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- PDB-7jsq: Refined structure of the C-terminal domain of DNAJB6b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jsq
タイトルRefined structure of the C-terminal domain of DNAJB6b
要素DnaJ homolog subfamily B member 6
キーワードCHAPERONE / anti-aggregation / hsp40
機能・相同性
機能・相同性情報


chorion development / chorio-allantoic fusion / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / intermediate filament organization / negative regulation of inclusion body assembly / nervous system process / ATPase activator activity / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / protein localization to nucleus / regulation of cellular response to heat ...chorion development / chorio-allantoic fusion / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / intermediate filament organization / negative regulation of inclusion body assembly / nervous system process / ATPase activator activity / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / protein localization to nucleus / regulation of cellular response to heat / : / heat shock protein binding / Hsp70 protein binding / extracellular matrix organization / protein folding chaperone / Z disc / unfolded protein binding / protein folding / regulation of protein localization / protein-folding chaperone binding / actin cytoskeleton organization / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DnaJ homolog subfamily B member 2 / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DnaJ homolog subfamily B member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Karamanos, T.K. / Clore, G.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK-029023 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: An S/T motif controls reversible oligomerization of the Hsp40 chaperone DNAJB6b through subtle reorganization of a beta sheet backbone.
著者: Karamanos, T.K. / Tugarinov, V. / Clore, G.M.
履歴
登録2020年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaJ homolog subfamily B member 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4741
ポリマ－6,4741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DnaJ homolog subfamily B member 6 / HHDJ1 / Heat shock protein J2 / HSJ-2 / MRJ / MSJ-1


分子量: 6474.404 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 185-241 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNAJB6, HSJ2, MRJ, MSJ1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75190

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
161isotropic1HAHBCONH
121isotropic33D HHC-NOESY
131isotropic23D HCC-NOESY
171isotropic3CNH 13C-HMQC-NOESY-15N-HSQC
142anisotropic1IPAP HSQC
152anisotropic1JMOD 1H13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution10.2 mM [U-13C; U-15N] CTD, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.02 % v/v sodium azide, 95% H2O/5% D2OU13C_U15N_sample95% H2O/5% D2O
solution20.2 mM [U-13C; U-15N] CTD, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.02 % v/v sodium azide, 4.2 % v/v C12E5 PEG, 11.6 mM Hexanol, 95% H2O/5% D2ORDC_sample95% H2O/5% D2OPEG/hexanol sample
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMCTD[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
0.02 % v/vsodium azidenatural abundance1
0.2 mMCTD[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
0.02 % v/vsodium azidenatural abundance2
4.2 % v/vC12E5 PEGnatural abundance2
11.6 mMHexanolnatural abundance2
試料状態イオン強度: 187 mM / Label: condition_1 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD7002
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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