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- PDB-7jk8: EmrE S64V mutant bound to tetra(4-fluorophenyl)phosphonium at pH 5.8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jk8
タイトルEmrE S64V mutant bound to tetra(4-fluorophenyl)phosphonium at pH 5.8
要素Multidrug SMR transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Small multidrug resistance protein / Antiporter / Drug efflux pump
機能・相同性
機能・相同性情報


EmrE multidrug transporter complex / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transport / xenobiotic transmembrane transporter activity ...EmrE multidrug transporter complex / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / transmembrane transport / cellular response to xenobiotic stimulus / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein
類似検索 - ドメイン・相同性
tetrakis(4-fluorophenyl)phosphanium / SMR family multidrug efflux protein EmrE / Multidrug transporter EmrE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法個体NMR / molecular dynamics
データ登録者Shcherbakov, A.A. / Hisao, G. / Mandala, V.S. / Thomas, N.E. / Soltani, M. / Salter, E.A. / Davis Jr., J.H. / Henzler-Wildman, K.A. / Hong, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM095839 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure and dynamics of the drug-bound bacterial transporter EmrE in lipid bilayers.
著者: Shcherbakov, A.A. / Hisao, G. / Mandala, V.S. / Thomas, N.E. / Soltani, M. / Salter, E.A. / Davis Jr., J.H. / Henzler-Wildman, K.A. / Hong, M.
履歴
登録2020年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug SMR transporter
B: Multidrug SMR transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3623
ポリマ－23,9512
非ポリマー4111
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Experiments have been published in previous studies: FRET, cross-linking. Ligand binding was directly probed in this study with NMR heteronuclear dipolar coupling measurements.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3050 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area12540 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 160structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Multidrug SMR transporter / Multidrug resistance protein / Multidrug transporter emrE / SMR family multidrug efflux protein EmrE


分子量: 11975.331 Da / 分子数: 2 / 変異: S64V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Asymmetric homodimer - chemical shift data for two chains are different.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: emrE, emrE_2, BvCmsNSNP036_03582, D3821_21360, D9G11_17095, EYY27_16395, NCTC12650_04038, SAMEA3752559_04448
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X7QID6, UniProt: P23895*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-VCJ / tetrakis(4-fluorophenyl)phosphanium


分子量: 411.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H16F4P
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic13D solid-state hCANH
123isotropic13D solid-state hCONH
133isotropic23D solid-state hCA(CO)NH
143isotropic23D solid-state hCO(CA)NH
152isotropic32D CC CORD
162isotropic33D NCACX
171isotropic11D 19F
181isotropic12D FF Exchange
191isotropic119F-13C Double-Quantum Cross Polarization
1103isotropic12D solid-state hNH
1111isotropic11D 13C-19F REDOR
1123isotropic12D hNH-resolved 1H-19F REDOR

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
membrane10.26 mg/uL [U-99% 13C; U-99% 15N] EmrE-S64V, 9.5 ug/uL F4TPP, 0.41 mg/uL DMPC, 50 mM MES, 20 mM sodium chloride, aqueous bufferU-C,N-labelled S64V EmrE, with F4-TPP in DMPC bilayers at 1:25 P:L ratio.CHN-S64V-EmrE-F4TPP-1:25PLaqueous buffer
membrane20.13 mg/uL [U-99% 13C; U-99% 15N] EmrE-S64V, 5.4 ug/uL F4TPP, 0.46 mg/uL DMPC, 50 mM MES, 20 mM sodium chloride, aqueous bufferU-C,N-labelled S64V EmrE, with F4-TPP in DMPC bilayers at 1:50 P:L ratio.CHN-S64V-EmrE-F4TPP-1:50PLaqueous buffer
membrane30.27 mg/uL [U-99% 13C; U-99% 15N] EmrE-S64V, 9.5 ug/uL F4TPP, 0.44 mg/uL [U-99% 2H] DMPC, 50 mM MES, 20 mM sodium chloride, aqueous bufferU-C,D,N-labelled S64V EmrE, with F4-TPP in d54-DMPC bilayers at 1:25 P:L ratio.CDN-S64V-EmrE-F4TPP-1:25PLaqueous buffer
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.26 mg/uLEmrE-S64V[U-99% 13C; U-99% 15N]1
9.5 ug/uLF4TPPnatural abundance1
0.41 mg/uLDMPCnatural abundance1
50 mMMESnatural abundance1
20 mMsodium chloridenatural abundance1
0.13 mg/uLEmrE-S64V[U-99% 13C; U-99% 15N]2
5.4 ug/uLF4TPPnatural abundance2
0.46 mg/uLDMPCnatural abundance2
50 mMMESnatural abundance2
20 mMsodium chloridenatural abundance2
0.27 mg/uLEmrE-S64V[U-99% 13C; U-99% 15N]3
9.5 ug/uLF4TPPnatural abundance3
0.44 mg/uLDMPC[U-99% 2H]3
50 mMMESnatural abundance3
20 mMsodium chloridenatural abundance3
試料状態イオン強度: 0.07 M / Label: sample_conditions_1 / pH: 5.8 / 圧: 1 atm / 温度: 285 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7002
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
GROMACS2019.1UNIVERSITY OF GRONINGEN ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY UPPSALA UNIVERSITY精密化
HADDOCK WEBSERVER2.4構造決定
TopSpin2.1-4.0構造決定
NMRFAM-SPARKY1.414構造決定
1.47構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 160 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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