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- PDB-7jqe: Structure of an extracellular fragment of EsaA from Streptococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jqe
タイトルStructure of an extracellular fragment of EsaA from Streptococcus gallolyticus
要素ESAT-6/WXG100 secretion system protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Bacterial type VII secretion system / bacterial toxin transport / membrane protein
機能・相同性Type VII secretion system EsaA / membrane => GO:0016020 / plasma membrane / ESAT-6/WXG100 secretion system protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus gallolyticus
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Klein, T.A. / Grebenc, D.W. / Kim, Y. / Whitney, J.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Structure of the Extracellular Region of the Bacterial Type VIIb Secretion System Subunit EsaA.
著者: Klein, T.A. / Grebenc, D.W. / Gandhi, S.Y. / Shah, V.S. / Kim, Y. / Whitney, J.C.
履歴
登録2020年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESAT-6/WXG100 secretion system protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,53125
ポリマ－66,0681
非ポリマー1,46324
水50428
1
A: ESAT-6/WXG100 secretion system protein
ヘテロ分子

A: ESAT-6/WXG100 secretion system protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,06150
ポリマ－132,1352
非ポリマー2,92648
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+3/21
Buried area16450 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area34310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.466, 248.235, 81.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-827-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ESAT-6/WXG100 secretion system protein


分子量: 66067.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gallolyticus (strain ATCC 43143 / F-1867) (バクテリア)
株: ATCC 43143 / F-1867 / 遺伝子: esaA, SGGB_0524 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: F5WZF6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 10% (w/v) PEG 8000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→55.3 Å / Num. obs: 29568 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 51.38 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.954 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1310 / CC1/2: 0.513 / Rpim(I) all: 0.644 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
HKL-3000位相決定
PHENIX位相決定
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→41.37 Å / SU ML: 0.3407 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.7526
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 1475 5.05 %
Rwork0.2146 27731 -
obs0.2169 29206 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→41.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2716 0 93 28 2837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252816
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42743782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0363462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.78681020
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.480.43371260.37492224X-RAY DIFFRACTION88.78
2.48-2.570.35351210.33292429X-RAY DIFFRACTION95.04
2.57-2.670.29941360.29512471X-RAY DIFFRACTION97.93
2.67-2.790.32221200.2712554X-RAY DIFFRACTION98.89
2.79-2.940.34881430.25782517X-RAY DIFFRACTION98.88
2.94-3.120.29881350.25172540X-RAY DIFFRACTION99.29
3.12-3.360.26661530.23132533X-RAY DIFFRACTION99.44
3.36-3.70.23851410.2062574X-RAY DIFFRACTION99.41
3.7-4.230.21331320.18562591X-RAY DIFFRACTION99.52
4.24-5.330.23991190.1712604X-RAY DIFFRACTION99.23
5.34-41.370.24371490.19552694X-RAY DIFFRACTION98.27
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.071611684230.0502372068916-0.05222338133863.670107605280.2225238143560.593554228465-0.0958686069617-0.0340118294119-0.4758976043460.298709861269-0.002164124044580.3585836843750.19367066473-0.03796283019740.01490536115940.726428033893-0.02065480556190.072422315530.3727776654010.04429432472610.4543617001467.9913979929-35.475629553764.2222538642
20.8467929404870.0184267011852-0.09828335938353.848690730410.07672035601580.260031460167-0.07625825979870.0001531776530960.201886327745-0.1759433261320.05944360971770.433598985005-0.0643108966828-0.0447334670420.006251388090770.7213840144850.00562907857193-0.07308264110370.362648527764-0.003597576690450.34704216444568.402081729611.172285470162.0325605162
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 96 through 267 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 268 through 494 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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