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万見
- PDB-7hny: PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of TRIM21 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7hny
タイトルPanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of TRIM21 in complex with Z44592329
要素E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
キーワードLIGASE / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / TRIM21
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein deubiquitination / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / stress granule disassembly / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / response to type II interferon / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / protein autoubiquitination ...negative regulation of protein deubiquitination / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / stress granule disassembly / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / response to type II interferon / protein K63-linked ubiquitination / protein monoubiquitination / protein autoubiquitination / positive regulation of cell cycle / positive regulation of autophagy / autophagosome / negative regulation of innate immune response / P-body / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / cytoplasmic stress granule / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of protein binding / cytoplasmic vesicle / protein ubiquitination / ribonucleoprotein complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TRIM21, PRY/SPRY domain / Zinc finger, B-box, chordata / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...TRIM21, PRY/SPRY domain / Zinc finger, B-box, chordata / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
N-phenyl-N'-pyridin-3-ylurea / E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Kim, Y. / Marples, P. / Fearon, D. / von Delft, F. / Knapp, S. / Kraemer, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)875510European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition
著者: Kim, Y. / Marples, P. / Fearon, D. / von Delft, F. / Knapp, S. / Kraemer, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2024年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0305
ポリマ－21,5961
非ポリマー4334
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.342, 95.342, 45.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-431-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21 / 52 kDa Ro protein / 52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A / Ro(SS-A) / Sjoegren syndrome ...52 kDa Ro protein / 52 kDa ribonucleoprotein autoantigen Ro/SS-A / Ro(SS-A) / Sjoegren syndrome type A antigen / SS-A / Tripartite motif-containing protein 21


分子量: 21596.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trim21, Ro52, Ssa1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62191, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-K0G / N-phenyl-N'-pyridin-3-ylurea / 1-(3-ピリジル)-3-フェニル尿素


分子量: 213.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4 % PEG 400, 2 M AmmSO4, 0.1 M HEPES pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92134 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92134 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→41.23 Å / Num. obs: 52395 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 568711 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.28-1.33.41.256760222660.340.7931.50.586
7.01-41.2312.20.05242933510.9950.0170.05595.699.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.28→41.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 1.069 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1926 2549 4.9 %RANDOM
Rwork0.1778 ---
obs0.1785 49818 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.19 Å2 / Biso mean: 16.634 Å2 / Biso min: 8.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å2-0 Å20 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.28→41.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1493 0 29 143 1665
Biso mean--37.69 27.16 -
残基数----185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132044
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0151626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8521.642553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4591.583750
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2215241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.16621.455110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.82715291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6061515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3931.459972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3611.435965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1842.161153
LS精密化 シェル解像度: 1.28→1.313 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 204 -
Rwork0.355 3238 -
all-3442 -
obs--87.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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