+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jhz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the carbohydrate-binding domain VP8* of human P[8] rotavirus strain BM13851 in complex with LNDFH I | ||||||
要素 | Outer capsid protein VP4 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Rotavirus / host receptor interaction | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human rotavirus A (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, S. / Stuckert, M.R. / McGinnis, K.R. / Jiang, X. / Kennedy, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021 タイトル: Structural basis of P[II] rotavirus evolution and host ranges under selection of histo-blood group antigens. 著者: Xu, S. / McGinnis, K.R. / Liu, Y. / Huang, P. / Tan, M. / Stuckert, M.R. / Burnside, R.E. / Jacob, E.G. / Ni, S. / Jiang, X. / Kennedy, M.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jhz.cif.gz | 107.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7jhz.ent.gz | 81.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jhz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jhz | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18402.191 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus A (ウイルス) / 遺伝子: VP8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M4VPJ0 #2: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 2% v/v Polyethylene glycol 400,2.0 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月17日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.68→56.08 Å / Num. obs: 13841 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 70641 / Scaling rejects: 164 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.3 %
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6VKX 解像度: 2.68→44.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / SU B: 12.946 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.389 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.21 Å2 / Biso mean: 23.561 Å2 / Biso min: 5.79 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.68→44.78 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.68→2.745 Å / Rfactor Rfree error: 0
|