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万見
- PDB-7i1v: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of ZIKV NS2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7i1v
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of ZIKV NS2B-NS3 protease in complex with MFP-0012625-001-002
要素
  • Serine protease NS3
  • Serine protease subunit NS2B
キーワードVIRAL PROTEIN / SGC - Diamond I04-1 / PanDDA / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / GTP binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Ni, X. / Marples, P.G. / Godoy, A.S. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / Balaji, G. / Phelps, J. ...Ni, X. / Marples, P.G. / Godoy, A.S. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / Balaji, G. / Phelps, J. / Thompson, W. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. / Winokan, M. / Williams, E.P. / Chandran, A.V. / Walsh, M.A. / Fearon, D. / von Delft, F.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)IC180100021 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition
著者: Ni, X. / Marples, P.G. / Godoy, A.S. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / Balaji, G. / Phelps, J. / Thompson, W. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. ...著者: Ni, X. / Marples, P.G. / Godoy, A.S. / Koekemoer, L. / Aschenbrenner, J.C. / Balcomb, B.H. / Fairhead, M. / Lithgo, R.M. / Balaji, G. / Phelps, J. / Thompson, W. / Tomlinson, C.W.E. / Wild, C. / Winokan, M. / Williams, E.P. / Chandran, A.V. / Walsh, M.A. / Fearon, D. / von Delft, F.
履歴
登録2025年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease subunit NS2B
B: Serine protease NS3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5646
ポリマ－23,1852
非ポリマー3794
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.490, 42.490, 217.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-319-

HOH

21B-369-

HOH

31B-377-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Serine protease subunit NS2B / Flavivirin protease NS2B regulatory subunit / Non-structural protein 2B


分子量: 5067.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q32ZE1
#2: タンパク質 Serine protease NS3 / Flavivirin protease NS3 catalytic subunit / Non-structural protein 3


分子量: 18117.629 Da / 分子数: 1 / Mutation: None / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-A1BXN / isoquinolin-4-amine


分子量: 144.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H8N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 30% w/v PEG 2000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M acetate (pH 4.8)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92124 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92124 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→72.43 Å / Num. obs: 15167 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 22.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 337861
反射 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 5.355 / Num. measured all: 21457 / Num. unique obs: 1103 / CC1/2: 0.335 / Rpim(I) all: 1.22 / Rrim(I) all: 5.498 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
BUSTER精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.97→54.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 10.347 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28052 723 4.8 %RANDOM
Rwork0.22241 ---
obs0.22532 14338 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2--3.04 Å20 Å2
3----6.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.97→54.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1476 0 23 94 1593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0131886
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.6362355
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1961.5893711
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.915229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.90922.20877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.25215274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0811510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8666.155968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.986.074915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.059.071113
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.0579.0741114
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5996.536918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.5996.535918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.4459.5281243
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.95268.7071931
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.86768.4071912
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.507 60 -
Rwork0.457 1016 -
obs--97.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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