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- PDB-7ht4: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of FatA in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ht4
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of FatA in complex with Z31478538
要素Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic
キーワードHYDROLASE / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / fragment screening / XChem / Thioesterase / Plant / Fatty Acid Biosynthesis / Fatty Acid / Chain termination / Dimer / Acyl-ACP thioesterase / Acyl ACP thioesterase / 18:1 FA / FatA / ACP / Herbicide / Mode of Action
機能・相同性
機能・相同性情報


oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / chloroplast / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Acyl-ACP thioesterase / Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase FATA/B / : / Acyl-ACP thioesterase N-terminal domain / Acyl-ACP thioesterase C-terminal domain / HotDog domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
N-Benzyl-2-methoxyacetamide / Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.763 Å
データ登録者Kot, E. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. / Fearon, D. / Aschenbrenner, J.C. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Marx, M.L. / Wright, N.D. / Mulholland, N.P. ...Kot, E. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. / Fearon, D. / Aschenbrenner, J.C. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Marx, M.L. / Wright, N.D. / Mulholland, N.P. / Montgomery, M.G. / von Delft, F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition
著者: Kot, E. / Ni, X. / Tomlinson, C.W.E. / Fearon, D. / Aschenbrenner, J.C. / Fairhead, M. / Koekemoer, L. / Marx, M.L. / Wright, N.D. / Mulholland, N.P. / Montgomery, M.G. / von Delft, F.
履歴
登録2024年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic
B: Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,33210
ポリマ－67,2312
非ポリマー1,1018
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.207, 99.166, 128.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Oleoyl-acyl carrier protein thioesterase 1, chloroplastic / 18:0-acyl-carrier protein thioesterase / 18:0-ACP thioesterase / Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase


分子量: 33615.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: FATA, FATA1, At3g25110, MJL12.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q42561, oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-T9Q / N-Benzyl-2-methoxyacetamide / 2-methoxy-~{N}-(phenylmethyl)ethanamide / N-ベンジル-2-メトキシアセトアミド


分子量: 179.216 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.85 / 詳細: 0.1M MES pH 6.85, 1.6M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92124 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92124 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→78.64 Å / Num. obs: 62738 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.208 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.216 / Χ2: 0.35 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 856906
反射 シェル解像度: 1.76→1.8 Å / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 4.449 / Num. measured all: 46756 / Num. unique obs: 3396 / CC1/2: 0.486 / Rpim(I) all: 1.241 / Rrim(I) all: 4.622 / Χ2: 0.16 / Net I/σ(I) obs: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (23-JAN-2024)精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.763→24.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.151 / SU Rfree Blow DPI: 0.139 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.14
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2839 2961 4.84 %RANDOM
Rwork0.2564 ---
obs0.2577 61199 97.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9216 Å20 Å20 Å2
2--5.9118 Å20 Å2
3----8.8334 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.763→24.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4332 0 72 191 4595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084612HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.946263HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1667SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes796HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4612HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion599SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3438SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.78 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3559 1224 3.92 %
Rwork0.4612 1176 -
all0.4572 1224 -
obs--78.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.67760.30570.02711.36450.120.472-0.03850.0231-0.0051-0.08960.03110.009-0.00210.03320.0074-0.0733-0.021-0.00880.05270.0013-0.0341-16.2083-19.3513-47.3576
21.14240.27910.02010.5157-0.10430.5350.039-0.0887-0.00740.0112-0.04770.0062-0.031-0.00270.0086-0.0346-0.02980.00190.01380.0061-0.0234-19.3428-16.351-16.9025
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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