+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jhx | ||||||
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Title | Crystal structure of hEPG5 LIR/GABARAPL1 complex | ||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / Complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleotide transport / cellular response to dsDNA / glycophagy / Tat protein binding / GABA receptor binding / toll-like receptor 9 signaling pathway / endocytic recycling / phosphatidylethanolamine binding / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation ...nucleotide transport / cellular response to dsDNA / glycophagy / Tat protein binding / GABA receptor binding / toll-like receptor 9 signaling pathway / endocytic recycling / phosphatidylethanolamine binding / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / endosome to lysosome transport / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autophagosome membrane / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / autophagy / microtubule / lysosome / ubiquitin protein ligase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.91 Å | ||||||
Authors | Cheung, Y.W.S. / Yip, C.K. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2021 Title: Insights on autophagosome-lysosome tethering from structural and biochemical characterization of human autophagy factor EPG5. Authors: Sung-Eun Nam / Yiu Wing Sunny Cheung / Thanh Ngoc Nguyen / Michael Gong / Samuel Chan / Michael Lazarou / Calvin K Yip / Abstract: Pivotal to the maintenance of cellular homeostasis, macroautophagy (hereafter autophagy) is an evolutionarily conserved degradation system that involves sequestration of cytoplasmic material into the ...Pivotal to the maintenance of cellular homeostasis, macroautophagy (hereafter autophagy) is an evolutionarily conserved degradation system that involves sequestration of cytoplasmic material into the double-membrane autophagosome and targeting of this transport vesicle to the lysosome/late endosome for degradation. EPG5 is a large-sized metazoan protein proposed to serve as a tethering factor to enforce autophagosome-lysosome/late endosome fusion specificity, and its deficiency causes a severe multisystem disorder known as Vici syndrome. Here, we show that human EPG5 (hEPG5) adopts an extended "shepherd's staff" architecture. We find that hEPG5 binds preferentially to members of the GABARAP subfamily of human ATG8 proteins critical to autophagosome-lysosome fusion. The hEPG5-GABARAPs interaction, which is mediated by tandem LIR motifs that exhibit differential affinities, is required for hEPG5 recruitment to mitochondria during PINK1/Parkin-dependent mitophagy. Lastly, we find that the Vici syndrome mutation Gln336Arg does not affect the hEPG5's overall stability nor its ability to engage in interaction with the GABARAPs. Collectively, results from our studies reveal new insights into how hEPG5 recognizes mature autophagosome and establish a platform for examining the molecular effects of Vici syndrome disease mutations on hEPG5. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jhx.cif.gz | 126 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jhx.ent.gz | 97.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jhx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7jhx_validation.pdf.gz | 456.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7jhx_full_validation.pdf.gz | 457.8 KB | Display | |
Data in XML | 7jhx_validation.xml.gz | 14 KB | Display | |
Data in CIF | 7jhx_validation.cif.gz | 19.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jhx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/7jhx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2r2qS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14479.526 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GABARAPL1, GEC1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9H0R8 #2: Protein/peptide | Mass: 1431.501 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q9HCE0 #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 MES buffer pH 5.5, 29% (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1.00001 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 6, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00001 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.91→57 Å / Num. obs: 21346 / % possible obs: 93.4 % / Redundancy: 3.2 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 68435 / Scaling rejects: 52 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Redundancy: 2.9 %
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2R2Q Resolution: 1.91→57 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 77.14 Å2 / Biso mean: 25.4466 Å2 / Biso min: 8.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.91→57 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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