% PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris:HCl pH 7.5 and 200 mM MgCl2. Cryopreservation was in crystallization solution with 20% glycerol. Temp details: Room temperature |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→35 Å / Num. obs: 17597 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.6 % / Biso Wilson estimate: 79.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 22.9 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.03 Å / 冗長度: 29.6 % / Num. unique obs: 434 / Rpim(I) all: 0.279 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→33.39 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 136.64 Å2 / Biso mean: 79.8133 Å2 / Biso min: 42.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→33.39 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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