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- PDB-7jrh: X-ray crystal structure of a cyclic peptide containing medin(19-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jrh
タイトルX-ray crystal structure of a cyclic peptide containing medin(19-25) and medin(31-37)
要素Cyclic peptide ASP-GLN-TRP-MLE-GLN-VAL-ASP-ORD-GLU-VAL-THR-GLY-ILE-ILE-THR-ORD
キーワードDE NOVO PROTEIN / medin / cyclic / hairpin / MOF / framework
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Wierzbicki, M. / Howitz, W.J. / Nowick, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097562 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1808096 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Interpenetrating Cubes in the X-ray Crystallographic Structure of a Peptide Derived from Medin 19-36 .
著者: Howitz, W.J. / Wierzbicki, M. / Cabanela, R.W. / Saliba, C. / Motavalli, A. / Tran, N. / Nowick, J.S.
履歴
登録2020年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic peptide ASP-GLN-TRP-MLE-GLN-VAL-ASP-ORD-GLU-VAL-THR-GLY-ILE-ILE-THR-ORD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9393
ポリマ－1,8591
非ポリマー802
水19811
1
A: Cyclic peptide ASP-GLN-TRP-MLE-GLN-VAL-ASP-ORD-GLU-VAL-THR-GLY-ILE-ILE-THR-ORD
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,27136
ポリマ－22,30912
非ポリマー96224
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-11
crystal symmetry operation4_544x,-y-1,-z-11
crystal symmetry operation5_645z+1,x-1,y1
crystal symmetry operation6_654z+1,-x,-y-11
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1,-y-11
crystal symmetry operation9_654y+1,z,x-11
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_645y+1,-z-1,-x1
crystal symmetry operation12_544-y,-z-1,x-11
Buried area4400 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area16320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.486, 42.486, 42.486
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

CA

21A-102-

CA

31A-207-

HOH

41A-208-

HOH

51A-209-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Cyclic peptide ASP-GLN-TRP-MLE-GLN-VAL-ASP-ORD-GLU-VAL-THR-GLY-ILE-ILE-THR-ORD


分子量: 1859.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.77 % / 解説: cube
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NaOAc, 0.02M CaCl2, 30% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→30.09 Å / Num. obs: 51865 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 15.04 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04568 / Rpim(I) all: 0.008085 / Rrim(I) all: 0.04648 / Net I/σ(I): 30.81
反射 シェル解像度: 1.321→1.368 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3153 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Num. unique obs: 2021 / CC1/2: 0.925 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.1275 / Rrim(I) all: 0.3423 / % possible all: 97.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3908精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.32→30.04 Å / SU ML: 0.075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 37.4445
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2103 315 9.99 %
Rwork0.1772 5233 -
obs0.1808 3117 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→30.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数130 0 2 11 143
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092131
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5117178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091321
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d35.968233
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.32-1.450.26251500.29831258X-RAY DIFFRACTION97.24
1.45-1.660.3081300.26431352X-RAY DIFFRACTION100
1.66-2.090.231540.20341296X-RAY DIFFRACTION100
2.1-30.040.17911470.13691327X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.62816389748 Å / Origin y: -5.84557566007 Å / Origin z: -19.9504909138 Å
111213212223313233
T0.120345903853 Å2-0.0199735133909 Å2-0.000137554456755 Å2-0.129330736713 Å20.0289755494964 Å2--0.147444159995 Å2
L0.851092165584 °2-0.21535012062 °20.060723544152 °2-1.02273554412 °20.85431009085 °2--3.04294435672 °2
S0.0444540216943 Å °0.0610179989821 Å °-0.121627598276 Å °-0.0994899229761 Å °-0.00384850915064 Å °-0.168571432922 Å °0.0214374728934 Å °-0.048077593414 Å °-0.136710607131 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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