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- PDB-7i02: PanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enteroco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7i02
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal structure of Enterococcus faecium VatD in complex with ZINC000000873830
要素Streptogramin A acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / VatD / antibiotic resistance / streptogramin / fragment-based drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(1-methyl-1H-indol-3-yl)propanoic acid / Streptogramin A acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Asthana, P. / Fraser, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM145238 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Ligand screen against Enterococcus faecium VatD
著者: Asthana, P. / Fraser, J.S.
履歴
登録2025年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptogramin A acetyltransferase
B: Streptogramin A acetyltransferase
C: Streptogramin A acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0074
ポリマ－70,8043
非ポリマー2031
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7730 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area26600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.753, 101.786, 145.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Streptogramin A acetyltransferase / Virginiamycin acetyltransferase D / Vat(D)


分子量: 23601.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HIS6 purification tag (MGSSHHHHHHENLYFQ) cleaved with TEV protease
由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア)
遺伝子: vatD, satA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P50870, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-NMI / 3-(1-methyl-1H-indol-3-yl)propanoic acid


分子量: 203.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM TRIS, 25% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→48.64 Å / Num. obs: 26808 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 49.56 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.402 / Rpim(I) all: 0.172 / Rrim(I) all: 0.438 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 170249
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.38-2.4762.9731662227680.2681.313.2560.899
8.91-48.645.40.17432976050.9940.0760.1933.699.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.9データスケーリング
PDB_EXTRACT3.28データ抽出
XDSJun 30, 2023データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.38→48.05 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2716 1364 5.1 %
Rwork0.2001 25380 -
obs0.2038 26744 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.54 Å2 / Biso mean: 62.0951 Å2 / Biso min: 19.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→48.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4821 0 27 35 4883
Biso mean--63.13 59.23 -
残基数----608
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.38-2.470.42721440.33042464260898
2.47-2.570.34311390.31322492263199
2.57-2.680.35171170.26842493261099
2.68-2.820.36261290.24852508263799
2.82-30.27921240.23712515263999
3-3.230.31061380.238525082646100
3.23-3.560.26791420.200925502692100
3.56-4.070.27831400.179125572697100
4.07-5.130.21921340.14632573270799
5.13-48.050.22881570.17812720287799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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