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- PDB-7i5d: Group deposition of Coxsackievirus A16 (G-10) 2A protease in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7i5d
タイトルGroup deposition of Coxsackievirus A16 (G-10) 2A protease in complex with inhibitors from the ASAP AViDD centre -- Crystal structure of Coxsackievirus A16 (G-10) 2A protease in complex with ASAP-0036639-001 (A71EV2A-x4826)
要素Protease 2A
キーワードVIRAL PROTEIN / Diamond Light Source / I04-1 / ASAP / A71 2A / enterovirus / protease / crystallographic fragment screening / PanDDA / PanDDa2 / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Lithgo, R.M. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Golding, M. / Godoy, A.S. / Aschenbrenner, J.C. / Marples, P.G. ...Lithgo, R.M. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Golding, M. / Godoy, A.S. / Aschenbrenner, J.C. / Marples, P.G. / Ni, X. / Thompson, W. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. / Winokan, M. / Xavier, M.-A.E. / Kenton, N. / Tucker, J. / DiPoto, M. / Lee, A. / Fearon, D. / von Delft, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI171399 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Group deposition of Coxsackievirus A16 (G-10) 2A protease in complex with inhibitors from the ASAP AViDD centre
著者: Lithgo, R.M. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Golding, M. / Godoy, A.S. / Aschenbrenner, J.C. / Marples, P.G. / Ni, X. / Thompson, W. / ...著者: Lithgo, R.M. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Balcomb, B.H. / Capkin, E. / Chandran, A.V. / Golding, M. / Godoy, A.S. / Aschenbrenner, J.C. / Marples, P.G. / Ni, X. / Thompson, W. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. / Winokan, M. / Xavier, M.-A.E. / Kenton, N. / Tucker, J. / DiPoto, M. / Lee, A. / Fearon, D. / von Delft, F.
履歴
登録2025年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease 2A
C: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,81810
ポリマ－31,7852
非ポリマー1,0328
水6,413356
1
A: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4095
ポリマ－15,8931
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protease 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4095
ポリマ－15,8931
非ポリマー5164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.507, 61.542, 65.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Protease 2A / P2A / Picornain 2A / Protein 2A


分子量: 15892.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A16 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65900, picornain 2A
#2: 化合物 ChemComp-A1B3U / (3S)-N~1~-[4-(methylsulfanyl)pyridin-3-yl]piperidine-1,3-dicarboxamide


分子量: 294.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N4O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.05 / 詳細: 0.1 M MES, pH 6.05, 16 % PEG 20,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2025年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→65.1 Å / Num. obs: 66674 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.3 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 382064
反射 シェル解像度: 1.31→1.33 Å / % possible obs: 69.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 1.42 / Num. measured all: 6460 / Num. unique obs: 2361 / CC1/2: 0.307 / Rpim(I) all: 1.027 / Rrim(I) all: 1.771 / Χ2: 0.05 / Net I/σ(I) obs: 0.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (23-JAN-2024)精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.31→65.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU R Cruickshank DPI: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.059 / SU Rfree Blow DPI: 0.061 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.058
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 3054 4.94 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1865 61831 89.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1995 Å20 Å21.1083 Å2
2---0.6458 Å20 Å2
3---0.8454 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→65.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2139 0 58 356 2553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0122253HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.053062HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d750SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes404HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2253HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion275SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2110SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.31→1.34 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3852 58 4.69 %
Rwork0.3663 1179 -
all0.3672 1237 -
obs--24.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5383-0.2988-0.1750.95250.03520.4830.0087-0.00210.09250.03460.03260.02970.04480.0255-0.0413-0.01540.00170.0362-0.0232-0.0036-0.000619.69046.739218.1674
20.52330.30220.12760.82410.1330.4604-0.01180.02040.03760.01510.0426-0.03260.0141-0.0062-0.0307-0.01040.00160.0325-0.018-0.0063-0.007115.2602-23.878814.124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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