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万見
- PDB-7ilz: Group deposition for crystallographic fragment screening of SARS-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ilz
タイトルGroup deposition for crystallographic fragment screening of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein (CTD) -- Crystal Structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein (CTD) in complex with Z1673618163 (Nprot-x0300)
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Diamond I04-1 / PanDDA2 / XChemExplorer / crystallographic fragment screening / SARS-CoV-2 / nucleocapsid protein / N protein
機能・相同性
機能・相同性情報


response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / poly(U) RNA binding / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / VEGFR2 mediated vascular permeability ...response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / poly(U) RNA binding / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / protein sequestering activity / MHC class I protein complex / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / RNA stem-loop binding / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Interleukin-1 signaling / viral capsid / Interferon alpha/beta signaling / PIP3 activates AKT signaling / viral nucleocapsid / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Lectin pathway of complement activation / host extracellular region / Induction of Cell-Cell Fusion / Initial triggering of complement / host cell Golgi apparatus / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / DNA-templated transcription / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-WL7 / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
SARS-CoV-2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Aschenbrenner, J.C. / Luptak, J. / Balcomb, B.H. / Marples, P.G. / Bellini, D. / Yu, C.W. / Douangamath, A. / Dias, A. / Powell, A. / Fearon, D. ...Aschenbrenner, J.C. / Luptak, J. / Balcomb, B.H. / Marples, P.G. / Bellini, D. / Yu, C.W. / Douangamath, A. / Dias, A. / Powell, A. / Fearon, D. / James, L. / von Delft, F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Group deposition for crystallographic fragment screening of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein (CTD)
著者: Luptak, J. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Marples, P.G. / Bellini, D. / Yu, C.W. / Douangamath, A. / Dias, A. / Powell, A. / Fearon, D. / James, L. / von Delft, F.
履歴
登録2025年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4694
ポリマ－13,1191
非ポリマー3503
水2,180121
1
A: Nucleoprotein
ヘテロ分子

A: Nucleoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9388
ポリマ－26,2372
非ポリマー7016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.215, 88.215, 40.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 13118.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 化合物 ChemComp-WL7 / 4-amino-N-(2-hydroxyethyl)-N-methylbenzene-1-sulfonamide


分子量: 230.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C9H14N2O3S / 由来: (組換発現) SARS-CoV-2 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.8, 10 % isopropanol, 23 % PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91259 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91259 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.746→44.108 Å / Num. obs: 8403 / % possible obs: 52.2 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 53283
反射 シェル解像度: 1.746→1.861 Å / % possible obs: 15.1 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.008 / Num. measured all: 2224 / Num. unique obs: 419 / Rpim(I) all: 0.469 / Rrim(I) all: 1.117 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YUN

6yun


解像度: 1.75→62.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 3.958 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.483 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26994 416 5 %RANDOM
Rwork0.20582 ---
obs0.20918 7987 52.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.952 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→62.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数918 0 23 121 1062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131500
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4781.6692048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1961.6123273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1545195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98722.4183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.45615260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5141511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7633.067733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7623.07734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8614.561943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8594.564944
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6663.212767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.6653.217768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6314.8011106
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.84635.4421849
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.84535.471850
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.746→1.792 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 5 -
Rwork0.375 102 -
obs--9.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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