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- PDB-7jhx: Crystal structure of hEPG5 LIR/GABARAPL1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jhx
タイトルCrystal structure of hEPG5 LIR/GABARAPL1 complex
要素
  • Ectopic P granules protein 5 homolog
  • Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide transport / cellular response to dsDNA / glycophagy / Tat protein binding / GABA receptor binding / toll-like receptor 9 signaling pathway / endocytic recycling / phosphatidylethanolamine binding / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation ...nucleotide transport / cellular response to dsDNA / glycophagy / Tat protein binding / GABA receptor binding / toll-like receptor 9 signaling pathway / endocytic recycling / phosphatidylethanolamine binding / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / endosome to lysosome transport / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / autophagy / microtubule / lysosome / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ectopic P granules protein 5 / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 / Ectopic P granules protein 5 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Cheung, Y.W.S. / Yip, C.K.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Insights on autophagosome-lysosome tethering from structural and biochemical characterization of human autophagy factor EPG5.
著者: Sung-Eun Nam / Yiu Wing Sunny Cheung / Thanh Ngoc Nguyen / Michael Gong / Samuel Chan / Michael Lazarou / Calvin K Yip /
要旨: Pivotal to the maintenance of cellular homeostasis, macroautophagy (hereafter autophagy) is an evolutionarily conserved degradation system that involves sequestration of cytoplasmic material into the ...Pivotal to the maintenance of cellular homeostasis, macroautophagy (hereafter autophagy) is an evolutionarily conserved degradation system that involves sequestration of cytoplasmic material into the double-membrane autophagosome and targeting of this transport vesicle to the lysosome/late endosome for degradation. EPG5 is a large-sized metazoan protein proposed to serve as a tethering factor to enforce autophagosome-lysosome/late endosome fusion specificity, and its deficiency causes a severe multisystem disorder known as Vici syndrome. Here, we show that human EPG5 (hEPG5) adopts an extended "shepherd's staff" architecture. We find that hEPG5 binds preferentially to members of the GABARAP subfamily of human ATG8 proteins critical to autophagosome-lysosome fusion. The hEPG5-GABARAPs interaction, which is mediated by tandem LIR motifs that exhibit differential affinities, is required for hEPG5 recruitment to mitochondria during PINK1/Parkin-dependent mitophagy. Lastly, we find that the Vici syndrome mutation Gln336Arg does not affect the hEPG5's overall stability nor its ability to engage in interaction with the GABARAPs. Collectively, results from our studies reveal new insights into how hEPG5 recognizes mature autophagosome and establish a platform for examining the molecular effects of Vici syndrome disease mutations on hEPG5.
履歴
登録2020年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
C: Ectopic P granules protein 5 homolog
D: Ectopic P granules protein 5 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1107
ポリマ－31,8224
非ポリマー2883
水4,342241
1
A: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
C: Ectopic P granules protein 5 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0073
ポリマ－15,9112
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
2
B: Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
D: Ectopic P granules protein 5 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1034
ポリマ－15,9112
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.954, 33.082, 78.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.280, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 / Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular ...Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular epithelial cell protein 1 / GEC-1


分子量: 14479.526 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAPL1, GEC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H0R8
#2: タンパク質・ペプチド Ectopic P granules protein 5 homolog


分子量: 1431.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HCE0
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES buffer pH 5.5, 29% (w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→57 Å / Num. obs: 21346 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 68435 / Scaling rejects: 52
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.9 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.91-1.960.76228679890.5990.5040.9161.658.7
8.54-570.0678432890.9850.0450.0818.999

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14精密化
Aimless0.5.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R2Q

2r2q


解像度: 1.91→57 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2447 999 4.72 %
Rwork0.1969 20185 -
obs0.1991 21184 92.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.14 Å2 / Biso mean: 25.4466 Å2 / Biso min: 8.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2097 0 15 241 2353
Biso mean--48.68 31.03 -
残基数----247
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9101-2.01080.3021970.28197464
2.0108-2.13680.2661360.2416292394
2.1368-2.30180.27271520.2218298297
2.3018-2.53340.28891680.2267300497
2.5334-2.90.26051560.2051301097
2.9-3.65360.22341500.1809309398
3.6536-570.2111400.1638319998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.2432.3241-1.17055.10135.54527.7267-0.22280.7234-0.1688-1.3147-0.23360.2390.19870.31370.42990.2920.06350.00510.2625-0.00360.18537.4182-8.85639.6693
25.97191.83720.8158.23471.29842.1472-0.14880.39750.0173-0.27710.4786-0.0493-0.8829-0.4472-0.30530.29130.01340.01410.3823-0.01130.3736-13.027211.156712.6287
38.05670.0168-5.55317.32032.50777.25870.0518-1.02470.3837-0.39740.3553-1.0171-0.14781.0179-0.35880.16630.00870.05520.2247-0.03790.311824.253-6.490230.3803
43.9417-4.00510.15315.20441.86426.44880.2942-0.8143-0.56680.2383-0.05630.18010.7336-0.1231-0.19490.1659-0.0550.0060.29670.08360.2713-22.2198-4.184217.1929
53.83892.6376-3.04743.6218-5.09187.93070.14260.8570.5418-0.15230.04670.3059-0.23950.0646-0.08520.21280.0678-0.01080.4820.05780.2162-23.9083.39945.2269
65.8004-0.45571.36395.3202-2.77839.36680.09050.3640.6532-0.19730.22440-0.3632-0.2807-0.36130.11290.05130.06910.26610.02820.2427-13.26045.17389.7842
77.18420.68132.2613.64770.10397.3154-0.2465-0.889-0.34850.5820.28420.1887-0.0859-0.37550.01110.25050.02980.07660.2576-0.00370.1475-11.2208-0.641725.1404
83.8078-1.22691.31452.32410.05493.78520.00740.24820.2074-0.01660.00380.029-0.2565-0.030.01650.08930.00080.00490.12930.02410.1233-3.20341.900115.1489
95.7935-0.0669-1.71252.104-1.13662.3280.01160.6886-0.1983-0.0102-0.00220.18120.0763-0.3134-0.01470.14580.0322-0.03120.3102-0.01630.1308-13.3799-2.53084.0421
106.7158-2.34983.98091.3207-0.44144.6280.1216-0.4169-0.5033-0.01180.17410.07760.4633-0.5029-0.34690.1251-0.02070.02220.1890.04120.2095-7.5902-7.185119.7887
113.68382.66841.39387.2413.72881.98550.0460.8590.387-0.8382-0.20770.18220.19590.44620.18340.27270.07110.0380.27460.01950.150425.1587-16.135515.1449
124.4446-2.1009-3.48083.11972.95533.98-0.2149-0.317-0.07520.22770.0135-0.16880.11390.7230.20070.13170.0139-0.02260.15030.03220.154327.4199-20.505628.2316
133.4704-0.64451.03163.0784-2.34727.7965-0.14260.07910.10070.0058-0.0987-0.2225-0.04480.11830.19660.0483-0.009-0.0040.0754-0.00810.084719.5734-11.951928.1905
147.6199-1.57544.12178.1708-1.33247.1462-0.11990.72120.438-0.4788-0.0892-0.1404-0.0310.39050.19070.1386-0.01790.07830.17960.0420.144918.2226-4.495313.9627
155.2682-2.80131.18213.3341-2.0272.4147-0.09340.00090.03760.17950.0093-0.15740.0409-0.00360.08010.13150.0128-0.0320.1149-0.04760.072113.0499-5.359728.4794
165.6904-1.12421.30146.89232.42843.9426-0.02050.13820.5441-0.4072-0.0151-0.2925-0.35240.1880.01290.1239-0.0026-0.01960.13370.01410.10739.73370.325716.4991
175.6495-2.86743.50323.9063-0.24384.9591-0.0004-0.1237-0.39930.07080.11630.13740.234-0.1471-0.11390.0941-0.03530.02180.08180.00080.14618.4323-16.647625.804
185.0038-4.53132.58287.5115-5.26286.70840.0635-0.0922-0.2830.00550.04110.23150.27270.2485-0.07120.0789-0.013-0.01820.09-0.01520.092617.6229-17.485722.0981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 111 through 117 )B111 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 566 through 571 )C566 - 571
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 564 through 571 )D564 - 571
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1 through 10 )A1 - 10
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 11 through 24 )A11 - 24
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 25 through 35 )A25 - 35
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 36 through 47 )A36 - 47
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 48 through 90 )A48 - 90
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 91 through 104 )A91 - 104
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 105 through 117 )A105 - 117
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 2 through 10 )B2 - 10
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 11 through 24 )B11 - 24
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 25 through 35 )B25 - 35
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 36 through 47 )B36 - 47
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 48 through 67 )B48 - 67
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 68 through 79 )B68 - 79
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 80 through 98 )B80 - 98
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 99 through 110 )B99 - 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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