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- PDB-7ji4: Universal stress protein (USP) domain of KdpD histidine kinase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ji4
タイトルUniversal stress protein (USP) domain of KdpD histidine kinase in complex with second messenger c-di-AMP
要素KdpD
キーワードSIGNALING PROTEIN / Universal stress protein / histidine kinase / second messenger / two component system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / membrane => GO:0016020 / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, osmosensitive K+ channel sensor, N-terminal / Sensor protein KdpD, transmembrane domain / KdpD, transmembrane domain superfamily / Osmosensitive K+ channel His kinase sensor domain / Domain of unknown function (DUF4118) / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily ...Signal transduction histidine kinase, osmosensitive K+ channel sensor, N-terminal / Sensor protein KdpD, transmembrane domain / KdpD, transmembrane domain superfamily / Osmosensitive K+ channel His kinase sensor domain / Domain of unknown function (DUF4118) / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF-like domain superfamily / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2BA / Histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Dutta, A. / Parashar, V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM119504 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of KdpD histidine kinase binding to the second messenger c-di-AMP.
著者: Dutta, A. / Batish, M. / Parashar, V.
履歴
登録2020年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KdpD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3122
ポリマ－17,6541
非ポリマー6581
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)54.411, 54.411, 96.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-506-

HOH

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要素

#1: タンパク質 KdpD / Sensor protein / KdpD histidine kinase


分子量: 17653.535 Da / 分子数: 1
断片: Universal stress protein (USP) domain (UNP residues 213-364)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: kdpD_1, ERS072840_01892, SAMEA1469884_01983, SAMEA1531680_02090, SAMEA1531701_02007, SAST44_02327, SAST45_02303
プラスミド: pBB75 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A167RS01
#2: 化合物 ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP


分子量: 658.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.11 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 21% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月2日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 6957 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 164630
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.3421.80.4443310.9820.0920.4540.98799.1
2.34-2.3821.40.4743400.9860.1010.4850.957100
2.38-2.4323.10.4073400.9840.0840.4151.004100
2.43-2.4824.40.3943390.9890.0790.4020.996100
2.48-2.53250.3613270.9880.0720.3681.044100
2.53-2.5924.30.2953450.9930.060.3020.961100
2.59-2.6624.30.2743240.990.0560.281.025100
2.66-2.7323.20.2423520.9910.050.2481.001100
2.73-2.81250.2143360.9950.0430.2190.993100
2.81-2.924.50.1873340.9960.0380.1911.002100
2.9-323.80.1743440.9950.0350.1780.989100
3-3.1225.40.1613450.9940.0320.1641.012100
3.12-3.2624.70.1463440.9940.0290.1491100
3.26-3.44240.1353450.9950.0280.1380.994100
3.44-3.6523.60.1273530.9960.0260.131.037100
3.65-3.9323.60.123520.9980.0250.1230.912100
3.93-4.3324.70.1093490.9960.0220.1110.989100
4.33-4.9523.50.1013670.9970.0210.1041.014100
4.95-6.2422.90.0923670.9980.0190.0941.058100
6.24-5020.80.0884230.9970.0190.0911.071100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å47.4 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1-3660-000精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.4 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.89 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 692 10.03 %
Rwork0.2077 6205 -
obs0.2118 6897 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 100.26 Å2 / Biso mean: 63.4322 Å2 / Biso min: 41.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数957 0 44 24 1025
Biso mean--56.72 65.43 -
残基数----125
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.480.31171340.23991202133699
2.48-2.730.3491360.240612051341100
2.73-3.120.31341350.248512181353100
3.12-3.930.25551380.224112491387100
3.93-47.40.20891490.183513311480100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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